，可以想見司馬氏的微弱了。
晉元帝登帝位以後，不滿意王氏的驕橫，想削弱王氏勢力。他引用善於逢迎的劉隗、酗酒放肆的刁協作心腹，並且暗中作軍事佈置，釋放揚州地區內淪落為僮客的北方流民，把他們組成軍隊，任命南方士族戴淵為徵西將軍，都督兗、豫等六州軍事；劉隗為鎮北將軍，都督青、徐等四州軍事，各率萬人，分駐合肥、淮陰，名義上是北討石勒，實際上是對付王敦。王導因此被疏遠，但他仍能保持常態，不作計較，說明他胸有成府。王敦本來是個野心家，乘機以反對劉隗、刁協，替王導訴冤為藉口，於永昌元年（322年）自武昌舉兵，攻入建康，殺了戴淵、周顫、刁協，劉隗逃奔石勒。王導認為佞臣擾亂朝綱，同意王敦來“清君側”，但當這些人被殺逐以後，帝室勢力退縮回去，王敦還想進一步篡奪*，王導便表示堅決的反對，出面來維護帝室。原來西都覆沒、四方勸進的時候，王敦欲專國政，恐怕元帝年長難制，想更議所立，王導不從，及至王敦攻入建康以後，對王導說：“那時不聽我言，幾乎全族被滅。”但王導始終不為所動。王敦無法實現他的野心，只好退回武昌。
太寧元年（323年），晉元帝病死，晉明帝（司馬紹）繼位，王導輔政。王敦以為有機可乘，又加緊圖謀篡奪，王導站在維護帝室立場堅決反擊。這時王敦病重，不能自將，其兄王含為元帥，以水陸軍五萬陳於江寧南岸。王導致信王含說：“你今天這番舉動，恰似王敦當年所為。但形勢已完全不同：那年是因為有佞臣亂朝，人心不定，就是我自己也想外離以求自濟；可是今天，先帝雖然去世，還有遺愛在民，當今聖主聰明，並無失德之處。如果你們竟妄萌逆念，反叛朝廷，作為人臣，誰不憤慨？”並堅決表示“寧為忠臣而死，不為無賴而生”。同時具體部署兵力堅決抵抗。先是王導聽說王敦病重，就率子弟為敦發喪，將士們以為王敦真的死了，大大鼓舞了士氣。在一個夜晚，王導命將軍段秀、中軍司馬曹渾率甲兵千餘人渡江偷襲，王含無備，被殺得大敗。王敦得報以後，氣急敗壞地大罵王含：“這個老婢，壞了我的大事！”不久就死了。王敦無子，以含子應為嗣。軍敗，含父子西奔荊州，為含從弟荊州刺史王舒沉殺於長江。王敦雖因謀反而死，但王導卻以保衛帝室有功，以司徒進位太保，從弟彬為度支尚書，彬子彪官至尚書令，位任不衰，琅砑王氏仍然是當時最大的望族。
太寧三年（325年），晉明帝病死，幼主成帝（司馬衍）繼位，王導與外戚庾亮輔政。歷陽（今安徽和縣）內史蘇峻又自淮南舉兵入都。後為荊州刺史陶侃、江州刺史溫嶠聯軍消滅，收復建康。王導是堅持維護司馬氏*的。
鎮之以靜群情自安
王導為政的措施之三，是“清靜為政”，即用“鎮之以靜，群情自安’’的方法，來處理東晉統治集團和廣大民眾之間的矛盾。實際上是在有勢力的大族相互牽制下，以民眾為犧牲，對於這些大族和代表他們利益的官吏壓迫百姓的行徑，不加干涉。東晉初年，石頭倉米一萬斛為豪強所盜，朝廷不去追究，卻以處置倉庫監守來塞責。江南萬頃江湖，盡被世家豪族霸佔，百姓下一網、安一篆，都要被沒收魚器和罰絹十匹。有民謠憤怒地唱道：
廷尉獄，平如底；有錢生，無錢死！
這就是王導的“舉賢不出世族，用法不及權貴”方針的具體執行。王導作揚州刺史，派屬官到本州各郡考察政治。考察官回來都向王導報告郡太守得失，只有頤榮的族子頤和不說話。王導問他所到些什麼事？顧和說，你是國家首輔，應該讓吞舟的大魚也能漏出網去，何必計較地方官的好壞？王導連聲稱讚他說得對，其他的人都自悔失言。他晚年常說，人家說我糊塗，將來會有人想念我這糊塗。的確東晉就是靠糊塗來求安靜的。如陳顴曾致信王導說：西晉所以顛覆的原因，在於用人不當，重虛名不重實用，看門第不看真才，政事敗壞，不可挽救。現在應該改變舊習，分明賞罰，拔賢選能，共謀中興。可是王導不聽他的勸告，聽任參佐避事自逸，清談誤國，而月把屢發正論的陳顴貶出去當郡太守、明帝死後，王導和庾亮同受遺詔，共輔幼主。當時庾亮以望重地逼，出鎮於外。有人曾經向王導進讒，說庾亮可能舉兵內向，勸他密為之防。王導說：“他若來了，我就‘角巾還第’，有什麼可怕呢？”表現恬淡無為，不計進退；可是王導心裡對庾亮很不服，罵庾是“塵汙人”。
除了政事以外，王導對於教育事業是關心的。當時軍旅不息，學校未修。他曾上書元帝，提出“尊道而貴士”，“先教而後戰”，“取才