一些最高的山峰，公格爾山高七千七百一十九公尺，慕士塔格山高七千五百四十六公尺，就在綠洲城且末南面，出現了一個主要分叉點，阿爾金山的蘇拉木塔格峰從阿爾格山支出，走向東北，再往東，崑崙山的北緣形成浩瀚的，地勢高的柴達木盆地的南界，伴有零星鹽湖的深谷散佈於該山中部的山嶺間，西崑崙山主嶺的最高峰是克里雅峰，高達七千一百二十公尺，數座超過六千零九十六公尺的山峰點染出崑崙山中部至東部地區的空中輪廓，其中包括木孜塔格峰和布喀達坂峰，周圍的平原在海拔四千八百公尺以上，所以這些山沒有亞洲其他高山那樣顯赫。
崑崙山北坡瀕臨最乾旱的亞洲大陸中心，屬暖溫帶塔里木荒漠和柴達木荒漠，山前年降水量小於一百毫米，西部六十毫米，東部二十毫米，若羌僅為十五到二十毫米，年降水量隨山地海拔增高而略增，暖溫帶荒漠被高山荒漠所取代，由特有的墊狀駝絨藜與西藏亞菊組成，源於崑崙山脈北坡諸河流，源遠流長，匯流於塔里木盆地與柴達木盆地內流水系。
從喀拉喀什河上游的賽圖拉與葉爾羌河上游的麻扎透過的新藏公路，構成崑崙山脈西、中段的分水界，西段主要山口有烏孜別裡山口、明鐵蓋山口、紅其拉甫達坂及康西瓦等，為通往阿富汗及巴基斯坦的交通要道，位於西崑崙山海拔在七千米以上的山峰有三座，六千米以上的山峰有七座，平均海拔為五千五百到六千米，受重重山體阻擋，使喀拉喀什河谷中的年降水量僅為二十五到三十毫米，雪線附近的降水量則達三百毫米左右，北坡降水量大於南坡，主峰形成現代高山冰川作用中心，年均溫零度等溫線大致沿四千米等高線透過，最高山帶的年均溫為零下十五到七點五度。
西段山地的北坡為山地荒漠和高寒荒漠景觀，低於兩千七百米的前山及中山帶下部為紅沙與合頭草荒漠，礫石質的山地棕漠土，上部為崑崙蒿為主的草原化荒漠，下部沙土地帶合頭草荒漠，上部為紫花針茅、銀穗羊茅佔優勢的山地草原，陰坡出現小片雪嶺雲杉林，與山地草原構成山地森林草原，在三千米的塔什庫爾幹寬谷中為高位沼澤化草甸，米乾旱冰磧丘陵與冰水沖積扇分佈著雌雄麻黃為主的灌木荒漠，谷地兩側四千米以上為以粉花蒿和墊狀駝絨藜佔優勢的高寒荒漠，四千五百到五千五百米的高山為刺磯松、高寒棘豆高寒半灌木荒漠，海拔五千五百到六千五百米的高山下部為高寒稀疏植被，上部為寒凍風化帶，六千五百米以上為高山冰雪帶。
位於新藏公路與車爾臣河九個大坂山即東經七十七度到八十六度，主脈向南略呈弧形，克里雅山口和喀拉米蘭山口是該段聯絡新疆―西藏通道，中崑崙山海拔六千米以上的山峰有八座，如烏孜塔格、慕士山、瓊木孜塔格，平均海拔五千到五千五百米，北坡雪線五千一百到五千八百米，主要河流有喀拉喀什河、玉龍喀什河、克里雅河、尼雅河及安迪爾河，除和田河上源喀拉喀什河和玉龍喀什河水量較大，有利灌溉外，其他河流出山後很快沒入塔克拉瑪干沙漠中，山地下部為合頭草、紅沙半灌木荒漠，棕漠土，上部為沙生針茅、短花針茅為主的草原化荒漠，棕鈣土，向上過渡為針茅、昆生蔥、崑崙蒿為主的高寒荒源草原，在海拔四千五百米山地內部坡麓及岩屑坡上，墊狀駝絨藜、糙點地梅組成稀疏的高寒荒漠，在海拔四千五百到五千五百米的下部為稀疏植被，上部為寒凍風化帶，更高山峰則為冰雪帶。
向東略呈扇形展開，分為三支：北支祁漫塔格山，其南隔以阿牙克庫木盆地，東延為唐松烏拉山、布林汗布達山，中支阿爾格山，東延為博卡雷克塔格、唐格烏拉山與布青山，地形上與阿尼瑪卿山相接，南支為構成青南高原上的主體山脈，東延與相接，崑崙山埡口是青藏公路必經之道。
東崑崙山海拔六千米以上的山峰有四座，五千米以上的山峰有八座，平均海拔四千五百到五百米，積雪分佈在五千八百米以上的山峰，崑崙山埡口一帶的雪線高度，北坡五千兩百米，南坡五千四百米，雪線附近的年均溫零下九度到零下八度，山間谷地西大灘一帶的年均溫低於零下三度，年降水量三百五十毫米左右，山地頂部年降水量略有增加，青藏高原北坡現代多年凍土的下界在四千兩百米左右。
主要河流有流入塔里木盆地中的車爾臣河，流入柴達木盆地的有那仁郭勒河、烏圖美仁河、及柴達木河，前者由冰雪融水補給，屬於塔里木內流水系，後四者由降水與湖水補給，屬於柴達木內流水系。
山地北坡為荒漠化草原，在海拔三千六百米以下為乾燥剝蝕的基岩山地，幾無植物生長，溝坡及岩屑上堆散生