這個變法作坊建立起來，使之立即投入運轉。去冬大雪天的時候，秦孝公就想透了這個最關鍵的環節，決意仿效東方列國，使衛鞅成為開府治國的丞相。丞相開府治國，這是進入戰國後東方列國的普遍做法。所謂丞相開府，就是丞相建立相對獨立的權力機構，全權處置國家日常政務，國君只保持軍權、官吏任免權和大政決策權。國君和開府丞相的這種分權治國，在戰國時代達到了最高程度，也是中國古典政治文明的最高水準。丞相開府治國的實際意義是，國家戰車由一馬駕馭變成了兩馬駕馭，治國效率與國家生命力明顯增高。象魏國、齊國這樣的東方大國，國王其所以能全力在外交和軍事上斡旋，就是因為國家政務由開府丞相全權處置。丞相治國權的穩定帶來的另一個好處是，避免了國家由於君主年幼或昏聵無能，而產生的迅速衰落與政權顛覆，大大的有利於國家穩定。
但是，對於落後的秦國來說，這是一件很難的事情。
長期的馬上征戰，秦國的權力機構從來都很簡單。早秦部族時期，是直接的軍政合一。一個最高頭領加左右兩個庶長，便是全部最高權力。立國之後雖然官署多了些，但與東方大國相比，依然帶有濃厚的簡單化與籠統化。即或在春秋最強盛的那一段——秦穆公時期，秦國的官制也沒有擺脫傳統的軍政合一，權力結構的劃分依然很是簡單籠統。在這一點上，秦國與早期周部族有很大的不同。周人出了個聖人級的領袖，這就是周文王。他對發達的中原殷商文明不是排斥，而是靠攏吸收，使周部族在作為殷商西部諸侯的時候，就在官制民治方面與殷商王朝的中央政權保持著大體上的同一性。沒有這樣的基礎，就沒有後來另一個聖人級領袖——周公旦全面制定《周禮》的可能。也就是說，周部族在諸侯國時期，已經做到了與中原發達文明保持大體同步，已經完成了國家權力結構方面的基礎準備。而秦部族一直在死拼硬打，一直沒有湧現建立基礎文明的聖人，所以在成為諸侯國三百年後，依然保留著簡單落後的官制，保留著落後的治國方式。
整個春秋時期，秦國的官制很簡單，名稱也很怪誕，這一點與楚國大體相當。國君稱為“伯”，實際上是“霸”的意思。執政大臣稱為“庶長”，先後曾經有過大庶長、左庶長、右庶長等不同設定。掌軍事的大臣為“威壘”與“帥”。掌國君護衛的將軍為“不更”，掌外事的大臣為“行人”等等。唯一的例外是秦穆公將百里奚的官職定為“相”，大約因為百里奚是東方士子而用了一個東方執政大臣的名稱。從此以後，“相”這個職位在秦國一直沒有出現過，直到秦孝公時期，執政大臣仍然叫左庶長。秦獻公時期，有了“大夫”的設定，但職勸依舊很模糊。譬如甘龍是上大夫主政，同時又有一個執政的左庶長，事權自然就多有糾葛。
秦國沒有設過丞相，也從來沒有過由一個大臣獨立開府來行使權力的先例。長期征戰，閉鎖關西，秦國朝野長期孤陋寡聞，對重臣開府治國所知甚少，也很難理解。相反，對開府的另一面——分權倒是更為敏感。在貴族和庶民的眼中，都覺得這是在和國君分庭抗禮，大有叛逆之嫌。秦國既往的治國大臣，只有秦穆公時代的百里奚和秦獻公時期的上大夫甘龍，稍稍有一些“開府”的影子。實際上，也就是八九個文吏加上主政大臣自己而已，只能辦些糧草賦稅賑災濟民之類的具體事務，軍國大事還得由國君決策調遣。這種“開府”，和東方大國的丞相開府在權力、規模和政務效率上遠遠不能相比。
秦孝公很想從衛鞅變法開始，改變秦國官制的落後狀況。
他很明白，由於諸多原因，衛鞅在官制變革方面肯定有所顧忌，尤其在國府上層的官制變革方面不好徹底放開手腳。若沒有他這個國君出面為衛鞅開啟局面，在秦國這樣一個落後的軍爭國家，衛鞅將很難展開徹底變法。孝公本來就是個胸懷開闊、志向遠大的青年英傑。自與衛鞅促膝長談，對天下大勢列國變革瞭然於胸後，雄心大起，便決意與衛鞅這樣一個乾坤大才共同駕拉秦國這輛鏽蝕的戰車。秦孝公是自信的，他絲毫沒有想到大臣開府對國君的威脅，更不會想衛鞅會成為威脅。目下，秦孝公想的做的都只是一件事，增大衛鞅權力，使衛鞅成為與他共同治國的總政大臣，而不是秦國傳統的的左庶長，即或傳統左庶長的權力已經很大了。他思慮周密，既要紮實的達到實際目的，又不想國人疑慮，反覆揣摩，便採取了“重實輕名”的方略——在名義上儘量沿用老秦國舊稱，在實際上則一定做到象東方大國一樣的治國方式。
秦孝公沒有冊封衛鞅為丞相，而仍然封他為左庶長。這是秦