地的殘餘在南海艦隊的逐次打擊下或逃或滅，南海控制權遂掌握在明軍和鄭家手中。等到廣州光復，南海艦隊便開始重點打擊瓊州的清軍，已經殘破的崖州協水師、海口水師營接連被消滅，瓊州象一顆剝開的熟雞蛋袒露在明軍面前。
瓊州清軍最高軍事長官是鎮總兵，屬外海水師管轄，有水陸共七營，守兵約八千名，且多為南明降兵及新招的綠營兵，戰力不強。喪失了水師，瓊州可謂是處處要防，卻又處處難防。這些點兵力分防十二汛，十六處炮臺，沿邊墩臺五十四所，在戰時是遠遠不足的。
廣州被克，尚逆授首，明軍水師的炮轟打擊，海軍陸戰隊在海口登陸，使瓊州的清軍惶恐不安，軍心渙散。廣州降將吳啟鎮趁機前往宣讀朱永興的赦免諭令，成功招撫了數千清軍，瓊州輕取。
按照兵力和裝備情況的比較，攻打瓊州並不會費太大的力氣，但招撫成功，依然令朱永興感到滿意。這樣一來，廣州外圍雖然尚未形成穩固的防禦圈，卻有了一個較穩妥的退身之路。
而且，瓊州不比臺灣的荒僻，開發得較早，幾乎不用什麼投入，便能為國戰提供錢糧物資。就象現在攻掠廣東，佔領的地區大多府庫充盈，支應了明軍所需的大部分糧秣。這與在滇省、廣西，已經是大大不同。
明年便能全部停止進口糧食了，朱永興做出了樂觀的估計。四川是需要調拔糧食的大戶，廣西也需要一些，滇省能夠自給自足便達到標準，剩下的安南、湄河省、廣東、瓊州都肯定能夠糧食出超，做到收支大平衡。
停止外購糧食，便能節省下很多資金。而土地的逐漸增多，便可以鼓勵並引導經濟作物種植，象茶樹、甘蔗、藥材、棉花等，用於海貿，又是一大筆的財政收入。