科是因為預科一直含有半獨立xìng質，不服從北大校方統一管理，蔡元培毫不手軟，將那些陽奉yīn違的教職員工統統解聘。
蔡元培認為，大學是研究高深學問的機關，與注重應用的專mén學校應該有本質區別，大學應該培養通才，而不是專mén的人才。“文理二科專屬學理，其他各科偏重致用”，且“文、理二科有研究所、實驗室、圖書館、植物園、動物院等種種之裝置，合為一區，已非容易，若遍設各科，而又加設醫科之病院、工科之工場、農科之試驗場等，則範圍過大，不能不各擇適宜之地點”。所以，他認為北京大學應該專mén辦文、理兩科，而把其他各科轉到別的學校，或者成為單科xìng質的大學。對此，工科、科師生都是極力反對的。蔡元培深思熟慮之後，允許科留在北大，而對工科卻不留餘地，決意要將其歸併到北洋大學，這一方面固然是為了實現自己的主張，另一方面卻也不無清除前任校長鬍仁源工科班底的考慮。
蔡元培將很多不稱職的中外教員解聘，其中大部分是留日歸國的學生，還有一部分外國教員。同時從國、美國聘請了大批思想活躍的教員，並委以重任。不管是新學、舊學，蔡元培都一視同仁，他聘請教員的唯一標準就是學識造詣，至於思想傾向新cháo還是保守，他根本就不在乎。
只要學問淵博，哪怕你在講臺上鼓吹無政fǔ主義，蔡元培也會不干涉。
“二次**”失敗後遠走日本的陳獨秀也被他力邀回國擔任文科的學長，章太炎mén下的四大弟子更是齊集北