組長由中紀委副書記、監察部部長何勇擔任。專案組又成立前線總指揮部，由海關總署一位副署長任總指揮，監察部一位副部長任副總指揮。這位總指揮是在海關總署根據國務院部署組建緝私警察隊伍時，中央從公安部調任海關總署的副署長，分管走私犯罪偵查局的工作，到任也才幾個月。
“專案組的初期工作，主要是對舉報信內容的可靠性進行評估，因而開始時，近兩個月的工作艱辛而又十分隱蔽，任專案組前線總指揮的這位副署長原在公安部任副部長，有著三十多年的從警經歷，對公安工作感情篤深。他自己都沒有想到，在即將過五十五歲生日的時候，命運發生了變化，他從公安部走出，進了海關總署機關大院。不到一年，又被中央點將，作為廈門前線的總指揮，掛帥偵破廈門遠華走私大案。
賴昌星的命運似乎也在發生變化，他本來想走進這間房子，卻被安排到了另一間。命中註定他要與這位總指揮“短兵相接”。正是這位副部長的到來成了賴昌星揮之不去的一塊心病，成為威脅他賴昌星生存的重要人物，也成了他急切要攻關的新目標。賴開始想方設法要和這位副部長套近乎。
可是，北京傳來的資訊卻令賴昌星一時無法定下應對之策。資訊告知，此人為人正直，處事公正，北京“網”內人士無由與該副署長接近、聯絡感情，更不要說為賴說情了。
賴昌星降低要求，只想能和他一起吃餐飯，以後的事情再說。但此人居然連機會都不給，這多少令呼風喚雨慣了的賴有些失落、不滿，同時感到遇到強硬的對手，心裡有些發憷。
廈門的謀略班子定下的策略是：密切關注，靜觀其變；如其不識相，定要置遠華於死地，那就不客氣了，也得給他找一點兒麻煩，再不行就伺機將其“滅掉”。
北京的這位副署長當然不會知道賴昌星的應對方案。這是後來他到了廈門，從案犯的供詞中得知，他聽後也不過為之一笑。
不過，九九年四月底，自他受命掛帥以來，卻為怎樣不辱使命而常常度過不眠之夜。
根據中央指示，他得調兵遣將，將專案組搭建起來。首先得對舉報信的可靠性進行評估判斷，而不能貿然行事，然後要搞出一個偵破方案。這是一個涉及五百億金額的走私大案啊，一旦動作起來，必然牽出上自北京下自地方的各層次的顯赫人物。其中，廈門海關首當其衝逃脫不了干係。目前海關係統，經歷湛江大案衝擊，已經變得相當敏感了。誰掛帥赴廈門主持查處遠華大案？中央欽定了他，用心可謂良苦。
他來海關不久，與海關相關的事並無牽涉，這是有利的一面；然而又正是對海關知之較少，所以讓他掛帥查私，當然有門外漢的感覺，這又是不利的一面。
而更重要的是，他雖然對舉報信的可靠程度一時還不摸底，對查處的方法、策略也心中無數。在公安部時，他曾過問過幾個走私大案。那時已得出結論：走私犯罪，尤其是大規模的法人走私定有背景，定是謀劃周全的高智慧犯罪。對遠華案要是查不下去，要是誤入歧途，要是形成僵局而被強行收兵不管出現哪一種情況，他都將時刻處在風口浪尖上，天天在刀刃上跳舞。
專案組領導指示海關總署走私犯罪偵查總局，選派偵查處劉處帶領得力偵查人員透過公安部的渠道，從廣州潛往廈門。任務是掌握賴昌星走私集團的最新動態。偵查人員潛入廈門後，對重要嫌疑人進行秘密布控。
專案組領導又部署九人小組集中研究，評估舉報信的真偽，並儘快拿出初期行動方案。參加過湛江走私案查處的幾個同志論證：廈門案走私活動的組織性、系統性、隱秘性均是湛江案所沒有的。
另外避開海關的闖關走私，在海關無單證可查。由於各走私鏈的環節掩蔽，要查出真相必須要破開鏈條上所涉及的諸多環節，才可獲得確切證據。這在查處事後案件（海關專業術語，即走私成功後被發現的案件，其特點是現場已消失，走私貨物已不復存在）中又稱得上難中之難了，所以，後來中央領導聽了彙報後評價說：和廈門案比起來，湛江走私案那是“土包子”所為。
舉報材料可信度高，但查證（即調查取證）難度又極大，舉報信中的證據材料中，敘述植物油走私的材料不但豐富，而且具有可查性，初戰主攻植物油走私。
專案組領導聽取彙報，並慎重稽核方案，認為分析意見和突破方案很縝密，並且表示贊成方案組的選擇，將植物油走私作為突破口，但要確證植物油走私闖關成立，還得排除一個可能性，即廈門關計算機與總署計算機聯網傳輸過程中