之一，位於歐亞板塊內部，由地殼斷裂下陷形成，絕大多數科學家都認為貝加爾湖深處特有的動物殘遺種約形成於三千萬年前到兩千萬年前。貝加爾湖的產生據說是因為亞洲地殼沿著一條斷層慢慢拉開，出現了一條地溝。起初，這條地溝深八公里，但隨著歲月流逝逐漸被淤泥填塞，從淤泥中的微生物化石可以顯示其形成年代。絕大多數的湖泊，特別是冰河時期的湖泊，都形成於1.5萬年前到1萬年前。然後這些湖泊漸漸被沉積物填滿，變成季節性沼澤、沼澤，最後徹底乾涸。最近的研究表明貝加爾湖不是一個即將消失的湖泊，而是一個處於初始期的海洋。和非洲洲東部的紅海一樣，貝加爾湖的湖岸每年以兩厘米的速度向兩邊拉開。貝加爾湖擁有作為許多海洋的典型特徵——深不可測，巨大的庫容、暗流、潮汐、強風暴、大浪、不斷變大的裂谷、地磁異常等等。貝加爾窪地是不對稱的，西部的坡面比東部更加陡峭。
從地質構造上看，貝加爾湖是一個斷谷的凹部，一個深入到地下15-20千米深處的大裂口。貝加爾湖和它的匯水區是世界上一個獨特的地質體系。貝加爾湖位於西伯利亞東部中心地區，距離其西南邊的亞洲大陸地理中心烏魯木齊縣約1600千米。貝加爾湖的山谷窪地是西伯利亞地區重要的自然屏障。這一自然屏障將不同的動植物區分開，在這裡生長著許多獨特的生物群落。
貝加爾湖位於一很深的構造山谷地帶，四周高山圍繞，有的高出湖面2000米。湖底沉積層厚達6100米。岸邊有死火山遺址。
湖底谷地兩岸地形不對稱，西岸為陡坡，東岸坡勢較緩。8%的湖底很淺，只有50米（160呎）深。曲折的湖岸線總長2100千米，在巴爾古津灣、奇維爾庫斯基(chivyrkuysky)灣和普羅瓦爾灣，以及阿亞亞(ayaya)小港和弗羅裡哈(frolikha)小港等處有很大的凹入處。東岸有一半島伸入湖中，名聖角(s)半島。湖中有27個島嶼，最大的島嶼是奧利洪達島（長71.7千米，最寬15千米，面積約為730㎞?）。大烏什卡尼(bolshoyushkany)島面積8㎞?。
地殼運動尚在繼續，偶爾發生強烈地震；每年貝加爾湖大約會發生兩千次地震(未完待續。)