行的“父母三年之喪”的習俗，張居正應當立即停職，回家按照四書所說去“守孝三年”（又叫做“丁憂”）。不過時間可縮短到27個月。倘軍政要務緊急，離他不得，皇上也可以採取“強迫”的辦法，將其留在位上。這個做法叫做“奪情”。這種做法只有在極其特殊的情況下才偶一為之。此時的張居正權傾天下，怕一旦離去之後被人謀算。而且由他主持的全國性的改革也已到了關鍵時刻，他又怕因此而前功盡棄，便萌發了戀棧之心。懷著這樣一種目的，他暗示吏部尚書張翰，想讓他強留自己在朝。而張翰不但佯作不知，反而上疏請萬曆皇帝準允張居正“丁憂”回家，幸虧馮保見此，怕張居正回家自己失去屏障，便代為操作。於是，在馮保的鼎力協助下，萬曆在和皇太后商量後，決定慰留張居正，並以半懇請半命令的語氣要求張居正在職居喪。這個命令自然正合張居正的心意，為了掩人耳目，他還是再三奏請回鄉。萬曆也深知張居正的苦衷，便將一次次奏章又一次次批迴，並命令送午門的六科廊房發抄，使大小官員得以閱讀原文，瞭解事情的真相。
儘管如此，朝廷的官員們還是不相信張居正請求離職回鄉守喪的誠意，進而懷疑“奪情”一事是張居正故意耍的一個花招，以遮掩眾人之口。翰林院中負責記述本朝歷史的各位編修均感自身責任重大，因為他們的職責就是要在記述中體現本朝按照聖賢教誨辦事之精神。許多翰林來自民間，他們知道法治力量的限度，但一個人只要懂得忠孝大節，他自然就會正直而守法。現在要是皇帝的老師不遵守這些原則，居然把父母之喪看得無足輕重，這如何能使億萬小民心悅誠服！
在萬曆全然不知的情況下，是可忍，孰不可忍的翰林院幾十名官員聯合請求吏部尚書張瀚和他們一起去張居正私邸，向他當面提出勸告，讓他放棄偽裝，回鄉守喪。但勸說毫無結果。
對於張居正的態度，官員們極為憤怒，他們不肯就此罷休，而是下定決心採取另一種方式，直接向萬曆參奏張居正。按照當朝的制度，翰林編修奏疏是一種超越職權的行為，尤其是面對張居正這個重權在握的政治人物更是如此，且遭到反擊的機會極大。但既然弓已滿弦，利箭必須要發出去。儘管有射不著老虎反會被虎傷的可能……
果然，上疏之後，萬曆與太后和馮保秘商，決定對上疏4人給予處罰，以免有人再度效尤。與此同時，皇帝詔諭群臣嚴厲地指出：奸邪小人，藐朕沖年，忌憚元輔。借綱常之說，肆為謬論，欲使朕孤立，得以任意自恣，茲已薄處，如再有黨奸懷邪，必罪不有。”其結果是上書的艾穆和沈思孝各挨八十大板，然後發戍邊疆充軍。在這嚴厲的高壓之下，紛紛揚揚的“奪情”事件便告結束。當然，這個結束只不過是一個短暫的收尾，更大的仇恨和較量還在後頭。
第二年是張居正父親死去的一週年。這位首輔再向皇帝請假，要回原籍安葬父親。萬曆考慮再三，終於答應了他的請求。
張居正向皇帝辭行。那天，萬曆在平臺接見他，並安慰他說：“聯捨不得讓先生走，但又怕先生過份傷感，只好忍心準了先生的請求。雖然如此，但國事至重，先生走了朕實在為難。”
此時的張居正很是感動，慌忙跪在地上說：“皇上大婚之後，要注意愛惜身體，免得臣子掛懷。”說完，竟伏地大哭起來。
萬曆見這位首輔一片真情，也不禁感動得流下了熱淚：“先生雖然走了，但國家大事還要留心。”於是特許張居正在家期間，如有大事，可以密封上奏。又親賜他一枚銀印，上鐫“帝賚忠良”四字。
張居正於萬曆六年三月開始回家鄉，他從京師出發，經過河南直達江陵。他乘坐的是32個轎伕抬的特製大轎。轎內隔成兩間，後一間用來坐臥，前一間可以會客，沿途如有地方大員來見，就請到轎上，邊走邊談。他的衛隊格外引人注目，因為這些將士除腰中佩刀之外，背上還有一支鳥銃，這是明朝總兵戚繼光所委派的部屬，而鳥銃在當時尚屬時髦火器，軍隊還很少使用。這支衛隊的衛士個個衣甲鮮明，精神抖擻。當行抵河南新鄭縣，張居正突發奇想，要見一下被廢鄉居的前內閣首輔高拱。兩人相見，恍如夢中，高拱穿一件舊衣，鬚髮如銀，老態龍鍾。再看張居正，雖然鬢邊已有霜絲，但意氣昂揚，風采過人。兩人相比，對照鮮明，各自心中自有不同的感慨。
張居正端坐在高府簡陋的舊舍裡，嘻嘻哈哈，侃侃而談，顯得仍像當年在內閣裡一樣親熱，毫無陌生隔閡之感。而一向高傲自負的高拱，如今已落到這般地步，見張居正還虛情假意地前來“探望”，其本意