首先，超立方體在現實生活中是做不出來的。但一個天才的小美女卻發明出了製造超立方體的方法，這個方法被稱之為鑰匙。鑰匙是人類從三維生物探索四維空間的門鎖的鑰匙。
小美女藉助軍方的科研實力，完成了超立方體的製造，但卻聽到了軍方要殺人滅口的傳聞，於是她自己跑進了超立方體裡，並且帶上了鑰匙。（電影開頭時小美女的那張床是空的。）
軍方大怒，立刻派美女特工進去奪取鑰匙，與之一同送進去的還有和超立方體事件有關的各相關人員。這些人既是被滅口的，也是為了掩護女特工的進入……
最後結局是美女特工得到了鑰匙，並且從超立方體裡成功逃離。只是當她把自己的鑰匙交給軍方的時候，被手槍滅口了。
超立方體的具體科學原理是：
首先參考前作《異次元殺陣1》，《異次元殺陣1》是一個三維立方體，每一個房間都有（X，Y，Z）座標。三維立方體是由一個26*26*26＋1的房間組成的。那最後的一個1就是逃離房。
人們就在這些被標有座標的房間裡四處移動，尋找出口，就如在進行迷宮實驗的小白鼠一般。沒錯，《異次元殺陣1》的主角們就是小白鼠。
《異次元殺陣2》的每一個房間，同樣可以標上（X、Y、Z、W）其中W是時間軸。電影裡面有一個數字，是60659。這是所謂的異次元殺陣最後坍塌的時間，現實世界中的6點06分59秒。
當然三維生物看到的時間是單方向的，所以他們在超立方體裡就見到了許多不可思議的事情。但是，從電影裡面我們看到，在現實生活中，超立方體，從建立到坍塌只花費了0秒。
也就是說，超立方體裡，時間座標是6點06分59秒的房間，才是正規時間，其他的房間都是衍生出來的。
超立方體從建立開始，就不斷地衍生擴張，我們把最初始的房間定義座標為（0；0；0；60659）這一個座標的話。也就是說，我們最後要到達的逃離點就是這一個房間。因為所有的衍生房間都會塌陷。
小美女天才帶著鑰匙逃進超立方體後，就不斷跑到其他的房間內，比如（1；2；3；32323）。在不穩定的超立方體擴張的時候，這些房間倒是安全，可一旦超立方體開始塌陷，那麼這些房間就會被毀滅。
由電影得知，只要能穿過重重阻礙，到達（0；0；0；60659）這個房間，並且適時地跳起，就能逃生。
所以風險就完全來自於，逃生的過程。因為這個超立方體是不斷旋轉擴張或扭曲收縮，所以在到達（0；0；0；60659）這個房間的路上不會是一條線的，也就是說進入時間座標不是60659的房間的機率還是蠻大的。而這些危險房間就是風險。
超立方體房間內其實是沒有任何機關的，電影裡那些透明的殺人東西其實只是時空裂縫，處於四維的維度。
就如一隻二維線蟲從懸崖上掉了下去，它卻不知道自己是為什麼死去的。因為它看不到立體軸。而人類被投入四維的立方體，也是一種悲哀。因為人類看不到那些風險。
一個人可能走著走著，本來好好的，突然就死了。這就如同掉下懸崖的二維線蟲，它根本看不見懸崖。
而我呢，三維生物的身體，四維生物的視界。就如一隻能看到三維世界的螞蟻。
打個比方吧，把螞蟻放到一個平面的書本上，螞蟻不動。某人緩緩用手抬起書本，螞蟻自以為自己依然沒有任何改變，其實它的立體軸的座標數值在發生著改變。
而一個能看到三維世界的螞蟻，當人舉起螞蟻的時候，螞蟻知道了雖然自己沒有動，但自己慢慢變高了。這隻螞蟻是否會因為它知道了真相而感到高興呢？
現實的世界也一樣，愛因斯坦認為世界是11維度的。由於人類只能觀察到三維的世界，所以四維是時間軸，推著人類前進。人類在無法把第4根軸看成是長度單位的情況下，只能單方向性地順著這根軸運動。
就如同被書抬起的螞蟻一般，無法改變任何情況。
而我想在擁有了四維視界，在我的眼裡時間也已經變成了長度單位了，但是我的身體卻還是三維生物的身體，我依然只能被時間推著走，所以我依然無法改變。
就如同能夠看到三維世界的螞蟻，自己卻只擁有二維生物的身體，就算知道真相自己能改變什麼嗎？
我能改變的，就是我能看到哪裡有時空缺陷，我能看到所謂的時間流速