等三十多名學員回湖南後，成為農運骨幹。到一九二七年一月，湖南派往各縣的農運工作人員有二百零三人，農民協會會員從四十萬人激增到二百萬人，能直接領導的群眾增加到一千萬人，在湖南農民全數中差不多有一半已經組織起來。凡有農協的地方，農民對土豪劣紳、不法地主展開了減租、減息的經濟鬥爭，並旁及各種宗法的思想和制度。湖南有些縣成立縣務會議，出席這些會議的有農協和工會的代表，群眾團體實際上已參與政權的工作。
像急風暴雨般迅猛興起的農民運動，在人們面前提出了一系列以往從來沒有遇到過的新問題。如何看待這些問題，成了社會各界矚目的焦點。
同地主豪紳有千絲萬縷聯絡的國民黨右派，包括北伐軍中的一些軍官，坐不住了。“農民在鄉里造反，攪動了紳士們的酣夢。鄉里訊息傳到城裡來，城裡的紳士立刻大譁”⒀。他們攻擊農民運動“破壞了社會秩序”，是“痞子運動”，是“擾亂了北伐後方”。一些中間派分子也開始動搖起來，說農民運動已經“越軌”了，應該加以限制，防人利用。聯合陣線內部潛伏的危機越來越表面化了。
關於農民運動的爭論，也反映到黨內。
一九二六年十二月初，毛澤東從南昌到達武漢。在漢口設立中央農委辦事處，同國民黨湖北省黨部籌商農講所事情。十二月十三日至十八日，毛澤東以中央農委書記身分在漢口參加中共中央特別會議。
這次會議錯誤地根據陳獨秀的政治報告作出決議案說：當前“各種危險傾向中最要的嚴重的傾向是一方面民眾運動勃起之日漸向‘左’，一方面軍事政權對於民眾運動之勃起而恐怖而日漸向右。這種‘左’右傾倘繼續發展下去而距離日遠，會至破裂聯合戰線，而危及整個的國民革命運動。”根據這個分析，會議規定當時黨的主要策略是：限制工農運動發展，反對“耕地農有”，以換取蔣介石由右向左；同時扶持汪精衛取得國民黨中央、國民政府和民眾運動的領導地位，用以制約蔣介石的軍事勢力。事實上，蔣介石的軍事勢力和他的日益向右並不是這種策略所能限制得了的。推行的實際結果，只是單方面地限制工農運動的發展，犧牲工農群眾的利益。在會上，陳獨秀還說湖南工農運動“過火”、“幼稚”、“動搖北伐軍心”、“妨礙統一戰線”等。
會上不少人不同意陳獨秀的意見。廣東區委的負責人重申依靠工農群眾反對蔣介石的主張。中共中央委員、湖南區委書記李維漢提出，根據湖南農民運動的發展趨勢，應當解決農民土地問題，“毛澤東贊同湖南區委的主張，但陳獨秀和鮑羅廷不贊成馬上解決土地問題，認為條件不成熟。”⒁毛澤東講了他不同意陳獨秀的看法，但討論沒有展開下去。毛澤東還在會上提醒中央注意：“右派有兵，左派沒有兵，即右派有一排兵也比左派有力量。”但這些重要提示都沒有引起中共中央的注意。會議最終還是接受了陳獨秀的意見。
以十二月會議為標誌，毛澤東對陳獨秀右傾政策的懷疑越來越深了。陳獨秀本來是他非常敬重的人物，如今，在中國社會階級關係和農民運動等重大問題上，他們的分歧越來越大。毛澤東已開始敏感地注意到中國革命的兩個基本問題：土地和武裝。當然他這時的考慮並不成熟，對陳獨秀的觀點一時也拿不出充足的理由去反對。幾個月後他曾解釋說：我後來的觀點是“農民指揮著我成立的。我素以為領袖同志的意見是對的，所以結果我未十分堅持我的意見。我的意見因他們說是不通，於是也就沒有成立。”⒂
當面對著複雜的問題需要作出決斷時，毛澤東歷來主張應該從調查研究入手，把事實先切實地弄清楚。帶著農民運動是否“過火”“幼稚”的問題，他決心實地考察一下，看看農村的實際情況究竟是怎麼一回事。恰好在這時，他收到湖南全省農民第一次代表大會的邀請電：“先生對於農運富有經驗，盼即回湘，指導一切，無任感禱！”⒃十二月十七日，他從漢口到了長沙。
正在舉行的湖南農民、工人代表大會在二十日下午聯合舉行歡迎會，歡迎會的《通告》上這樣介紹毛澤東：“毛先生澤東奔走革命，卓著勳績。對於農民運動，尤為注意。去歲回湘養痾，曾於湘潭韶山一帶，從事農民運動。湘省之有農運，除嶽北農會外，實以此為最早。”歡迎大會主席在致詞時，稱毛澤東為“中國革命的領袖”⒄。
工農代表大會期間，代表們提出許多問題，由省農協委員長易禮容整理，請毛澤東一一作了解答。他還參加了大會的議案起草委員會。大會透過了四十個決議案，肯定農民以暴力打擊土