沁奏劾御前大臣鄭親王端華修改大考侍講學士保清試卷，阻止不聽，驕矜亢愎，難與共事。詔端華退出御前大臣，保清褫職。戊戌，以慧成為河東河道總督。
秋七月己未，廣東羅鏡淩十八股匪剿平，上嘉獎之。烏什辦事大臣春熙奏，回匪鐵完庫裡霍卓竄擾烏什，官兵擊退。詔參贊詳查以聞。甲子，詔軍務未竣，需材孔亟，其有知兵之人，所在保舉錄用。詔直省修整城垣。丙寅，協辦大學士杜受田卒。丁卯，羅繞典奏，行抵長沙，聞知賊由道州竄出江華、永明、桂陽、嘉禾，誠恐衡郡有失，省垣亦應預防。得旨，即妥籌辦理。戊辰，給事中袁甲三劾定郡王載銓、尚書恆春、侍郎書元，迭查有跡，各予譴責，其題詠載銓息肩圖各員，並下部議處。庚午，奕山、布彥泰奏，回匪倭裡罕糾約布魯特突入卡倫，官兵擊卻之。壬申，洪秀全攻陷郴州。甲戌，常大淳奏嶽州宜籌防堵，詔徐廣縉撥兵前往。以麟魁為刑部尚書。
八月己卯朔，向榮以稱病規避奪職，遣戍新疆，尋留軍自效。以福興為廣西提督。癸未，初舉經筵。甲申，詔湖廣督撫：“湖南之洞庭湖、湖北之大江，均有捕魚小船及經商大船數千百隻，亟宜收集，免為賊用。其各船水手習於風濤，堪充水勇，其即留心招集。”己丑，羅繞典、駱秉章奏，賊匪陷安仁、攸縣，進圖省城。敕賽尚阿速解省圍。庚寅，命廷臣會籌軍儲。調常大淳為山西巡撫，以羅繞典為湖北巡撫，張芾署江西巡撫。甲辰，命暫免四川、江西商販運往湖北米稅。調福建、浙江兵一千名赴江西防堵。
九月己酉，詔賽尚阿視師無功，貽誤封疆，褫職逮問，籍其家。辛亥，以載銓為步軍統領，以訥爾經額為大學士，禧恩協辦大學士。甲寅，獲西寧番賊阿里克公住，斬之。命駱秉章暫留湖南會辦。戊午，上謁東陵。恤湖南陣亡總兵福誠等世職。己未，常大淳奏賊將北竄，防禦兵單。命徐廣縉撥兵赴嶽州助防。丁卯，上還京。
冬十月辛巳，上臨贈大學士杜受田第賜奠，加其父杜堮禮部尚書銜。甲申，黃宗漢奏請浙江新漕改由海運，從之。壬辰，季芝昌免，以吳文鎔為閩浙總督。
十一月丁未朔，日有食之。丁巳，賊陷嶽州。戊午，起琦善署河南巡撫。辛酉，詔徐廣縉分兵防守武昌、漢陽、荊州，陸建瀛、蔣文慶各就地勢扼要嚴防。癸亥，以賊近湖北，敕琦善嚴防河南邊境，詔張芾嚴防沿江要隘。甲子，以文慶為戶部尚書。癸酉，賊陷漢陽，命陸建瀛馳赴上游防堵。乙亥，復向榮提督銜。詔在籍侍郎曾國籓督辦團練。調福珠洪阿為江南提督。
十二月丁丑，敕各省紳士在籍辦理團練。命四品京堂勝保從軍河南。癸巳，賊陷武昌，巡撫常大淳死之。上切責督軍大臣不籌全域性，擁兵自衛，逮徐廣縉治罪。以向榮為欽差大臣，督辦軍務，張亮基署湖廣總督。以葉名琛為兩廣總督，柏貴為廣東巡撫。癸卯，向榮奏賊連陷武、漢，搭有浮橋，必須多備砲船，將橋焚燬，方可進剿。得旨：“刑部郎中盧應翔所帶砲船，曾在長沙擊賊，即迅赴軍前。”甲辰，吉林、黑龍江徵兵到京。得旨：“每起間二日起行，帶兵官嚴守紀律，不得多索車輛，騷擾驛站。”祫祭太廟。
是歲，免直隸四十二州縣、山西一府災賦，浙江四十八州縣緩徵銀米各有差。朝鮮、暹羅入貢。
三年癸丑春正月丁未，調青州副都統常青兵移防豫、楚。戊申，張亮基奏，賊目蕭朝貴實在長沙城外轟斃，起獲屍身，驗明梟剉。己酉，蔣文慶奏城薄兵單，移調東西梁山兵勇來城防禦。癸丑，向榮奏，武昌踞賊抬砲上船，意欲逃竄。陸應穀奏，偵得賊匪開年有東竄安慶、江寧之信。敕向榮多方偵備，迎擊兜剿。甲寅，敕步軍統領、前鋒統領整備軍實，盤詰奸宄。甲子，賊陷九江，陸建瀛退守江寧。賽尚阿論斬，革其子崇綺等官職。丁卯，命工部左侍郎呂賢基回安徽辦防，加周天爵侍郎銜，會辦防務。壬申，陸建瀛褫職逮問，以祥厚為欽差大臣。癸酉，以山西、陝西、四川三省紳民捐輸軍饟，加鄉試中額、生員學額。甲戌，賊陷安慶，蔣文慶死之，命周天爵署安徽巡撫。予江西陣亡總兵恩長世職。
二月丙子朔，詔：“京師八旗營兵十五萬之多，該管大臣勤加訓練。”贈恤湖北殉難學政馮培元加侍郎，諡文介，布政使梁星源諡敏肅，按察使瑞元諡端節，及知府以下官各予世職、建專祠，提督雙福、總兵官王錦繡附常大淳祠。丁丑，釋奠先師孔子。遣少卿雷以諴、侍講學士晉康往南河，少詹事王履謙赴東河，會辦防務。癸未，上臨雍講學，加衍聖公孔繁灝太子太保。丁亥，敕文臣三品以上養廉以四成、武臣二品以上以