四人共同唸誦不同段的咒文，接下來。巨大的聖盃實體開始升空浮現。
“解體吧，大聖盃！”韋伯？維爾維特喝到。
接下來，巨大的聖盃開始迅速的崩壞，化作虛無。現場原本組成聖盃的魔術建築和材料，也紛紛摧毀。
眾人懷著願望，摧毀了大聖盃，希望冬木市能恢復寧靜。
但是，另外一批野心家。並不甘心大聖盃被摧毀，反而開始決心復興大聖盃。這個野心家們既是魔術協會。無數的魔術師。或者是希望獲得永生，或者是希望直接抵達根源，昇華成為魔術師的終極目標——魔法使。這些目標實現的機率，對於絕大多數人來說幾乎是接近於0。但是，卻可以透過大聖盃許願的方式，走這條捷徑。完成自己的夢想。
這自然讓大聖盃成為了無數魔術師的夢想！
在大聖盃解體之後，來自於魔術協會，以及聖堂教會等等不同勢力的野心家們開始勾結，一起聯絡，共商恢復大聖盃。與此同時，繼續採用聖盃戰爭的方式，獲得對大聖盃許願的權利。
而在解體了大聖盃之後，衛宮士郎遊歷世界，開始多管閒事，到處懲強扶弱，但實際上，很多被救者都將他當成傻子，恩將仇報不計其數，也幸虧他成為了強大的魔術師，並且擁有阿瓦隆的劍鞘，可以恢復傷勢，常規的受傷，幾乎並不會對他造成影響，否則，他英雄之旅，肯定會成為花樣作死之旅。
遠坂凜則是前去英國時鐘塔深造學習，儘管身為人妻，但她還是非常好學，對於魔術知識是孜孜不倦，也擁有成為魔法使的夢想。
在大聖盃被破壞不久，反派間桐髒硯出現，這些年假死，身體化身成為蟲子的間桐髒硯，身體從一堆蟲子中重組成人形。
接下來，間桐髒硯向接見魔術協會的一些代表，向他們介紹大聖盃的歷史和構建，在間桐髒硯這個怪物的介紹下，幾名強大的魔術師迅速的上鉤，開始成為幫兇，幫助他重建大聖盃。
在遠坂凜和衛宮士郎不知情的情況下，間桐髒硯等人開始恢復了大聖盃，並且，啟動了第六次聖盃戰爭！
間桐櫻知曉老怪物髒硯現身，試圖阻止他的陰謀。
間桐櫻早就不是吳下阿蒙，原本被聖盃碎片改造成隱藏的小聖盃的間桐櫻，在第五次聖盃戰爭的黑泥汙染下，間桐櫻擁有不亞於老怪物髒硯的力量。
但是，老怪物間桐髒硯利用間桐櫻的心理弱點，告訴她，如果間桐櫻加入他的計劃中，以她強大的力量，必然會成為聖盃的勝利者。屆時，作為勝利者，間桐櫻可以許願，讓衛宮士郎改變心意，甩掉遠坂凜，跟櫻在一起。
這這個勸說，讓本來就有點黑化的櫻還是加入了反派聯盟中。
但這一次聖盃戰爭也出了更大的狀況，早期的聖盃戰爭主要是阿賴耶側的英靈之間進行聖盃戰爭。阿賴耶是人類意識構成的抑制力，從無到有，隨著人類的崛起，越來越成為凌駕於神靈之上的存在。
而更古老的抑制力之一蓋亞，則是透過根源去預測，發現了隨著人類崛起，她遲早會被毀滅。各種各樣的地球毀滅，以及摧毀蓋亞抑制力的死法。這讓蓋亞不由的恐懼人類，從而發動了毀滅人類的行動。
藉助大聖盃的修復，第六次聖盃戰爭由於蓋亞的干涉，變得面目全非。召喚出來的再也不是人類為主的英靈，而是傳說中的人類天敵——喪屍、吸血鬼、惡魔、巨龍、靈長類殺手等等非人類存在。
所以，第六次聖盃戰爭一開始就是失控的，這些魔術師召喚出來的東西，都是蓋亞意識干涉，前來毀滅人類的怪物。
作為最古老的抑制力，蓋亞本身就是地球的意識，按照正常的規則，任何一種地球上的生物，威脅到她自身生存，蓋亞自然會發動清理。簡單說，蓋亞判斷出人類威脅了星球生存，因此，才能夠行使自己的權利——清理人類！即使不能把人類全部消滅，也至少將數量消滅到可控範圍內，人類文明自然也必須要全部摧毀，讓人類進入原始狀態，這樣就不再能威脅蓋亞自身的生存了。
只不過，人類跟其他生物不同，隨著人類的發展和壯大，居然誕生了另外一大抑制力阿賴耶。阿賴耶是人類共同意識組成的抑制力，平時並不能夠干涉世界，一旦遇到了威脅人類生存的事物，阿賴耶則可以進行干涉。
按照型月世界的設定，正是阿賴耶和蓋亞形成了一個微妙的平衡，所以，本該被星球清理掉的人類，居然發展到現在這個程度。人類對蓋亞來說，如同是威脅生命和健康的病毒，這個病毒現在一名覆蓋了星球表