款助中國軍費說動了大總統黎元洪。3月，黎在國會透過與德斷交的決議。此時，日本亦想中國與它加盟參戰，遂向總理段祺瑞提類同支助，並說，段既可以用軍費練兵，而且不必發兵去歐洲。正好段欲謀求擴大隊伍，意圖武力統一中國，對參戰問題更賣力。然而當他擬向德提出宣戰時，大總統黎元洪竟然拒絕覆籤。是因為美國見日本接觸段祺瑞，又改變了初衷，叫黎元洪反對。其實美國和日本都冀期以說服中國參戰來增加他們在國際間的在華威信和影響。與此同時，日本早已祺先一著，驟然派軍進入山東，佔據了原是德國在華的諸項利益，準備於大戰後就此取而代之。而且於3月間，又秘密地取得英、法、意、俄四國默許。四國基本上已同意承認日本今後在山東的既得利益，並商好要求日本使中國對德宣戰作為交換條件。至此，美國認為，中國若參戰將使日本更有利，於是改而要黎元洪主張保持中立，以削弱日本在華勢力的擴大。由於美國反覆，黎元洪隨著變。
但段祺瑞受日本的承諾所誘，欲藉參戰，博取軍費。他旨在增強他個人的武裝力量。4月，段借名召集「皖系」集團十多省督軍進京會議，其實是向黎元洪施壓力，終迫使對方在參戰書蓋了章。可是，5月，提交國會透過時，因議員反對被阻。段祺瑞於是仿效袁世凱當年故技，命手下組織公民請願團在外叫囂，務要國會即日透過參戰提案。然因恐嚇未果，段祺瑞心雄氣盛，竟要黎元洪解散國會。黎在原國民黨議員以及美國公使允為後盾的許諾下，毅然於5月23日下令免去段祺瑞的國務總理職位，至此「府院之爭」達到高峰。段亦立即鼓動各省的督軍宣佈獨立，脫離中央。他自己則於6月2日離開北京轉移至天津，並在那裡成立「獨立各省總參謀處」，繼續向黎分庭抗禮。
其實黎元洪與原國民黨那些國會議員缺乏武裝力量；與段交惡，無以力抗。此時屯兵徐州的張勳遂主動向黎表示他可代為出面調停。黎即接納張意，促其帶兵入京。黎以為可借張勳來抵擋段，卻未料張勳私下另外有所圖。
張勳原是清廷的帶兵者；改共和後，繼續擁兵。而且以士兵保持留辮來表示對清廷的忠心不改，並同時獲袁世凱的姑息及原立憲派人士的賞識。屯兵一隅，伺機而動。從1916年起，以安徽督軍之銜，曾多次集各省督軍同在徐州會議，一面擴大勢力，一面密謀復辟。至1917年，藉黎元洪與段祺瑞二人府院之爭呈白熱化，遂在徐州與各省督軍舉行第四次*。又因段祺瑞遣親信參與，另得德國在幕後說支援，張勳提出復辟帝制，獲得出席督軍贊同。6月，因有黎元洪的電邀，張率辮子軍北上，表面上他是充調停。14日至北京，張即命黎解散國會，繼而要黎本人辭職。同時，張自己一面進皇宮參見溥儀密商細節，一面召立憲派康有為等進京安排一切。7月1日，清帝復位。2日，黎元洪逃入日本使館，並向外宣佈自行解職。與此同時，張勳自封議政大臣、兼直隸總督及北洋大臣，亦即把軍政大權包攬於己身，並將一批同謀者加官和拜爵。年僅十二歲的溥儀第二次被宣為中國皇帝。滿清皇朝又告開始繼續，1917年改宣統九年，史稱「張勳復辟」。
然而，致力於共和政制革命的孫中山在上海發表「討逆宣言」，通電全國起來反對。各地紛紛舉行*，聲討這次復辟行動。孫並召集革命黨人在其住宅討論對策，本來曾商得當時海軍總長程璧光派遣軍艦到秦皇島接黎元洪南下復職，繼續共和，興師北伐。但黎由於藏身日本使館避難，日公使拒護黎至軍艦而未果。直至7月6日，因當時廣東省長朱慶瀾派專使及將領陳炯明等抵滬邀孫中山至粵組織新政府，孫遂登艦，並且得程璧光指揮當時海軍支援，率員南下。
但當孫於17日抵達廣州時，北京方面已起變化，張勳的復辟崩潰了。因為7月12日段祺瑞已從天津發兵，附和著全國的反帝怒潮，他自封為討逆軍總司令，分兵三路東西並進。7月14日段率領其精銳的北洋隊伍重新開入北京，既趕走張勳的辮子兵，並再使清帝溥儀退位。張勳忙遁入荷蘭使館躲命，段祺瑞又輕易地再建共和。
不過，段在這次重掌北京政府總理職權之後，卻拒絕再履行「臨時約法」，也不恢復已解散的國會。8月1日他邀馮國璋入京就任代總統；8月14日更以政府名義向德國宣戰。8月28日段委任梁啟超為財政部長向日本財團貸款一千萬元，名為「用於參戰」，實則「自擴軍力」，為私下意圖他日武力統一中國而籌購軍備，增強他的皖系部隊。
面對北京這樣的新形勢，孫中山決在粵組新政府，譴責段祺瑞的這次所謂「討