桓偉為雍州刺史，其侄桓振———乃桓石虔之子———為淮南太守。到這個時候，東晉三分天下，桓玄已得其二。這時桓玄又有了進軍京城，把持朝政的想法。這個時候，孫恩一路向京師殺來，桓玄便要求帶兵去討孫恩。
司馬元顯擔心桓玄趁機入京把持朝政，不敢答應。但桓玄已經開始集結士兵來京了。司馬元顯正在著急的時候，劉牢之、司馬尚之擊敗了孫恩，孫恩退回海島。司馬元顯趕緊以孫恩已敗的理由制止了桓玄進兵。
桓玄因為沒能進軍京城，惱恨司馬元顯作梗，便把長江漕運給斷了，於是上游的物資不能進入京城。京城附近剛剛遭到孫恩之亂，方圓數百里都殘破無收，京城得不到補給，人們吃的都是麩皮和橡果。桓玄把司馬元顯逼到這分上還不罷休，還寫信給司馬元顯，出言譏諷他是昏聵之徒。
司馬元顯被桓玄逼得沒有辦法，問張法順怎麼辦？
張法順說：“桓玄剛得到荊州，人心未附。不如趁這個時候以劉牢之為前鋒，你親帶大軍進攻他，這樣勝算會很大。不然等桓玄羽翼豐滿了，那時就難勝他了。”司馬元顯恨透了桓玄，便請下詔書，宣佈了桓玄的罪行