標誌造型的門禁逆時針旋轉，開啟了塵封已久的基地大門。
同樣經過多次末日改造的深層蜂巢的入口也是一座嚴密防禦的堡壘大廳。趕來迎接吳塵一行，一黑一白兩位膚色各異的知性美人正是綽號“黑夫人（ms. black）”的保護傘公司高管茵德拉·奧維（Indra ové）。和綽號“金夫人（ms. Gold）”的保護傘公司高管菲奧娜·格拉斯科特（Fiona Glascott）。
等進入基地內部，吳塵還見到了綽號“綠博士（dr. Green）”的安娜·博爾特（Anna bolt）博士，在歷代記中她是保護傘公司的一名28歲金髮女員工，與“藍博士（dr. blue）”和“棕博士（dr. brown）”一起在被稱為蜂巢的絕密地下設施工作，是病毒研究部門13號實驗室的科學家之一。
吳塵發現她們竟然沒有編號，難道不是克隆人？
要知道這些在《生化危機1：變種生還》中出場的劇中人都感染病毒變成了殭屍，更被一顆核彈炸成了灰。屍骨無存卻好端端的重新出場，如果是這樣的話，那只有一種可能：“她們是被喚醒的本體。”
“沒錯。”紅皇后的全息影像遲遲出現：“之前在上層蜂巢的公司高管和科研人員都是克隆體。本體早就進入了冷凍休眠狀態。先是上層蜂巢被核彈炸燬，深層蜂巢的冷凍休眠區也被愛麗絲（本體）安置的定時炸彈炸燬。你看到的都是兩次浩劫的倖存者。”
類似的設定也有先例。在歷代記中多次出場的亞歷山大·艾薩克斯博士，就是被保護傘公司反覆創造的克隆體。
所以這裡有一個隱藏的背景設定。就像是在《生化危機3：滅絕》中出場的幕後主使亞歷山大·艾薩克斯博士以及在《生化危機6：終章》最先出場的亞歷山大·艾薩克斯博士，都是複製了本體記憶和能力的克隆體。以此類推，在《生化危機1：變種生還》中死亡的重要的研究人員，尤其是頂尖的博士們，顯然也都是各自的克隆體。本體和亞歷山大·艾薩克斯博士一樣，都靜靜的沉睡在深層蜂巢內，等待生化啟示錄後重返地面。為建立一個完美的人類新文明添磚加瓦，一展長才。
“本體休眠，克隆體打工”也符合保護傘一貫的作風。