為驚恐。往往真理軍放過幾下迫炮之後；就是輕重機槍在固定好的位置朝著自衛隊員掃射。
自衛隊員的戰爭經驗甚至還不如一些真理教士兵；被這種打法打得神志不清；也損傷不小。或者有一些真理教士兵更加光棍；揹著不用炮架的中國10箭彈；直接用引信發射；一個人扛著兩個炮彈也能跑；看到自衛隊就開火。自衛隊被這種在城市的每個角落都可能出現敵人的戰鬥十分不適應；東京巷戰開始的10個小時內；自衛隊前線指揮官不得不向統合幕僚監部申請；以破壞建築物為方式；為自衛隊員們開道。
可是這樣的手段肯定不能實行；東京市是日本的精華所在；而且也是各大財團株式會社的利益所在；以日本這種盤根錯節的政商關係；富豪們得知自家寫字樓、旺鋪要被自衛隊拿炮彈炸掉；而且之後的賠償還沒有個定計；自然不能容許。而統合幕僚監部要做出以毀壞城市為方式的決定；也是壓力重大；根本不可能實施下去。
在沒辦法有效在城市內部推進的時候；自衛隊只能為了避免造成更大的損傷；暫時停止了在東京更激進的攻擊手段；而是佔據一些要點；開始準備步步為營；跟真理教在東京繼續打下去。
這不能說是很笨的方法；只能說是比較穩健的策略；可是這樣下去；東京必然成為了雙方爭奪的主戰場；而曠日持久的爭奪；必然造成巨大的損失；不僅僅是在經濟上的。
除了在東京；日本其他一些地區的真理軍活動也同樣猖獗。他們跟在東京的方略差不多；雖然沒有老辣的指揮官青木元的帶領；但是打得也並不難看。聰明一點的基本上都能做到踩好點；當自衛隊來臨的時候；就立即撤退到避難之地。然後繼續在自衛隊無法顧及的一些地區活動；破壞政府；殺傷公務員；並裹挾信眾等。
這種強度的內戰；自衛隊的規模根本不足以應付；日本就算再小；也有大小市縣幾千；在一個縣混不下去了；以幾十人為一個單位的真理軍立即轉向下一個縣活動；繼續搞他們的破壞。而真理軍所過之地；即便不算是滿目瘡痍；但造成的影響和傷害也是不小的。
最讓日本政府和自衛隊頭疼的就是；真理軍是奧姆真理教的軍事組織；而任何一個軍事力量；必須依靠於一個什麼基於；才能夠發展下去。游擊戰當年在中國可以執行；也是因為有著群眾基礎。不斷擴張的真理教；雖然因為與政府衝突而喪失了一部分信眾；但也有相當數量的人因為病毒；或者單純信仰的問題；對奧姆真理教深信不疑。
而真理軍活動的地區；基本上都有奧姆真理教建立的地方教會的。在奧姆真理教公開反叛日本當局後；很多原本還留在外面的地方真理教教會都轉入了地下。一些真理教教徒都各自散佈在不同的地方；看上去與平民無異；但是當真理軍和真理教需要他們的時候；他們便跳出來提供各種援助；包括提供物資；提供情報等。
這也使得自衛隊對於真理軍的清剿變得異常困難；就如同當年日軍在中國清剿土八路一樣；有民眾支援、遮掩的游擊隊；很難消滅。更何況日本比之當年中國算得上是建築鱗次櫛比、樓宇林立；而日本自衛隊根本沒有那麼多兵力可以一座座樓的排查過去。
當然；更麻煩的是；此時還是埃博拉病毒傳染爆發的時期；不少日本民眾對於來來回回穿進穿出；可能帶來病毒的自衛隊十分不歡迎；抱著不合作的態度；更拒絕讓自衛隊進入到他們家裡檢查。
自衛隊硬著頭皮強闖；就可能造成人身侵犯的問題；而很多真理軍還很賊；他們都是日本本地人；把武器藏在什麼地方；然後找提前安排的一些住所；假裝就是普通平民；日本自衛隊也根本分辨不出來；只能於瞪眼。
而且；在長達數月的對真理教的圍剿活動中；真理教也是不斷在壯大的。感染埃博拉病毒的人越來越多；而且戰爭帶來的創傷更讓人恐懼且尋求寄託。顯然日本政府已經是個爛攤子了；不少人已經叫嚷著讓細川護熙下臺；為整個事件負責。但是按照戰時特殊的處理辦法；只要細川護熙強撐著；別人也拿他沒有什麼辦法。
麻原彰晃派出的真理教傳教士在日本各地私下裡活動中；他們主要接觸那些生活在病毒和戰爭恐懼中的人；然後秘密地將他們集中在私密的活動場所；進行一場集中式的洗腦；而這個過程中；大部分信眾都會成為對真理教的狂信徒；並願意為了信仰付出一切；真理教組織再遴選出一部分人放出去；秘密地為真理軍的活動服務；而他們認為還不夠忠誠和虔誠的信徒；則繼續進行洗腦教育。
戰事越來越糜爛；而日本仍舊對於埃