十餘萬人口則大部分居住在沿海地區，並採取了嚴格的保甲制度，嚴禁與山區的亂軍聯絡，於是亂軍活動的中部山區幾乎成了一個。無人區。
沒有百姓提供糧食和兵源等補給，加上大明海軍死死地封鎖了九州島與日本本州島、四國島的聯絡，亂軍經過一年多時間的煎熬，幾乎個個都成了野人，從明歷十一年開始，便有亂軍不願忍受這種折磨和煎熬，下山投降，被大明軍按照俘虜條例被移交給了日本幕府。到明歷十三年，最後一支亂軍隊伍走下深山，嚮明軍繳械，原九州亂軍已經沒有成建制的軍隊，的下的也只是零星的抵抗力量，被明軍稱之為山賊。明歷十三年開始。明軍在九州島展開大規模的“剿匪。運動，共計打死山賊土匪六百五十七人，俘虜一千二百六十一人，而有記錄的最後一個走下山區的九州山賊土匪是在明歷十六年。
在同時，第二海軍陸戰師和第七海軍陸戰師在相摸灣登陸，向鎌倉公方軍隊發起進攻，八月十九日，足利氏滿帶領關東聯軍九萬，在小田橫川與明軍展開決戰，激戰三天，明軍憑藉強大的火力和海上支援和掩護，重創了關東聯軍。是役。關東聯軍死傷超過五萬，足利氏滿逃離鎌倉，躲入甲斐國。
八月二十五日，騰出手來的足利義滿命接替兄長為管領和細川家主的細川賴基為總大將，率領十一萬大軍向南朝軍發起總攻。明軍派遣了一個軍官參謀團和師屬炮兵團助拳。在大明軍官參謀團的策戈下，北朝軍隊先是以一部進攻。與南朝軍主力一楠木正儀部激戰，然後假裝不支，開始撤退，將楠木正儀部引至鳥飲”結果遭到明軍炮兵團的火力伏擊，死傷慘重，細”賴基乘機指揮埋伏好的北朝大軍一湧而出。楠木正儀再驍勇此時也是迴天無力，其本部一萬兩千餘人以及南朝軍最後的一點家當一萬三千餘人頓時做了鳥獸散。
細川賴基逼近吉野行宮。南朝長慶天皇無計可施，只是與北朝開始談判，幾經商議，長慶天皇以日本諸國國衙領當時各國從屬於國衙的莊園歸大覺寺統，皇位繼承繼續實行“兩統迭立。”立其弟小倉宮元中親王為下一任儲君的條件，帶著象徵天皇權力的“三神器”離開吉野行宮，前往京都投降北朝。
足利義滿逼降南朝之後。準備帶著大軍開始東進，征討被明軍打得傷筋動骨的關東，在此之前，他釋出了御教書，痛斥了斯波義經、今川貞世、山名氏清、土技賴康、山名師義、大內弘世、赤松義則和京極高秀“誤國”。活人死人一塊罵，並削減他們的封地，並勒令還活著的回到各自的封地上。而斯波義經則被斥一頓後依然留任管領一職，不過有心人明白，此舉是足利義滿準備執行一國一守護的國策。
其他家還沒有怎麼。山名家和土歧家覺得自己受了天大的委屈，自己出頭反賴抗明，還不是你幕府將軍默許和慫恿的，現在敗事了，你就把全部責匹爬刊我們的頭上，是可忍。孰不可忍。於是他們兩家開姓甲聯。在暗地裡搞小動作。
土歧賴康原本就任美濃、尾張和伊勢三國的守護，在東海道極有勢力，其回到美濃後拉攏了大批的土著武士，組成“枯梗一援”祜梗是土歧家紋，一摟則是同心協力之意，雖然被削減了伊勢一國的守護，但是手裡還有兩國之地，依然強勁。
而山名家更加強勢，足利尊氏起兵之刻，當時的山名族長時氏，背離了新田一族，選擇效命於足利尊氏，在對南朝武將名和長年的戰事中多立戰功，被授予西國伯者守護之職。時氏便以伯者為中心，構築了強大的山名武士團。“觀應擾亂”中，時氏投靠了直義、直冬一方。處處與尊氏為難。幕府雖有意除之。但山名家實力過於強大，故而安然不倒。細川賴之掌權時，山名再度歸順幕府，此時其已強佔山陰十一國守護之職一當時全日本共分六十六國，所以山名時氏得名“六分一。
山名時氏於應安四隻；歹；死去，其遺產分配如下：長男師義任丹後、伯者守護，次男義理任紀伊守護，三男氏冬分得因幡，四男氏清分得丹波、山城、和泉，五男時義分得美作、但馬和備後三國，師義之子滿幸又領播磨守護之職。
山名家主山名師義在兵庫津戰死，由於師義的幾個孩子義幸、氏之尚且年幼，於是山名家主之位傳給了時氏五男山名時義。只先師義還有個兒子叫滿幸。自小過繼給了時氏四男氏清當了上門女婿，並擔任了播磨守護。現在時義接過了家主位子，山名氏清和滿幸便覺得異常不爽，但是在對抗足利義滿這個。大敵前，他們暫時聯合在了一起。
足利義滿知道國內是暗潮湧動，他一邊加強與大明的合作，透過大明的手將石見銀山和生野銀山間接控制