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太寧三年（公元325年）閏八月，晉明帝病逝，五歲的兒子司馬衍繼位，是為成帝。其母庚太后臨朝稱制，溫嶠與王導、庚亮等同為顧命大臣，而實權則掌握在太后之兄庚亮手中。討平王敦之亂時，大將蘇峻立有戰功，此時鎮守歷陽（今安徽和縣），擁有強兵，對庚亮的專權極為不滿，“潛有異志”。鎮守荊州的陶侃也對庚亮心存芥蒂。庚亮對這兩人都很不放心，一面任命溫嶠為江州刺史，鎮守武昌，以防備陶侃；一面又徵召蘇峻入朝為大司農，實際上是奪去他的兵權。王導等大臣認為這會促成蘇峻的反叛，“舉朝以為不可”，溫嶠也多次上疏，勸庚亮不要行此險著。庚亮不聽。果然，蘇峻害怕入朝被殺，就聯合大將祖給約，舉兵叛亂。
當庚亮決意徵召蘇峻時，溫嶠就要求立即率兵入衛建康，以備不虞。庚亮卻寫信給他說：“我憂慮荊州（指陶侃），甚於憂慮歷陽（指蘇峻），足下不要越過雷池（江州境內地名）一步。”由於庚亮西憂陶侃，北憂蘇峻，分散了兵力，再加上他在軍事上實在是個庸才，與叛軍剛一交鋒，就連吃敗仗。咸和三年（公元328年），蘇峻攻破建康。庚亮狼狽逃亡到江州依靠溫嶠，手頭已無一兵一卒。溫嶠並不以其敗奔而冷落他，對他仍然十分尊敬，並和他一起謀劃討伐蘇峻。但是單靠溫嶠的部隊，力量遠遠不夠。當時，兵力最強、聲望最高的是陶侃，因此，能否說服陶侃共同起兵，成了勝敗的關鍵。
溫嶠約陶侃共舉義旗，討伐蘇峻。陶侃一恨明帝臨終時，未任自己為顧命大臣；二恨庚亮修築石頭城，出任溫嶠於江州，都是為了防備自己。於是藉口“我是疆場外將，不敢越局過問內事”，拒絕出兵。溫嶠“固請之”，並且推他為盟主，陶侃這才勉強同意了。溫嶠立即率領水師，沿長江順流而下；又陳列蘇峻罪狀，移告四方諸鎮，連兵大舉。哪知行到中途，陶侃又動搖起來，打算撤兵回去。溫嶠再一次致書陶侃，動以利害，並以蘇峻殺死其子陶瞻一事來激勵他。陶侃這才重又“率所統與嶠、亮同赴京師”。這一來，義軍兵勢大振，“旌旗七百餘里，鉦鼓之聲震於百里”。然而，當義軍乏糧、戰事受挫折時，陶侃又打起了退堂鼓。溫嶠苦口婆心地勸道：“當年昆陽大捷與官渡之戰，劉秀與曹*能夠以寡勝眾，靠的就是內部團結啊。明公為什麼捨棄即將勝利的大功，而作撤軍西歸的打算呢？國難當頭，正是我們臣子效命之日。眼下的情勢，猶如騎在老虎背上，怎能中途停下來呢？明公一旦單獨西歸，軍心必然受沮，大事必然敗壞，那麼，義旗就會反轉過來，指向明公了。”陶侃無言以對，終於留了下來。
陶侃東下之時，人們紛紛傳說他要乘機殺掉庚亮，以謝天下。庚亮十分害怕。溫嶠深知：大敵當前，將相不和，必敗無疑。於是力勸庚亮去向陶侃道歉。庚亮無奈，只得硬著頭皮來到陶侃軍中，向陶侃拜謝，並引咎自責。陶侃深受感動，終於盡釋前嫌。三人團結一致，共赴國難。在溫嶠的直接指揮下，晉軍終於收復建康，迅速平定了蘇峻、祖約之亂。
王敦、蘇峻兩大叛亂集團的覆滅，為東晉王朝內部創造了一個相對安定的環境，這在客觀上也有利於南方經濟文化的發展。而溫嶠則是平定這兩次叛亂的核心人物，連叛軍頭腦蘇峻、祖約等也十分佩服他的才能。難怪《晉書》要稱他為“中興名士”、王夫之要稱他為“人傑”了。
溫嶠處處以國事為重，從不計較個人名利得失。當初庚亮敗投他時，帶來太后詔書，說是拜溫嶠為驃騎將軍、開府儀同三司。溫嶠答道：“當今之急，應當以消滅敵寇為先。功勳未立，怎能先受封賞？”固辭不受。蘇峻叛亂平定後，由於溫嶠“忠誠著於盛世，勳義感於人神”，舉朝欲留他于都城建康輔政。溫嶠考慮到王導資格較老，堅決將這位置讓給了他。又因“京邑荒殘，資用不給”，留下了大批軍中物資後，自己仍然還鎮於武昌。
溫嶠敢於指出別人的過失，也勇於改正自己的錯誤。司馬紹為太子時，曾於東宮建造閣樓，頗為勞費。溫嶠便上書勸諫說：朝廷草創，大敵未滅，應以兵農為先，不宜大興土木。司馬紹接受了溫嶠的意見，當即下令停工。在追剿王敦叛軍的戰鬥中，大將劉遐“放兵擄掠”，溫嶠勸道：“天道助順，因此叛軍敗亡，怎能因亂為亂呢？”劉遐深受感動，連忙謝罪。蘇峻叛亂時，溫嶠屢說陶侃，陶侃不肯發兵，溫嶠只得順著陶侃，派人送信給他說：“明公姑且堅守荊州，我先率軍東下。”