清日戰爭，日軍就是敗在章軍手裡！正是因為章軍，使得日本失去了囊中之物的朝鮮，也丟掉了唾手可得的遼東、山東。現在，日本經過將近一年的苦戰，只得到了一個臺灣，這是日本在這場戰爭中唯一的果實。
原以為，大清國的慈禧太后，已經替日本人解決掉了章軍，哪裡想到，章軍竟然出現在了臺灣！
日本政府向大清國提出了強烈抗議，但是，卻被大清國朝廷拒絕！大清國的理由很簡單，臺灣並沒有清軍。所謂章軍，只是一群偷渡到臺灣的志願者，對此，大清國已經加強了臺灣海峽的海防，明令嚴禁中國大陸軍民偷渡赴臺。所謂章軍在臺灣的一切行動，與大清國無關。
日本人知道，這是大清國朝廷玩的花招，可也毫無辦法。
日本不能失去臺灣！否則，這一場讓日本人損兵折將、耗費鉅萬的戰爭，就毫無意義了！正是在這一背景下，大本營決定，向臺灣增兵！不論付出多大的代價，也要把章軍趕出臺灣！決不能讓章軍從日本手裡奪走這唯一的果實。
與此同時，臺灣總督府和南方軍司令部，經過謹慎思考後，調整了對臺作戰戰略。
目前，臺灣日軍總兵力為五萬人，而章軍兵力有三萬多將近四萬。日軍在兵力上佔據優勢，但優勢不明顯。鑑於日軍已經完成了對富庶的臺灣中北部的佔領，章軍所部據守在偏遠侷促的臺南地區，日軍完全能夠在臺灣就地獲取戰爭資源，而章軍很難從當地獲取糧餉，他們的後勤供應，只能透過臺灣海峽，從福建兩廣獲得。
所以，總督伊東佑亨決定，放棄對臺南全面進攻的計劃，採取三管齊下的策略，第一，停止嘉義一線的大規模進攻，轉而防禦。第二，南方艦隊加緊對臺灣海峽的封鎖，切斷章軍的供應；第三，強化臺灣中北部的佔領，建立地方政府，肅清殘敵，鞏固統治。
日軍要對章軍打持久戰，用時間河空間拖垮章軍！
伊東佑亨的決定，是極為明智的！
在臺灣，日軍佔據天時地利，章軍所擁有的，只是人和。
但是，荒僻的臺南，資源匱乏，無法為四萬章軍提供必要的戰爭資源，章軍根本無法在那裡長期立足。那裡的土地人民，養活不起這樣一支大軍。
用不了多久，章軍就不得不主動向臺灣中北部發起進攻，否則，他們在臺南坐吃山空，只能被餓死！
一旦章軍主動出擊，日軍正好可以以逸待勞。嘉義至彰化一線，日軍已經構築成銅牆鐵壁，章軍的進攻，必然會撞得頭破血流。待章軍在進攻戰中消耗得差不多了，日軍再乘勢大舉反攻，一舉拿下臺南！
這個策略是英明的，唯一不足的是，曠日持久，日軍搞不清楚，章軍會在什麼時候開始進攻。
還有一點不利的是，臺灣日軍長期不作為，會帶來極大的國際風險。臺灣問題，並不是一個孤立的問題，英國、法國、美國的眼睛都盯著臺灣，直到現在，這些西洋列強也沒有正式承認日本對臺灣的佔領，臺灣問題如果遷延三個月或者更長，那麼，難保這些西洋列強不會插手臺灣。
一旦西洋列強插手臺灣，他們肯定會想方設法與周憲章聯絡，勸說周憲章擔任他們在臺灣的代言人，日本面臨的國際環境就複雜了！
所以，伊東佑亨的戰略思想，在日本國內引起了巨大的爭議。一部分內閣成員，尤其是外相陸奧宗光，強烈要求臺灣速戰速決，以免給法國人插手臺灣留下口實。就連南方軍內部，也有不同的聲音，南方軍司令官乃木希典，就不贊成這個計劃，他急於與章軍決戰，乃木希典相信，他的五萬精銳，足以迅速擊敗盤踞在臺南的章軍！
然而，伊東佑亨憑藉他的威望，終於說服了大本營，同意了他的戰略構想。
於是，近衛師團在嘉義的進攻減緩了，轉而進入防禦。
北白川宮能久親王贊成伊東佑亨的計劃，他相信，這是解決目前問題的唯一正確方法。身為前線指揮官，他很清楚，日軍面臨的對手，不是那些裝備和戰術水平低劣的臺灣義勇軍，那些人憑著一腔熱血作戰，很容易被日軍擊破。彰化和嘉義的作戰表明，對手是一支訓練有素裝備精良的正規軍，對付這樣的正規軍，要有耐心，不能一蹴而就。
況且，現在氣候惡劣，瘴癘橫行，不少官兵感染了傳染病，失去了戰鬥力，在嘉義前線，每天都有官兵因病而死。不過，日軍所遇到的瘴癘，章軍也躲不過去，北白川宮能久親王相信，章軍所面臨的瘴癘問題，比日軍更為嚴重，畢竟，日軍有強有力的醫療保障系統，而章軍盤踞在