邵樹德已經安坐煙臺港好幾個月了。如今山東的局勢相當微妙，但短期內看來似乎也無任何大戰的可能。
在攻克濟南後的四個多月時間內，東岸軍隊趁著清軍主力雲集山西，平定該地的姜鑲、王永強、高友才、韓昭等人的叛亂時，在山東迅速清掃清軍殘餘勢力。6月下旬，茅德勝率領的步騎主力向北攻擊德州，清軍數千滿蒙八旗接獲指令後退入河間府境內，斷後的李率泰部綠營堅守城池五日，後被擊破，麾下七千餘軍隊大部投降，少許死硬分子死於巷戰。
6月30日，邵樹德率部分得勝之軍南下，進擊由淮安府北上的高第及退守此地的孔希貴部殘兵。7月10日，雙方在沂州大戰，清軍大潰，損兵兩千餘人，餘部皆退往徐州；7月中旬，東岸大軍並杜衝引來的兩萬多農民軍一起殺進徐州，一番大戰後再度擊潰清軍，孔希貴所部遭到毀滅性打擊，其本人僅率數十騎狼狽南逃，與高第一起退入淮安府境內；8月上旬，在淮安府北部大掠一番後，邵樹德下令收兵返回濟南。
回到濟南後，一邊緊張地組織物資搬運工作，一邊大力蒐羅東岸所需的各類手藝人；到了入秋後，又徵發民夫收割田野裡的糧食，然後統統裝車運回登州。除預留了少量口糧給當地百姓外，邵樹德是一粒糧食也不願留給清軍。
到了10月下旬時，濟南府、東昌府、兗州府、青州府地裡的糧食收割結束，濟南城近些年來的積蓄（崇禎十五年濟南已被入關清軍屠戮搶掠一空）也已被東岸人搬空，就連其城牆也被盡數拆毀。再也不復當年舊觀。而此時北征德州的茅德勝部主力，也剛剛從河間府諸州縣返回，同時還驅趕著大量百姓和牛羊。無論是百姓還是牛羊，都將被送到登州去待命，或者運往東岸本土。或者等待開春後運往後方庫頁島。
11月初，由數千蒙古馬隊組成的清軍前鋒在河間府、歸德府一帶連續擊破榆園軍各部，這是半年多以來，八旗兵首度出現在山東左近；11月10日，更多的訊息從陸續潰退回來的榆園軍處傳來：清軍已經陸續攻克大同，姜鑲敗亡；由於山東情勢緊張。多爾袞在攻破大同之後，第一時間責令敬謹郡王尼堪率領滿蒙八旗前鋒數千人直撲與山東交界的河南、北直隸各府，以迅速穩定局勢，不讓戰火徹底蔓延到北方諸省。因此時山西局勢尚未徹底平定，除姜鑲、王永強二人伏誅外。其餘各地多有踞城而守的“逆賊”，因此譚泰、滿達海、博洛等人率領的八旗主力，仍在和吳三桂、李國翰、石廷柱、左夢庚等漢軍將領一起“平賊”。
當然以上訊息並不是榆園軍們帶來的，而是茅德勝、邵樹德、張旭東、楊明陽等東岸主要軍政官員，透過各種訊息以及歷史軌跡判斷推匯出來的，而實際上他們的判斷很準，基本符合事實。
雖然認定了清軍主力一時間仍然難以集結起來進攻山東，但邵樹德卻不打算在濟南府一帶繼續逗留下去了。長期征戰了整整一年。東岸大軍士卒皆有些疲憊，因此還是早些返回登州為妙。正好也趁此時機論功行賞，並徹底整編一下各部僕從軍。
12月初。隨著越來越多的清軍出現在北直隸、河南一帶，邵樹德終於率軍離開了濟南城，直朝登州府而去。此番回師，因為船隻都已被徵調去運輸移民，因此大軍只能靠兩隻腳走回去了。邵樹德撤後，茅德勝率領的東岸陸軍主力也開始緩緩收攏。依次撤離了濟南府。他們走之前，也分派了大量信使去到各路抗清義軍營中。向他們痛陳厲害，希望他們不要做無謂的犧牲。與東岸人一起撤到登萊二府安身，也好“互相照應”。
只可惜榆園軍等地方土賊戀家難捨，不願東去登州，他們打算返回東昌府的老營固守，就像這十幾年來所做的一樣。其他各路人馬也差不多是同樣的意思，只有丁維嶽的團練軍、曹州李化鯨反清義軍殘部，以及追隨杜衝的少量騾子軍願意東去登州看看。
茅德勝對此非常惋惜。他覺得這些人雖然戰鬥力不咋滴，但抗清意志卻普遍很頑強，至少比姜鑲、金聲桓、李成棟之類的投機分子要強多了。隨著清軍平定山西局勢——這差不多就是接下來幾個月內的事情——精銳的滿蒙八旗主力以及大量綠營也將能夠隨之東調山東，這對山東西三府的各路抗清義軍而言幾乎是致命的。只可惜他們都是“坐寇”，而不是“流賊”，鄉土意識又濃，幾乎很難說服他們放棄老巢去一個人生地不熟的所在，最終的下場多半是被清廷一一剿滅。
東岸主力撤走後，12月底，譚泰、博洛二人也率軍抵達北直隸河間府，瓦克達、滿達海、吳三桂等人繼續在山西清剿，固山額真李國翰、陝西總