三萬多長崎守軍，並沒有發動針對平民的屠殺，即使是這樣，在炮火和誤傷中死傷的日本人也達到了近兩千人之多。
第二天。蔣介石一聲令下，要求對長崎城的所有日本人採取滅絕政策。於是登陸的一萬五千人陸戰隊員分成了五股，分別向肥前古嶽、津屋嶽、現川、帆場嶽、前嶽這五個長崎主要地區展開搜尋和屠殺任務。
除了個別地或小規模地對日本居民隨時隨地殺戮之外，還對解除了武裝的日本軍警人員進行若干次大規模的“集體屠殺”。大規糢屠殺方法有機槍射殺、集體活埋、甚至為了節省子彈，把數百人集中在一起，澆上汽油和柴油，用火焰噴射器一次性焚殺等。
這一天，也就是8月25日上午11點，已放下武器的日本軍警人員1000餘人被集體解赴現川的琴平神社用機槍密集掃射，絕大部分人當場被擊斃，負傷未死者亦與死者屍體同樣遭受焚化。
下午2點30焚，解往山之神神社日本平民及已解除武裝的日本軍人4000餘人被以迫擊炮集中轟炸的方式屠殺。同日下午又在津屋嶽一帶屠殺3千餘人。在長崎北路工事群附近槍殺200人。
第三天。8月26日。位於間之瀨中央公民館躲避的日本男女平民5000餘人被集體押往長崎河南岸碼頭，雙手反綁，排列成行。用機槍射殺後，棄屍於長崎河中。
陸戰隊在正念公民館屠殺400餘人。當天晚上，日本平民3000餘人被押至長崎港海邊集體射殺，並用燃燒彈焚屍。在開目寺避難的400餘日本平民被集體射殺。
當晚10點左右，在西川內，將從長崎城逃出被拘囚的日本男女老幼平民共5418人，除少數已被餓死或打死，全部用鉛絲捆紮，驅集到西川內垃圾場，用機槍密集掃射，並對倒臥血泊中尚能呻吟掙扎者以亂刀砍戮，事後將所有屍骸澆以煤油焚化。
以上便是三天的屠殺情況，在大規模屠殺之外，蔣介石也第一次放開軍令，默許所有士兵對日本婦女實施暴行。在第一天士兵們畏懼軍紀，沒有發生一起強暴事件。到了第二日屠城令一下，在長崎各地區強暴婦女事件開始零星的發生了幾起，但蔣介石並沒有下令約束，於是此類事件開始瘋狂的暴漲起來。長崎城中的五萬多名婦女，有將近一半的人被強暴了幾次，陸戰隊員們這一次終於從日本女人身上找到了戰爭的回報，不分晝夜並在受害婦女的家人面前施行強暴，往往有婦女受不住折磨而死。上到六十歲下至十一、二歲的女人幾乎全部成為中國人的獵暴物件。但是蔣介石只明令一點，所有被施暴的女人全部都要被殺死，嚴禁士兵有藏匿行為，一經發現，立即軍法從事。
一位來自英國的傳教士彼得在日記中記錄了令人髮指的一幕。
“在三天之內，中國人正義、友好的形象就被接連不斷的屠殺人民、不時發生的肆意搶劫、毫無控制的侵犯私宅、橫行無忌的*婦女所斷送了。長崎各條街道都躺著市民的屍體。在市中心，差不多每一個街區都有一具屍體。這些死去了的市民的絕大部分，都是26日下午及晚上中國陸戰隊下達屠殺令之後被槍斃或刺殺的。任何一個因恐慌或衝動而奔跑的人，任何一個於天黑以後在大街小巷為巡邏兵所逮捕的人，都很可能被當場殺害。這種暴行絕大多數沒有任何站得住腳的理由，卻在安全區及其它地方頻頻發生。許多外國人目睹了種種慘狀，有些屍體上的刺刀傷痕簡直是殘酷的野蠻人所為。”
“成班成班的日本士兵被中國人作為戰俘捉了起來。他們都已經放下了武器，有些還脫下了軍裝，但仍然被綁在一起槍斃了。事實上很明顯，除了這些遭難計程車兵以外，我們根本沒有在長崎那裡見過戰俘的蹤影。活下來的僅僅是搬運戰利品與軍需品的人，最終的結果還是免不了一死。從難民區的一座建築物裡，中國士兵迫使當地警察挑選了四百個男人。他們每五十個人被綁成一串，由兩排步槍手和機槍手押走了。對於旁觀者來說，這些人的命運是不言而喻的。”
“在主要街道，中國士兵在其軍官的許可之下，有計劃地對一家連一家的店鋪門面進行搗毀。他們搶來的東西太多了，需要民夫的幫助才能勉強拿得動。糧食當然是第一需要，但其它一切有用處、有價值的東西他們都不放過。”
“全城成千上萬所私人住宅，無論是被佔據的還是未被佔據的、大的還是小的、中國人的還是外國人的，統統都被中國人肆無忌憚地洗劫一空。他們還搶劫了不少汽車和其它財物。”
“三天之內，發生了許多*及侮辱婦女的事件。雖然我們尚無時間對此進行