獄一住就是十個月。
一天，獄中忽然設酒相待。海瑞以為自己死期已至，這是生前最後一餐，便對獄卒說：“這一天終於到了。”說完，神色不變，同往常一樣地吃喝起來。提牢主事走到海瑞跟前，悄悄告訴他：“皇帝業已昇天，並留有遺詔。”說著把從宮中抄來的皇帝遺詔遞給海瑞。只見上面寫道：
朕奉宗廟四十五年，享國長久，累朝無有，一念惓惓，惟敬天勤民是務。只緣多病，過求長生，遂至奸人誑惑。自今建言得罪諸臣，存者召用，歿者恤錄，現在監者即釋復原職。特此遺諭！
海瑞看完遺詔，雙膝跪下，伏地大哭，傷心得嘔吐不止，最後倒地昏迷不省了。
六十歲的嘉靖皇帝終於命歸西天，葬入十三陵中的永陵。他的兒子朱載垕繼位，是為隆慶皇帝。
隆慶帝按照先皇的遺詔，一一作了處理，海瑞也回到了戶部。至於海瑞的官職問題，卻是一件令人頭痛的事。內閣大學士和吏部尚書再三思量，決定把他調出戶部，加升為尚寶司丞，即管理皇帝大印的尚寶司的主官，官為正五品。由於他的一貫廉潔、忠心和剛正不阿的性格，上任不久就遭到一些同僚的反對。在這種情形下，吏部又將他調至大理寺擔任寺丞。而海瑞的意見往往跟上司相左，很快又受到臣僚的仇視，在萬般無奈中，吏部決定乾脆讓他閒置起來，但官職卻是堂而皇之的南京通政司通政使，官階也由五品升為正三品。
之所以說他被閒置起來，是因為此時留守南京的官員大多無事可幹，無職可盡。通政司的職責，也只是把南方各省的奏章看後，再封好轉往北京的通政司，由北京通政司轉交皇帝。海瑞自然而然地被架空了。可憐這位三品朝廷命官，落了個英雄無用武之地。
海瑞當然不會安於現狀，憤然向皇帝陳請：自己才疏學淺，連這個只管轉送檔案而無行政責任的差使都沒做好，打算辭職為民。
這種“陳請”的方式果然奏效。當年夏天，即隆慶三年（1569年）他就被任命為南直隸巡撫，駐節巡撫衙門設在蘇州。這南直隸共轄十府，其地明顯地分為富貴與貧賤兩大類，貧富懸殊，難以治理，許多朝廷大員都曾在此地栽過跟頭。而任命他的內閣大學士張居正和吏部，也正是利用這隻難纏的“刺猥”，在政治上置他於死命。
但對決策人的用心，海瑞沒有察覺，即使察覺，也不會回頭。海瑞最恨貪汙，一上任便發出佈告，嚴禁貪汙，打擊豪強，屬下的地方官有貪汙行為的，嚇得膽戰心驚，罪惡較大的自動提出辭職。有的大戶本來用硃紅油漆大門，聽說海瑞巡撫來了，嚇得把顯眼的硃紅大門改漆成黑色。管織造的太監，一向坐八抬大轎，這時也嚇得改乘二人小轎了。
大地主們知道海瑞一貫主張限田，人人自危，坐臥不安。海瑞在江南作巡撫的短短八個月中，主要作了兩件大事。一件是“除弊”，一件是“興利”。
除弊，主要是打擊豪強和大地主，要他們把非法侵佔的農田退出一部分還給農民。這件事海瑞做得非常堅決，就連曾在嘉靖面前替他說好話、救過他一命而罷官在家的首輔徐階也不放過。徐階只好退出一部分。海瑞很不滿意，寫信給徐階，要他退出大半，徐階雖然懷恨在心，也只好照辦。還有徐階的弟弟徐陟，作過侍郎，在鄉里為非作歹，殘害百姓，海瑞同樣沒有給徐階留面子，逮捕了徐陟依法制裁。
興利，是興修水利。江蘇的吳淞江，沿江的田畝全靠這條江水灌溉。但年久失修，河道淤積，一有暴雨，便成小災，淹沒田地，水利變成水害，海瑞親自進行調查，決定治理。正月動工，結合賑濟饑民，用工代賑；他親自坐小船往來江上，監視工程的進行，不久就完工了，人民大得利益。
海瑞的這一切做法卻被在朝的官僚，在野的鄉官大族痛恨至極。他們找出種種藉口，先後向皇帝告狀，說海瑞偏激過火，包庇壞人，打擊鄉紳，只圖自己的好名聲，而破壞朝廷的政策。一時海瑞成為大官僚、大地主的公敵。果然，海瑞上任八個月後便被迫退職，回到天涯海角的瓊州老家閒住。這樣的結局對於海瑞來說，無疑是一種莫大的痛苦。
海瑞在憂鬱的精神狀態中孤零零地耕耘祖傳的四十畝土地。退隱在荒涼瘴癘之地，如果有一個美好幸福的家庭，也許多少還能排遣一些寂寞和空虛，然而海瑞在這方面卻沒能得到任何慰藉。他曾三次結婚，又有兩個小妾，他的三位夫人先後為他生過三個兒子，但都不幸天折。他的兩個妻子都在性格乖僻的母親的吵鬧中，先後離他而去，剛娶的小妾也在太夫人的威逼下不明不白地死去。