會大行其道，主要原因有，如地處偏遠，中央不易控制；此地土地貧瘠，收穫不豐，而領主租稅繁重；加之，領主幕府鎮壓手段過於殘酷等等。
當年豐臣秀吉平定九州時，曾看中一個有馬領內的美女，便要將其帶回大阪，而此女是個虔誠的教徒，力陳豐臣秀吉做法有違一夫一妻教義，堅辭不就。當然，豐臣秀吉已有寧寧和300多個美女，但當時的世道是強者可以為所欲為，一個普通女人居然敢不服從“關白”的命令，惱怒的豐臣秀吉釋出禁教令據說與此有關。再則，當時禁教之所以不徹底，一方面是豐臣秀吉忙於南征北戰，另一方面則是牧師們暗中得到了島原半島領主有馬晴信的庇護。後來德川家康在關原之戰打敗豐臣秀吉後代勢力後，將有馬晴信處了死刑。不過，因為有馬晴信之子有馬直純從小在德川家康身邊長大，又娶了德川家康曾孫女為妻，所以德川家康叫有馬直純繼承了其父的4萬石俸祿去當島原領主。受寵若驚、感激涕零的有馬直純，雖然也是個教徒，但為報答德川家康厚愛，毅然退教，發誓要將天主、基督斬草除根。島原教徒從這時起便開始了劫難。有馬直純大開殺戒，將不願棄教者活活燒死，並叫其他教徒現場觀看。可結果不怕死的教徒反而更增加了勇氣。幕府看有馬直純治不了教徒，便把他調到日向（宮崎縣），但他的很多部下不願離開故鄉，寧可落魄為浪人、百姓，這部分人後來反倒成了義軍的力量。
接替有馬直純來島原當領主的是豐後守松倉重政，此人是個築城名人，到此地當然不滿意日野江城，於是大興土木要錢要工。這樣，島原人民受的是雙重苦難——信教不準，還要無休止地出錢出工。不願棄教者不僅遭到湯澆、火燒、投入大海，而且，還被丟進雲仙溫泉硫磺火山口活活燻死。不僅如此，租稅也極其苛刻，種一棵菸草，收穫菸葉的一半要上繳；種的茄子要預計結幾個果，有時收成不好，收穫的東西要全部上繳。
正當人們已經沒有任何生機的時候，一個傳說在島原、天草不脛而走。原來1614年左右，一個神父在被迫離開日本時曾預言：“25年後當出現一位天童，是上帝再世，精通教義，諳魔法，他一定會拯救你們。”後來出現了一個人，他就是天草島小西家武士益田好次的兒子四郎時貞，年方16歲。苦難中的人們成千上萬地聚集在他的周圍，形成了一股強大的力量。
戰後，島原、天草幾乎成了無人區，幕府只好叫很多贊岐（香川縣）的農民遷到這裡。 幕府認為“島原之亂”是教徒造反，決定徹底禁教。第二年的1639年，禁止葡萄牙船來航；2年後，又將荷蘭商館遷至長崎，禁止外國船員和日本人來往，從而，開始了長達260年的鎖國政策。此期間，除荷蘭、中國、朝鮮船外，和世界其他各國完全斷絕了往來。
農民，利用信仰的力量有組織、大規模地反抗幕府封建政權，而且是在一個16歲少年的統帥下，這可謂農民起義史上的奇蹟。
新教國家英、荷與先期航來的舊天主教國家西、葡之間矛盾重重，前者因此在家康面前大進讒言，
說天主教傳教士乃是妄圖將日本變成殖民地的西、葡國王派來的間諜。家康本就不滿天主教宣揚上帝萬能從而淡化世俗領主的權威，進而看到很多九州諸侯透過與西、葡等國通商獲得了大批物資和武器，認為如果不加限制地任其發展，將會動搖幕府的統治基礎，恰巧就在此時，發生了著名的“岡本大八事件”，促使家康頒發了禁令。
從此宗教迫害擴大為貿易限制，葡萄牙人首先遭到驅逐，然後是英國人，最後在寬永元年（1624年）嚴禁西班牙船隻來航。日本船隻除朱印狀外，還必須得到“老中奉書”才許出海，居住在外國的日本人也一律嚴禁歸國，歸即處死。
日本就此基本斷絕了南蠻貿易，唯一例外的是荷蘭人，荷蘭東印度公司在日本設定了分公司，向幕府保證絕不傳播基督教，同時荷蘭商船一到日本，商館館長立刻向幕府提交《荷蘭風說書》，報告海外情況。但即便是荷蘭人也只准在長崎的出島建造商館，而不得踏入日本內地一步，就連中國船也只准停泊在長崎港，可以說，整個日本只有長崎一地是半對外開放的，幕府透過直接統治長崎而壟斷了所有對外貿易。
有壓迫，必然就有反抗，驚世駭俗的“島原、天草之亂”就在這種禁教鎖國的背景下爆發了。
“我們只要放出風聲，說明廷有意奪取長崎，德川家光必定不會坐視不理，荷蘭人跟明廷更是矛盾重重，如何學會運用對手的矛盾，這才是最為厲害的地方，漢人的孫子兵法不是說上兵伐