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２０日，於庭棟派出使者進入吳佩孚軍營，要求按著大元帥李國勇當初答應的條件進行談判。可是讓他沒有想到的是，吳佩孚竟然以從未接到命令為由拒絕了談判的要求，並限令於庭棟必須於三日之內無條件投降，否則城破後以戰犯論處。
又氣又急的於庭棟四處尋找軍政府的聯絡人閩大，可這時這些天一直和他朝夕相處的閩大居然人間蒸發，再不見了人影。惱怒不已的於庭棟此時即憤怒於李國勇的背信棄義，又悔恨自己攻打總督府的行為，現在軍政府和滿清兩條路都被自己親手堵死。這個時候的福州城內，民心浮躁，要求開啟城門迎接獨立軍的呼聲一片。軍營裡也暗潮湧動，甚至有的軍官直接派人去和福建組秘密接觸，要求單方面投誠。
吳佩孚限定的三日期限的最後一天，走投無路的於庭棟，終於下令開啟城門，撤消自封的閩浙總督頭銜，福建全境停止抵抗，各地軍隊無條件向獨立軍投降。
１９０４年６月２３日，閩浙戰役結束，福建浙江併入軍政府勢力範圍，設福建省，浙江省。吳佩孚，福建組，情報局相關人員都受到了或公開，或隱秘地表彰，吳佩孚更是因功提升為少將，升任民族獨立軍第四師師長，原四師師長呂遠調入新成立的黨衛軍另安排重任。
但離福建一海之隔，《馬關條約》中被割讓給日本的小島臺灣發生的事，卻沖淡了勝利的喜悅。１９０４年６月２８日，日本臺灣總督兒玉源太郎發表申明，指責了軍政府對閩浙發動的“野蠻的，無恥的襲擊”，並警告軍政府，一旦日本在臺灣的利益受到任何形式地威脅，大日本帝國精銳的軍隊會毫不留情地給於挑釁者以慘重地打擊。
這份讓李國勇幾乎氣炸了肺的申明還沒等他做出反應，日本駐上海總領事小田切萬壽之助的到訪，讓他真切感受到了日本的強橫和威脅。
小田的突然來訪，是為了俄國軍艦“滿洲”號而來。
俄艦“滿洲”號於１９０３年１２月１２日自旅順來滬，日俄戰爭爆發後奉俄海軍部之命，滯留上海。日本方面多次要求軍政府驅逐該艦，但都被得到李國勇授意的上海市長周高遠所拒絕。惱羞成怒的日本，公然將軍艦“秋津州”號駛進了滬北張華浜，以武力威脅軍政府。
李國勇冷冷地看著對面那個染他感到厭惡的日本人，冷淡地問道：“領事先生了從來不登我的大門，今天來，為了什麼事啊？”
傲慢的小田說道：“今天我代表大日本帝國給你們所謂的軍政府送來了最後通牒！”
李國勇看了眼坐在旁邊的楊度，才將目光重新投向小田：“最後通牒？本帥倒很想聽聽你們日本的通牒。”
小田清了清嗓子：“大日本帝國通牒偽軍政府及偽大元帥李國勇閣下，閣下及閣下的下屬，置中國正統政府大清帝國的‘局外中立’政策於不顧，公然袒護俄羅斯軍艦‘滿洲’號，嚴重損害了日本利益。現大日本帝國通知李國勇及其偽政府，必須於１９０４年７月２日前驅逐俄艦‘滿洲’號，否則由此引發的一切嚴重後果由偽大元帥李國勇及其偽政府自負！
一連竄的“偽”字讓李國勇火冒三丈，他強壓著怒氣問道：“我現在想知道日本所謂的嚴重後果是什麼，本帥得看看自己的肩膀能不能承擔。”
小田正色說道：“大日本帝國軍艦‘秋津州’號已駛入上海，帝國無敵的陸軍也隨時可以在合理要求無法得到滿足的情況下，以武力來維護帝國的一切利益！”
“你放屁！”忍無可忍的李國勇一下掀翻了面前的臺子，也顧不得什麼禮儀，指著小田的鼻子罵道：“小日本，回去告訴你的主子，‘滿洲’號老子還保定了！要打仗嗎？老子奉陪到底！再來個八年抗戰老子也不怕！”
八年抗戰是什麼可是在場的人都聽不懂的了，只當大帥是被氣糊塗了說出的糊話。
沒料到對方如此激動的小田，也被李國勇的態度所激怒：“李先生，我必須警告你，你這是在和大日本帝國為敵，帝國是不會容忍如此赤裸裸地威脅的！”
“赤裸裸地威脅？”氣到極點的李國勇反而笑了起來，他指著小田對屋裡的人說道：“你們見過比這人更無恥的人沒有？跑到我的大帥府以戰爭來要挾我，現在反說我赤裸裸地威脅！老子怕天怕地怕老鼠，還他媽的就不怕這些小日本！老子還就威脅了，要打仗