。冬十月，定通商稅則。時英人以條約許增設長江海口商埠，欲先察看沿江形勢。定約後，即遣水師、領事以輪船入江，溯流至漢口，逾月而返。
是年，議通商善後事。時各國來天津換約，均因桂良原議，改由北塘海口入。獨英船先抵天津海口，俄人繼之，突背前約，闖入大沽口。直隸總督恆福遣人持約往，令改道，不聽。九年夏五月，英船十餘艘駛至灘心。越日，豎紅旗挑戰，拽倒港口鐵釒巢、鐵椿，遂逼砲臺，開砲轟擊。時僧格林沁防海口，開砲應之，沈毀其數船。英人復以步隊接戰，又敗之。十年夏六月，復犯天津海口，直隸提督樂善守北岸砲臺，拒戰，中砲死。時僧格林沁尚守南岸砲臺。詔罷兵議撫，乃自天津退軍張家灣，英遂乘勢陷天津。尋復遣僧格林沁進軍通州。帝仍命大學士桂良往天津議撫。桂良抵津，牒洋人商和局。英公使額爾金、參贊巴夏裡請增軍費及在天津通商，並請各國公使帶兵入京換約。桂良以聞，嚴旨拒絕，仍命僧格林沁等守通州。
八月，英人犯通州，帝命怡親王載垣赴通議款。時桂良及軍機大臣穆廕皆在，英使額爾金遣其參贊巴夏裡入城議和，請循天津原議，並約法使會商。翼日，宴於東獄廟。巴夏裡起曰：“今日之約，須面見大皇帝，以昭誠信。”又曰：“遠方慕義，欲觀光上國久矣，請以軍容入。”王憤其語不遜，密商僧格林沁，擒送京師，兵端復作。時帝適秋獮，自行在詔以恭親王奕訢為全權大臣，守京師，並詔南軍入援。時團防大臣、大學士周祖培，尚書陳孚恩等議籌辦團練城守事。恭親王、桂良駐城外，而英師已薄城下，焚圓明園。英人請開安定門入與恭親王面議和，乃約以次日定和議，而釋巴夏裡於獄，遣恆祺送歸。九月，和議成，增償兵費八百萬，並開天津商埠，復以廣東九龍司地與英人。是年，用裡國太幫辦稅務。
十一年春二月，英人始立漢口、九江市埠，均設洋關。九月，總署因與英使卜魯士議暫訂長江通商章程十二款，納稅章程五款。是月，交還廣東省城。卜魯士始駐京。同治元年，粵賊陷蘇、松、常、太各城，各國懼擾上海商務，謀自衛。英水師提督何伯隨法、美攻剿，復青浦、寧波諸處。捷聞，嘉獎。九月，與英人續訂長江通商章程。二年春，以英將戈登統常勝軍，權授江蘇總兵。四年秋七月，英交還大沽砲臺。
五年春正月，與英人議立招工章程。七年十二月，臺灣英領事吉必勳因運樟腦被阻，牽及教堂，洋將茄當踞營署，殺傷兵勇，焚燒軍火局庫，索取兵費。事聞，詰英使，久之，始將吉必勳撤任。未幾，英兵船在潮州，又有毀燒民房、殺死民人事，幾釀變。八年九月，與英換新約，英使阿禮國請朝覲，不許。九年，請辦電線、鐵路，不許。既而請設水底電線於中國通商各口，許之。十年，請開瓊州商埠。先是同治七年修新約，英使阿禮國允將瓊州停止通商，以易溫州。至是，英使威妥瑪與法、俄、美、布各國鹹以為請，允仍開瓊州。十二年，穆宗親政，始覲見。初因覲見禮節中外不同，各國議數月不決，英持尤力，至是始以鞠躬代拜跪，惟易三鞠躬為五，號為加禮。
光緒元年正月乙卯，英繙譯官馬嘉理被戕於雲南。先是馬嘉理奉其使臣威妥瑪命，以總署護照赴緬甸迎探路員副將柏郎等，偕行至雲南騰越�屬蠻允土司地被戕。時岑毓英以巡撫兼署總督。威妥瑪疑之，聲言將派兵自辦。帝派湖廣總督李瀚章赴滇查辦。威妥瑪遂出京赴上海，於是有命李鴻章、丁日昌會同商議之舉。威妥瑪至津見李鴻章，以六事相要，鴻章拒之。政府派前兵部侍郎郭嵩燾使英，威妥瑪亦欲拒議。又駐滬英商租上海、吳淞間地敷設鐵軌，行駛火車，總督沈葆楨以英人築路租界外，違約，飭停工。至是，威妥瑪遣其漢文正使梅輝立赴滬商辦，鴻章乃與約，令英商停工，而中國以原價購回自辦。初上海既通商，租界內仍有釐捐局，專收華商未完半稅之貨。至是，威妥瑪欲盡去釐捐局，界內中國不得設局徵收釐稅，鴻章請政府勿許。
二年五月，諭：“馬嘉理案，疊經王大臣與英使威妥瑪辯論未洽，命李鴻章商辦早結。”六月，命鴻章為全權大臣，赴煙臺，與威妥瑪會商，相持者逾月，議始定。七月，鴻章奏稱：“臣抵煙臺，威妥瑪堅求將全案人證解京覆訊，其注意尤在岑毓英主使。臣與反覆駁辨，適俄、德、美、法、日、奧六國使臣及英、德水師提督均集煙臺，往來談宴，因於萬壽聖節，邀請列國公使、提督至公所燕飲慶賀，情誼聯洽。翌日，威使始允另議辦法，將條款送臣查核。其昭雪滇案六條，皆總理衙門已經應允，惟償款銀數未定。其優待使臣三條：一，京外兩國