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孔融這樣說，看來的確是活膩了。可是，孔融名聲太大，曹操要是直接殺他，會落下打擊迫害人才的嫌疑。最好是讓別人去殺孔融，可是天下之大，誰敢殺孔融呢？曹操在苦苦思索。
荀彧和孔融雖然阻擋了九州制的步伐，但是沒有阻擋得了曹操權力擴張的步伐。殺了袁尚之後，曹操已是天下獨尊，可是他的官職才只是一個司空，與司徒趙溫並列三公。司空要是什麼都說了算，從程式上說有很大麻煩，最起碼一點，曹操不可能直接過問司徒要管的事兒。
怎麼辦？那就不要趙溫做三公了，208年春，曹操罷免了趙溫。可是，司徒罷免了，司空也該罷免啊，曹操毫不猶豫地把自己從司空位子上罷免了。這樣，三公制度告別了歷史舞臺。
同樣是被罷免，趙溫回家抱孫子去了，曹操卻自任為丞相。曹操宣佈自己為丞相的時候，很多不好學習歷史的年輕人，都不知道什麼是丞相。就漢代來說，西漢成帝以前，基本上是丞相制，三公並未實際權力，丞相權力很大，到了成帝，為了限制丞相的權力，就把御史大夫改為司空，與大司馬、丞相併列為三公，削弱了丞相的權力。到了東漢，丞相這個職位乾脆消失了，三公改為太尉、司空、司徒。現在，曹操要統領權力，恢復丞相制度，從而獲得一人集權的合法性。六月份，曹操當上了丞相。
按照丞相制，應該設立御史大夫作為丞相的副手。御史大夫負責監察百官，需要德高望重者擔任，八月二十三日，曹操公佈了御史大夫的人選，所有人都大吃一驚。曹操公佈的人選是郗慮，此人此前擔任光祿勳，雖然也位列九卿，但是職責是守衛宮殿門戶，資歷淺，經驗少，怎能去彈劾百官？而且，郗慮與孔融關係惡劣，他要是當上御史大夫，怎麼能擺得平孔融？在中國，擺不平孔融，由著他說三道四，是什麼事都幹不成的。
漢獻帝早就失去了對官吏的實際任免權，他的作用就是在曹操確定的任免書上簽字蓋章。可是，在當初曹操表薦郗慮為光祿勳的時候，漢獻帝還是忍不住犯了嘀咕，當著郗慮的面，問孔融：“郗先生有什麼特長啊？”孔融看也不看郗慮，全然忘記了老祖宗的溫良恭儉讓，殘忍地說：“可以打發他去路邊站著，不能讓他掌權。郗慮是小人物，但是小人物不一定好惹，他當場指著孔融的鼻子，對獻帝說：”孔融當年主政北海國，政治混亂，人民流散，他的能力在哪裡？“兩人在皇帝面前翻臉了。後來，曹操還做了一次和事佬，分別寫信給他們，讓他們和好。曹操能夠掃平北方，卻不能掃平郗慮和孔融之間的隔閡。
郗慮自上任的第一天起，什麼也不做，只做一件事情：蒐集孔融的罪名。郗慮恨不得讓孔融死已經很久了，早就給他找了一萬多個罪名，最後郗慮隨便列了四條罪名，足夠判孔融好幾次死刑，然後指使擔任丞相軍謀祭酒的路粹寫檢舉信，上報給曹丞相。
郗慮為何不自己檢舉孔融呢？因為郗慮是御史大夫，對皇帝負責，他的檢舉信要交給獻帝，但是獻帝顯然不會殺孔融；而路粹是丞相府的人，對丞相負責，他可以把檢舉信交給曹操，這樣曹操就能獲得對孔融案件的處理權。
盼星星，盼月亮，終於盼來了有人檢舉孔融，曹操落下早就準備好的筆，第一時間作了判決：斬立決，殺無赦。八月二十九日，曹操任命郗慮為御史大夫的第六天，許縣的中心廣場上，孔融被斬首示眾，他的老婆也被殺了。孔融的鮮血驚醒了人們：郗慮正是因為與孔融過不去，才被選為御史大夫。
孔融被抓的時候，他的七歲的女兒和十歲的兒子正在別人家做客，訊息傳來的時候，兩個孩子正在下棋；兩個孩子看看傳遞訊息的人，神色沒有任何變化，又低下頭下棋。大人急了：“你們的父親被抓了，你們還不站起來，為什麼呢？”他們回答：“安有巢毀而卵不破乎？”主人可憐他們，給他們端來肉湯，哥哥渴了，端起來就喝，妹妹說：“有今日之禍，豈能活得太久，以後還能知道肉味嗎？”哥哥終於流淚了，號啕大哭，再也無法嚥下一口肉湯。
很快有邀功的人向曹操報告：“孔融的一子一女，非同一般。”曹操說：“不能留有餘患，那就殺了他們吧。”於是，這兩個孩子被押上了刑場。臨死的時候，妹妹對哥哥說：“如果死後有知，我們就能馬上見到父母了，這不正是我們盼望的嗎？”
連孩子都不放過，曹操恨極了孔融。曹操為何非要孔融死？大家都以為孔融是禍從口出，就連孔融也是這麼認為的，他臨死的時候，也沒忘了展