事情鬧大以後，北鴨子湖地區行政公署派出巡警火速封鎖各條道路，攔截一切可疑分子並就地隔離。同時，陸軍部下令隔壁的西湖縣民兵大隊抽調兩個中隊前往病情最嚴重的煤河鄉，對確定患病的以及疑似患病的村落都進行了封鎖。其中，東岸人自己的村落由醫生全面進駐排查情況，瓜拉尼村落則被立刻封鎖，若有不從者立刻射殺。
鴨子湖流域三個縣的醫生大部被調集到了煤河鄉，他們穿戴著嚴格消毒的醫用罩袍，前往幾乎已整體死絕的瓜拉尼村落，收殮病死者屍體並進行解剖，以確定他們的死因。與此同時，另外一支隊伍也被派往村外，去尋找瓜拉尼人處理掉的患病者屍體。沒掩埋的立刻掩埋，草草挖好的墳塋也被進行了加固，最後還由專人進行了統一的消毒。
在經歷此事後，東岸衛生部門更是對城鄉居民加大了常見傳染病的科普力度。比如可怕的霍亂病，以前就曾被人當做普通的腸胃病或急腹症，這往往會引起極大的災難。等到病情被確診時，事情往往已經不可收拾了，因此，適當的科普以及醫療應急措施，是對付此類惡性流行病的唯一辦法。小小的東岸積攢人口不易，要是每個月都來這麼幾場大規模流行病的話，那麼這個國家啥也不用幹了，整天咬牙切齒地去和疾病折騰吧。
此次事件還有一個意外的副作用。那就是東岸居民對瓜拉尼人的容忍度大幅降低，他們開始排斥瓜拉尼人進入東岸共和國的領地內定居或尋找工作機會，基層的東岸民兵、巡警甚至普通村民都對瓜拉尼人橫眉冷眼，進行言語侮辱或者人身攻擊，而政府往往對此視而不見。雖然這些瓜拉尼人也是傳染病的受害者，那些患病的瓜拉尼村落甚至全村全村地病死，但失去親人的東岸居民可不會換位思考，他們只需要知道這些瓜拉尼人是“不詳”的，給自己帶來了災難，因此需要驅逐他們。瓜拉尼人的處境，彷彿在一夜之間就大幅度惡化了！
六月初，地區行署衛生局的工作人員在走遍大荒農場、灌木農場後，發現此次猩紅熱沒在其他地方爆發，這讓大家鬆了一口氣。現在這兩座農場內的人口越來越多，其中老人和小孩的數量也增加地很快。麻疹、天花、猩紅熱和白喉之類反覆在東岸發作的流行病雖然對成年人來說不是什麼特別大的麻煩，但一旦在體弱的兒童中大肆流行，很顯然會導致東岸新生兒的大量夭折。近些年來，東岸共和國各縣鄉的嬰幼兒夭折率居高不下，未嘗沒有這些反覆發作、折磨地東岸人********的疾病的一份“功勞”。
在這些可怕的疾病中，除了天花可以依靠牛痘等稍稍抑制（效果其實也不太顯著）一下以外，其餘疾病往往令人束手無策，東岸每年有大量的新生兒無法擺脫各類疾病的折磨而死去。尤其是那些人口相對較多、汙染程度相對更嚴重、人口流動相對更頻繁的老定居點，疾病發病率相當高，嬰幼兒大批死亡。
而每當出現發病症狀的時候，巡警們往往如臨大敵，將發病人及其家屬嚴格限制在自己的房屋內，以儘量減少傳染的可能。當然以上也就是他們所能做的極限了，東岸政府對疾病、病菌的研究還很膚淺——他們甚至連一臺高倍率的醫用顯微鏡都沒有，各種針對性藥物的研發也進展緩慢，這些都是導致疾病多發且致死率偏高的原因所在。
好在東岸還是地廣人稀的新大陸地區呢，若是在人煙稠密的舊大陸，一次大規模流行病往往就能讓一個城市元氣大傷。在這個年代的記錄中，死亡人數在幾萬乃至十幾萬的地區流行病（傳播範圍極小，但死亡率很高）比比皆是，東岸每次爆發流行病只有區區幾十最多數百的死亡人數，已經充分說明政府運轉高效，措施應對得力了。
1649年6月20日，西嶺地區行署解除了隔離令，宣告此次猩紅熱未及大規模爆發便被撲滅於萌芽狀態。與此同時，西大荒地區廣泛播種的“先鋒1649”大豆也獲得了大豐收，上到農場經營者、下至普通農業僱工們，全都喜氣洋洋。
此次事件還有一個意外的副作用。那就是東岸居民對瓜拉尼人的容忍度大幅降低，他們開始排斥瓜拉尼人進入東岸共和國的領地內定居或尋找工作機會，基層的東岸民兵、巡警甚至普通村民都對瓜拉尼人橫眉冷眼，進行言語侮辱或者人身攻擊，而政府往往對此視而不見。雖然這些瓜拉尼人也是傳染病的受害者，那些患病的瓜拉尼村落甚至全村全村地病死，但失去親人的東岸居民可不會換位思考，他們只需要知道這些瓜拉尼人是“不詳”的，給自己帶來了災難，因此需要驅逐他們。瓜拉尼人的處境，彷彿在一夜之間就大幅度惡化了！