但是眾所周知，宋仁宗給慶曆新政弄得心神不安了，早沒了當年的銳氣。當然不可能採用蘇軾的主張，只給了他蘇軾兄弟一個“為後世得兩相才”的評價就作罷了。但是蘇軾地經歷才只是開始而已，治平年間蘇洵病故，蘇軾回蜀丁憂，宋神宗熙寧二年從蜀返京，到元豐八年，這是王安石變法的推行期。這時蘇軾的基本政治傾向是反對變法。代表作是《上神宗皇帝》萬言書和《再論時政書》。在這些文章中，他公開提出反新法的政治綱領，即所謂“結人心，厚風俗，存紀綱”。把新法比為“毒藥”，說：“今日之政，小用則小敗。大用則大敗。若力行而不已，則亂亡隨之”，要求宋神宗不要“求治太速，進入太銳，聽言太廣”，在這長達十六年的變法推行期中，又以熙寧九年王安石第二次罷相為標誌，新法逐漸失去打擊豪強兼併的勢頭，封建統治階級內部變法和守舊兩派的鬥爭部分地變成了封建宗派地傾軋和報復。蘇軾也遭到了他一生第一次嚴重的政治挫折：因“烏臺詩案”被捕入獄，幾乎喪生。
從元豐八年趙頊去世、蘇軾被召回汴京。到宋哲宗前期。這是司馬光等人全面廢除新法的所謂“元�