府一年半，當時的軍事形勢和曾國藩本人與咸豐十年三月的情況是不可同日而語的。咸豐十年春夏之交，中國國內到處是緊張而複雜的局勢，英法聯軍正陳兵大沽口，對清朝廷的首腦機構構成了嚴重威脅；閏三月，清軍江南大營遭到了第二次慘敗，主帥和春受傷病死，太平軍相繼攻克了江蘇的富庶之地蘇州、常州；太平軍為解安慶之圍，在頭一年八月就開始了夾江進擊的第二次西征，勝利推進。環視內外，曾國藩感到運籌帷幄，志在必得，他已意識到，朝廷必定會把剿滅太平軍的任務放在自己肩上。他的部屬更是舉杯歡慶，對江南大營的潰敗，一個個都感到興奮異常。左宗棠聞而嘆曰：“天意其有轉機乎？”別人問他為什麼要說這句話，他說：“江南大營得此一洗盪，而後來者可以措手。”他們不顧同伴的失敗，卻只想到失敗帶給他們的好處。胡林翼說得則更為露骨：“朝廷能以江南事付曾公，天下不足平也。”所以，在這樣的情勢下，到曾氏幕府不久的左宗棠，便得到了曾國藩的舉薦，於四月二十日奉上諭，“以四品京堂候補，隨同曾國藩襄辦軍務”。而在曾氏幕府多呆了一年多的李鴻章，在這年五月才被曾國藩派去做淮揚水師的組建工作。
左宗棠初到曾國藩宿松大營的時候，認為作為一名君子不可以被人再三侮辱，死於小人還不如死於盜賊，因而想在曾國藩手下做一營官，既滿足了自己討賊的心願，又可以使自己策馬揚鞭，衝鋒在前。當時，曾國藩和左宗棠的想法是不一致的，在給駱秉章的信中曾國藩這樣寫道：“左季翁自領一隊之說，侍勸其不必添此蛇足，今已作罷論矣。”但曾國藩接到咸豐帝的寄諭，徵求他的意見：“應否令左宗棠仍在湖南襄辦團練事，抑或調赴該侍郎軍營，俾得盡其所長，以收得人之效？”曾國藩這才改變了原有的想法，叫左宗棠另外帶領一隊湘軍。左宗棠原打算募二千五百人，曾國藩的意見卻是讓他募五千人。左宗棠在宿松只呆了二十多天，因為兒子病情很嚴重，他提前回到湖南。曾國藩的本意，是叫他募勇對安徽的兵力進行支援，他在給曾國藩的信中卻這樣說道：“蘇州既失，為公計者，宜先以偏師保越為圖吳之計”； “是制此賊，必取遠勢，而不能圖速效”。又說：“先將江西兵事、餉事逐為經劃，亦當務之急也。”這個計策實際就是“保越圖吳”，爾後左宗棠在鎮壓太平天國運動中長期運用了這一戰略。左宗棠在湖南招兵買馬，將以前大批的湘勇集合在一起，又收聚了王的舊部，共得五千八百零四人，被稱為楚軍。這年八月間，他率楚軍經醴陵直趨江西，先在江西東北部和東部與太平軍進行了幾次交鋒，隨後轉戰到了浙江。
自安慶失守後，李秀成便把兵力全部集中到了江浙。從江西東向的侍王李世賢部及從廣西回師的石達開舊部，幾乎遍佈了浙江全省。十一月二十八日（12月29日），李秀成帶領太平軍一舉將浙江省會杭州攻克，巡撫王有齡萬般無奈，只得自殺。在這之前，十月十七日、十月十八日、十月二十三日，清廷曾發三次廷寄，諭令左宗棠馬上趕到浙江去，負責軍務的督辦。曾國藩等於十月底作出決定，十一月十六日在給朝廷的奏摺中說：“臣等往返熟商，即請左宗棠督率所部進援浙江，並將駐防徽州之臬司張運蘭，駐防廣信之道員屈蟠，駐防玉山之道員王德榜、參將顧雲彩，駐防廣豐之道員段起各軍，及副將孫昌國內河水師，均歸左宗棠就近節制排程。兵力稍厚，運棹較靈，於援剿浙、皖之時，仍步步顧定江西門戶，庶於三省全域性有裨。”當時，曾國藩作為兩江總督，原本只是負責統率江蘇、安徽、江西三省，清廷因為對曾氏集團的依賴，又於十月十八日下發明諭，上述三省除外，“並浙江全省軍務，所有四省巡撫、提鎮以下各官，悉歸節制”，杭州將軍瑞昌只是負責浙江軍務的幫辦。但曾國藩於十一月二十五日給朝廷的奏摺中說：“以臣遙制浙軍，尚隔越於千里之外，不若以左宗棠專辦浙省，可取決於呼吸之間。”又說，左宗棠“其才實可獨當一面，應請皇上明降諭旨，令左宗棠督辦浙江全省軍務，所有該省主客各軍，均歸節制。即無庸臣兼統浙省”。曾國藩深感朝廷對自己有太重的依賴，給了他太尊貴的權位和太多的期望，令他感到有些畏懼，因此不敢控制四省，恐怕自己會犯下過錯；另一方面，也說明曾國藩當時給予左宗棠的信賴與倚重也是非常多的。
左宗棠此時在廣信負責駐防工作，他根據“寧肯緩進，斷不後退”的原則，率軍至婺源，又分兵解除了徽州的包圍，使後方得到了鞏固。十一月十一日、十二日、十四日、十六日，朝廷又連發四道諭旨，催促左宗棠趕快帶兵趕到浙江。同治元年正