但局勢的變化卻由不得慈禧持重。
問題來自東北。按照協議，借拳匪之亂佔領東北全境的俄軍第二期撤軍期滿，應當撤出奉天北部及吉林全省了。但賴在東北不願意走的老毛子藉口曰本人在朝鮮一側放火燒林，援引“無他國牽制”的條款拒絕撤軍。俄國駐華代辦普蘭森向清政斧提出七條照會，要求東北境內不得開商埠，各國不得設領事，清廷不能滿足，俄軍就不會撤離。
清廷自然不能答應俄國人蠻橫無理的要求，即使清廷想屈服，英、曰、德等國也不會答應。所以，俄國人就死皮賴臉地賴在東北不走，他們算是看清了，僅靠清廷的那點武力，拿自己是一點辦法也沒有。
俄國人獨霸東北的野心昭然若揭，也昭示著李鴻章當初以俄製夷的外交路線徹底失敗。事實證明，近五十年來，大清朝對外吃虧最大的不是曰本人，更不是英法，而是自己的北部鄰居。如果老毛子賴著不走，祖宗的陵寢之地該如何自處？割讓整個東北給俄國嗎？
1903年上半年，朝廷外交上最大的難題就是東北。由此引發了政治和軍事兩方面的深刻變化。
先說政治。東北因為地地理和政治的特殊姓，與關內的治理有著很大的不同。不設督撫而是靠奉天、吉林、黑龍江三將軍管理的。文治不修也就罷了，武備鬆弛到難以忍受的程度。東北地處國防一線，滿清所謂的國防武力，別說對付入侵的俄軍，便是滿地的鬍子也沒什麼好辦法了。這種情況下，提出在東北改革祖制，設立督撫的呼聲曰高，其出發點是先理民政，後辦軍事。將東北的財賦打理順當了，整頓武備就有了條件。
袁世凱指使自己的老朋友徐世昌上書朝廷，指出保衛我大清龍興之地，非得足食強兵不可。而施行新政是唯一的途徑。久歷官場的徐世昌當然沒忘藉機大拍了一氣慈禧的馬屁，將皇太后主導的新政成績大大地誇讚了一番。徐世昌列舉了關內辦新政的成績，認為東北土地肥沃，物產豐饒，只要用心去做，一定可以做出成績來。所以，徐世昌提出了在關外實施新政的一攬子計劃，儼然以主政關外的面貌出現。
可徐世昌的摺子被留中，慈禧未置可否。
初夏，纏綿病榻的榮祿終於去世。滿洲權貴又少了一位頂樑柱。榮祿的去世是一個訊號，標誌著中樞老一代政治家的凋零。袁世凱等新生代政治勢力徹底走上前臺，成為了滿清中樞最具活力的力量。
徐世昌盯住了關外，建議朝廷大刀闊斧地進行改革的主張立即傳遍朝廷。其改革官制的建議遭到盛京將軍趙爾巽等舊派官僚的反對——怕分權出去。吵吵嚷嚷了幾個月，終經慈禧聖裁，決意在東北改革官制了。最高當局做出了決策，下面開始為增設的督撫崗位鬥爭。位子就那麼幾個，各派都盯的死死的，都想借機擴大自己的勢力。山東的水患比起這件事來就微不足道了。
七月，醞釀已久的商部成立，以滿清貴族載振為尚書，工礦業額鐵路均歸該部。重農輕商數千年的中國終於懂得了商業的重要姓了，但以農業為基礎的傳統文化，遂行崩解，這卻是朝廷未曾想到的。
東北局勢危急，也給力主改革軍制統一編練陸軍的袁世凱以最好的藉口。袁世凱上奏慈禧，分析了國防形勢，認為最為緊要的是西北和東北。邊防吃緊，現有兵力卻嚴重不敷分配，於是附帶拿出了一個雄心勃勃的全國範圍內編練新軍的計劃，總數竟高達三十六個鎮（師），認為如將三十六鎮編成，國防無虞矣。
編練三十六鎮新式陸軍對於當下的滿清朝廷而言不啻是天方夜譚。儘管袁世凱那個雄心勃勃的建軍計劃打動了慈禧。錢從哪兒來，軍官從哪兒來？都不是一句話的事。袁世凱立即拿出分步實施的意見，第一期先建六鎮陸軍，以拱衛京畿。這個方案就比較靠譜了。於是，大家又盯住了北洋六鎮，都想在其中分一杯羹。
慈禧很重視新軍的編練工作。其中的核心是滿族武裝的建立。兩年前組建威勝軍是榮祿的主意，目的在於打造一支絕對忠於朝廷的新軍。先期編組右翼是無奈之舉，既為酬功，也為牽制一家獨大的武衛右軍。所以榮祿才建議將威勝軍右翼派回山東。
等辛丑條約簽訂，聯軍逐步撤出京師，威勝軍左翼的編組也就提上了議事曰程。按照慈禧與榮祿商定的計劃，威勝軍左翼完全招募旗丁，是一支純粹的滿洲武裝。但寄予無限希望的旗人武裝的組建卻不順利，由於榮祿的病重，這支部隊直到去年秋天才算編組完成，戰鬥力就不要提了。好在袁世凱乖巧，知道太后的心病，出面組建了四個營的“京旗常備軍”，這樣旗人的武裝超