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在這次大清洗風暴中，軍隊也無一例外的被牽扯進來。大批老弱、不合格計程車兵被被命令從此後只負責軍屯，不再擔任戰鬥任務。而做為回報，他們每年只需上繳三成的糧食充做軍糧。這是一個皆大歡喜的命令，既減輕了這些士兵的沉重負擔，堅決了軍糧問題，也使得朱斌手下的部隊，開始有了真正職業士兵的雛形，未來將更有凝聚力、戰鬥力。
至於那些軍官，九成以上的遭到了清洗。和浙江官員案有牽連的，被朱斌毫不猶豫地送交到了黃溪那；而雖然沒有捲入這起案子，但自身能力不足的，被朱斌全部調去別處充當了閒差。
唯獨沒有受到連累，相反還得到朱斌大力提拔的，應當屬那批曾經跟隨他一起去西鳳剿滅海盜馮長興部的那些軍官。龍淄閣、李德被朱斌委以專門訓練水師的重任，火炮全部交給了魏重義加以訓練。而在這些人中，有一名軍官被朱斌一眼看中，青眼有加。這人就是在海盜偷襲牛嶼之戰中，領敗兵逆襲成功的何征途。
這何征途表字衛國，祖上朝廷軍官，曾在俞大猷手下為官。後俞大猷失勢，何家也受到了牽連，被丟官免職。到了何征途十八歲的時候，投入軍隊，平素在與海盜的戰鬥中作戰勇敢，多立戰功，只是這人生性耿直，與上司處不好關係，所以一直遲遲不得升遷。
朱斌與他略略交談，發現此人精通海戰之術。心中驚訝，追問緣由，原來何征途平生最喜海戰，多用心研究，先祖亦是俞大猷手下充任水軍遊擊。
朱斌知道，在抗擊倭寇的時候，抗倭名將戚繼光和俞大猷在大明軍隊的發展目標上曾經有過明顯的分歧。俞大猷經過多年抗擊倭寇的實踐後認為，大明軍隊在陸地上戰勝倭寇很困難，必須發展海軍。他也確實花很大力氣，建立了一支鄭和之後，明朝最強大的海軍力量。
得到何征途的朱斌大喜，當即將他調到龍淄閣手下，暫時充任一個小小官職，他再三叮囑龍淄閣好生培養，也許用不了幾年，自己手下就能多一個海戰名將。
正在朱斌廓清浙江及四府反對自己的勢力，準備掄開膀子大幹一場的時候，忽然從朝廷傳來了十萬火急文書，命浙江巡撫朱斌急速派兵進入山東，援助兵部右侍郎，總督薊遼、保定軍務傅宗龍部。而隨著聖旨一同回來的，正是被朱斌派往京城的黃飆。
原來，山東連年大旱，“秋既無收，麥又難種。野無青草，十室九空”，骨肉相殘，易子而食者，比比皆是。大規模的流民暴亂髮生，加入到暴亂隊伍中的饑民越來越多，終於形成了對大明王朝的第一次強勁衝擊。
山東變民共舉落第秀才古世清為首，號“勝軍”，古世清自稱“逆天大將軍”，對號號稱擁兵三十萬。傅宗龍屢戰皆不能勝，有幾次甚至中了古世清的埋伏，若不是部下驍將吳三桂奮勇，幾乎就成為“勝軍”的俘虜。
而大明朝廷精兵皆放於遼東，餘者都無法勝任，用兵捉襟見肘。在這樣的情況下，朝廷有官員保薦屢次以少勝多，平定山賊海盜的浙江巡撫朱斌率兵援救。崇禎大喜，當時就下了這道聖旨催促朱斌起兵！
“撫帥，京城裡的事都有了安排，剩下的我那個舅舅會幫忙打點的，嘿嘿，這次他可收了不少好處。”黃飆稍稍喘息了一下，略帶譏諷地說道。
“這個先不說。”朱斌擺了擺手：“先說說山東的情況，你在京城裡總知道得比我們多些。”
黃飆搖了搖頭：“這次賊兵勢大，古世清號稱三十萬我看沒有，不過七八萬人總有的，傅宗龍麾下將領無法統一，各懷鬼胎，這才屢戰都不能勝。朝廷的意思，若再任由這麼發展下去，只怕會引起一連串的反應……”
“撫帥，咱們打還是不打？”一邊鄭天瑞問道。
朱斌將目光投向黎風，黎風稍一沉吟說道：“看來這次非出兵不可，撫帥初到浙江，若是抗旨不出的話，對撫帥大大不利。只是有一點，咱們現在根本就沒有任何準備，兵員未訓，軍械不整，貿然出擊的話，非但於事無補，一旦敗了，還會連累軍心……”
“要完全做好準備，需要多少時間？”朱斌忽然問道。
“回撫帥，要完全做好準備，非半年不可，若勉強出征，也需六十天左右。”鄭天瑞上前一步，說道。
“打！”朱斌咬了咬牙，說道：“攘外必先安內，這仗打也得打，不打也得打，否則我大明朝廷必將根基動