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韋昌輝雖有野心，卻是志大才疏之人。一聽清軍重軍而來，連忙收縮兵力困守九江，原本想與扼守揚州的陳玉誠與李秀成聯絡，共退清軍，但是屢次派出人馬突圍而去，都以失敗告終。
張宗禹自捻失敗之後，被咸豐看重丟進講武堂一年有餘，如今已是一師之長。手上掌著兩萬餘新軍。見識了新軍的強大之後，張宗禹再無與朝廷作對的心思了。只一心想著快點結束戰爭，還老百姓一個太平天下，好讓皇上的新政得以更好和實行，也算為自己當初的一時衝動贖回一點罪孽。
張宗禹破城心急，胡林翼比他更急，鄂軍與天軍可謂是苦大仇深，天軍在湖北可是縱橫無敵，幾進幾齣，打得鄂軍早沒了骨氣了。如今經曾國藩與胡林翼翻整頓有了點樣子，就想著找天軍報仇。如今這樣好的形勢豈能錯過，兩下里一拍既合，日夜攻打。
鄂軍打累了武衛軍上，鄂軍退下來休息，武衛軍打累了，鄂軍接著上，反正就是不讓韋昌輝休息。反正衝峰陷陣的人大有人在，新軍只要在後面打炮開槍，戰事膠著之時也用不上他們，怕誤傷了自己人，等人退下來的時候，再打上幾炮開上幾槍。
韋昌輝被兩支清軍弄得哭喪不已，九江被圍了。城就快斷糧了，南京城裡有糧，可他九江沒糧啊。雖然他沒陳玉誠與李秀成那麼好心，還要想著城裡的百姓，可是十幾萬人吃，就是座糧山也快吃沒了。
他也想過要逃走，可是往哪逃啊。不說逃不逃得出去，逃出去了上哪？再回南京？南就還不一樣被圍了個水洩不通！回廣西老家？先過了石達開那一關再說吧。他本來就跟石達開不和，再又是參與了天京事變的人，雖說他明面上與楊秀清劃清了界線，可誰信啊。也就他手下的十萬部下相信。
也學陳玉誠與李秀成一樣乾脆投降？他倒是想過，可是他沒把握手下們都會跟著自己投降啊。要是打部下惹急了，一刀把自己捅了，還投什麼降？韋昌輝在底砥裡上一路下一路來回地踱著，軍情情報是一趟又一趟送來。他也沒心思看了，還不就是那點破事，他們來問自己，自己去問誰去。第一次他感到當一個上位者是多麼的難了。
陳玉誠與李秀成投降五天之後，九江守不住了。城門被新軍大炮轟開了幾次，要不是天軍拼死用裝著沙土的麻袋及時堵上，九江早就被攻克了。揚州城破，清軍像是吃了興奮濟一樣，悍不畏死，一波又一波，一波下去，第二波緊接就衝了上來。時不時的還有幾發新軍的炮彈降臨城頭。
好此五天，任是鐵打的人也受不了了。漸漸的清軍開始佔據了城頭一席之地，並漸漸擴大。城牆上，刀來槍往，一片熱火朝天的喊殺之聲不絕於耳。當四門都被清軍攻破了之後，意志消沉的天軍開始出現放下武器投降的。
有了第一個就有第二個，一傳十，十傳百。一片片的天軍放下了武器，看著高喊著的清軍從身邊衝過去。韋昌輝手下心腹大將林紹章第一個率領部下投降。在他看來，天軍完了，困守孤城，又無糧草，還能打什麼與其活活被困死，不如投降做個飽死鬼來得值。
隨著大批天軍的投降，清軍一路勢如破竹，很快便將韋昌輝的府砥包圍。事到哪今韋昌輝再蠢也知道事不可為了。也再無投降的可能了，再殺死了自己幾十個心愛的寵妾之後，韋昌輝悍然揮刀自盡，結束了其在太平天國搖擺了六年的一生。
九江一戰而破，清軍滿城歡呼，安定民心，分發糧食救濟餓了多日的城內百姓。按受投降的天軍。韋昌輝被胡林翼割下人頭，將其用石灰醃了，快馬送到京城報捷。張宗禹與胡林翼匆匆打掃了戰場，胡林翼留下三千人馬安定九江的秩序，便接受張宗禹的建議，率軍急赴南京與聶士成匯合。
九江一破，整個太平天國除回到廣西恢復打游擊的石達開之外，只餘下了南京這最後一座堡壘。所有人都知道紛鬧了六年之久的太平天國之亂，將要畢其功與一役了。四方皆動。閔浙英桂率五萬剛剛組建起來的新軍與李鴻章的蘇軍，劉銘傳的淮軍彙集與南京城外。
南京城外一時大軍齊集，營帳連天，戰旗飄飄。楊秀清得知韋昌輝死了，陳玉誠與李秀成降了。放眼天下就只餘他楊秀清一支太平軍還在死守著一座孤城，頓時心慌起來，著心腹時時巡防於城頭，防止有心懷不軌的將領與城外清軍私通。一面收集城中糧草物資屯積備戰。
一時之間南京這座江南繁華無比的大都市人心惶惶，百姓哭聲日夜不息。楊秀清將城中糧食都搶了來，又不許百姓出城逃