多少時候的周延儒下臺，溫體仁接任成為大明首相。大學士徐光啟因為學生孫元化、張燾被斬首，憂憤國事，於是年十月逝世。
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沒有抓獲孔有德，致使其大部逃跑地龍閣，並沒有受到朱斌的責罰。因為朱斌很清楚，有些歷史可以改變，有些卻是無法改變地。況且，龍閣當初下的決心無疑是正確的，否則自己的水師必將遭到重大損失！
只是朱斌對這場仗有些鬱悶。
隨著平叛的結束，此時，已是崇禎六年的二月了。孔有德山東之叛，自崇禎四年十一月起，一直打到崇禎六年的二月，前後達十六個月之久。叛軍人數從開始時的千餘人，越打越多，最終竟有數萬之眾。由此可見當時朝廷的應變能力是何等之差！
朝廷的武將士卒，在與外族後金作戰時，總是敗多勝少；在與陝西、山西的叛民作戰時，同樣也是敗多勝少。但令人不解的是，當這些為朝廷效力時似乎算不上是精兵強將的官軍，一旦叛亂或投敵後，卻都不差不弱。將還是原來的將，兵還是原來的兵，為什麼在為大明朝打仗時這麼差，而到打大明朝時卻又變得那麼強呢？
不過山東的勝利，對朝廷來說卻實在是太重要了。
崇禎帝即位後，仗是越打越多，越打越大，卻也是越打越輸，越打越糟。這次費了九牛二虎之力，終於打敗了崇禎帝起初可能連名字都沒有聽說過的、而且原先也是朝廷軍官的遊擊孔有德，在當時也算是大功一件，可慶可賀。
於是，在這次平叛中再次立了大功的朱斌，被晉升為武英侯，加世襲錦衣衛百戶。其他參戰將領，也是賞賜有差。
而那位追著孔有德、耿仲明泛海而逃，卻因慢了一步而被總兵官黃龍邀擊俘獲的昔日明朝大將，皮島縱兵毛文龍的兒子毛承祿，被押到了北京。朝廷為此還搞了個獻俘儀式，最後把他寸而死
至於吳襄在