二是具有律法最高裁定權。地方各級官府有司，一旦有其它有司或者貴族百姓申訴其行為違法，都會先到地方法司審理判決。一旦地方法司認為該有司行為違法，不但其行為無效，主官和相應官員都要被該級檢察署訴訟追究責任。而尚書行省、中書行省、門下行省和它們下屬的機構有司，則由大理寺直接審判，一旦裁定違法，下場跟地方有司差不多，連平章國事、參知政事也難逃被追究的結果。
大理寺由七名大理寺正卿和十八名大理寺少卿組成，十八名少卿分審刑少卿和斷事少卿。分別主理刑事和民事。正卿和少卿由平章國事提名，中書行省透過，門下行省沒有行封駁權進行否決，則最後由曾華任命，任期終身。
平章國事是不能任意任免大理寺正卿和少卿，他擁有的只是提名權而已。平章國事只有在正卿和少卿缺額時才有機會提名，要不然就是全體大理寺正卿和少卿跟他意見不合也只能乾瞪眼。
由於大理寺正卿和少卿位高權重，除了任命複雜外。免職出缺也非常複雜。因為曾華希望這些司法官能避免外界干擾。保證最大程度上地司法獨立。大理寺正卿和少卿只有兩種方式離職。一是正卿和少卿年滿六十歲。或者是任職滿三十年，必須請辭。
這一種請辭的正卿和少卿都會被保留原來的俸祿，享受極高的禮遇。當然，也不免除正卿和少卿自己中途請辭，不過這一類請辭，無論是由於身體原因還是其它“壓力”，都不會享受到前一類請辭的待遇。
二是正卿和少卿審刑斷事不公。有違法瀆職的嫌疑，或是昏庸無用，失職不作為，尚書行省法務部，中書行省都察院都有彈劾權，一旦彈劾案在中書行省立案，必須有超過三分之二的朝議郎同意才算透過。而門下行省也沒有行使封駁否決權，那麼曾華就會依據該彈劾決議案罷免被彈劾的大理寺正卿和少卿。
大理寺在各地設分支機構。設州、郡、縣三級理判署。是為法司，行理法裁判職權。州理判署設十六名州判官，郡理判署設十四名以上郡判官。縣理判署設十二名以上縣判官，州判官和郡判官均由大理寺正卿和少卿和議任命，縣判官由州判官合議任命，都分審刑、斷事。而所有判官和檢察官類似，都必須是律法學院畢業地，精通律法。
由此可見，大理寺及其下屬地各級法司職權極重，可以極為有效地監督地方各級官府。所以說，地方各級官員除了畏懼喜歡神出鬼沒“微服”四處探訪地都察院御史，剩下的就是這各級法司的判官。許多喜歡讀報刊有“學識”的北府百姓在遇到官府處事不及或者不公時，最是喜歡去理判署，一張訟紙就可以把官府告了。斷事判官和當地官府的行政官員有很大不同，從進學到為官都不是一個“系統”的，攀不上什麼交情。而且斷事判官在每一個地方只能任職三到五年，過後就會轉到其它地方去了。加上法司的費用俸祿等撥款都是由戶部直接撥付，再在內部一級級下發，跟各地官府沒有太多地關聯。所以法司判官們斷起案子來可沒有那麼好交情可講，而一旦被他裁斷違法，不但以前的行政處理無效，還要背上處分，不比被御史彈劾來得輕鬆。
接下來是非常關鍵的軍事機構。
按照草案，曾華以大將軍職總領北府最高軍隊領導權，以下設樞密院，算得上是北府總理軍務的最高機構。主官是正三品上“同知軍事”，由謝艾出任。
這裡需要提到的一句是謝艾歸附北府後，除了治軍理政之外，就是非常熱衷學習“曾氏兵法”。他原本就是一位“知兵”的大家，但是在長安卻是把自己當成學生，不但去長安武備學堂旁聽，還虛心向曾華和跟隨他多年的將領們請教。幾年下來，謝艾居然將“曾氏兵法”非常系統地寫成好幾部書，還以此為基礎，充分發揮、完善和補充，居然寫出了《軍略》三百篇，成為長安武備學堂的經典教材之一。原本謝艾卸任涼州刺史之後倒是很屬意去做長安陸軍軍官學院地教正，但是曾華怎麼能放過他呢，直接任命他為樞密院同知軍事。
同知軍事地副職是同知樞密院事，設兩名，分別是甘和劉顧。跟尚書行省一樣，同知軍事的命令沒有一名同知院事的副籤是無效地。
樞密院的職權非常大。首先，它最大的權力就是隻有它才有調兵權和指揮權。一旦有戰事，只有樞密院能夠接受大將軍曾華的授權，調遣北府各處陸海軍，組建戰時軍隊制度，釋出作戰目的，下達作戰命令，通知尚書行省陸海軍部立即執行動員令等等。從很多功能上看，曾華把它按照“異世”總參謀部來設定的。
樞密院下設兩署五司。等同於