，於是盧植官復原職，仍然任尚書。
公元189年（中平六年），劉宏駕崩，大將軍何進掌控朝政，何進聽信袁紹等人的建議，意圖剷除宦官，甚至徵召幷州牧董卓進京，盧植知道董卓必為後患，竭力勸阻，而何進不聽。
八月，發生政變，何進被殺，董卓進京，掌控朝政。
董卓意欲廢黜少帝劉辯，擁立陳留王劉協為帝，便召文武百官商討，當時無人敢言，只有盧植獨自一人出來反對，董卓大怒，下令將盧植處死，蔡邕為其求情，而議郎彭伯也趕緊出來勸阻董卓說：“盧尚書是海內大儒，士人之望！如今若殺他，天下人都會震驚失望。”董卓這才作罷，僅將盧植免職而已。
不久，盧植以年老身體不適為由，請求返回家鄉涿縣。等董卓批准後，盧植便走小路離開雒陽，董卓果然派人追殺而不及。盧植便隱居在幽州上谷郡，不問世事。
公元191年（初平二年），袁紹取得冀州，拜盧植為軍師。
公元192年（初平三年），盧植逝世。臨終前，盧植讓其子挖土穴薄葬，不用棺木，只有貼身單衣而已。
公元207年（建安十二年），曹操率軍北伐烏桓，途徑涿縣，下通告稱讚盧植的生平，並派人為其掃墓。其子盧毓，後來官至司空，有名於世。
范曄《後漢書》曾經評價道：“風霜以別草木之性，危亂而見貞良之節，則盧公之心可知矣。夫蜂蠆起懷，雷霆駭耳，雖賁、育、荊、諸之論，未有不冘豫奪常者也。當植抽白刃嚴閣之下，追帝河津之間，排戈刃，赴戕折，豈先計哉？君子之於忠義，造次必於是，顛沛必於是也。”“子幹兼姿，逢掖臨師。”
盧植著有《尚書章句》、《三禮解詁》（《禮記解詁》）二十卷，還有文集二卷，今已佚失。
《全後漢文》收錄有《始立太學石經上書》、《日食上封事》、《奏事》、《獻書規竇武》、《酈文勝誄》�