同年年初，飽受疾病折磨的孫雲在經歷了三年刻苦學習鑽研之後，接受姨父蔡清德的邀請，以指揮家的身份再度出山，執棒香江節日管弦樂團，演出了貝多芬的《命運交響曲》
這次演出被後世譽為香江樂壇歷史上最成功的貝多芬交響曲的演繹。孫雲將貝多芬那種決不屈服於命運的堅強意志演繹得淋漓盡致。這同時也是孫雲自己向命運發出的挑戰宣言。
從此以後，孫雲以指揮家的面貌，再次出現在世界樂壇，並且同樣取得了極大的成就。他所執棒演繹的眾多經典曲目、尤其是與wien愛樂樂團合作演出的貝多芬音樂，被全世界的古典音樂愛好者推崇備至。
孫雲先後與pg、columbia、philips、dg、emi等眾多唱片公司合作，指揮包括wien愛樂樂團在內的眾多歐美一流樂團錄製了幾十張古典音樂唱片，銷量不俗，成績斐然。
1986年開始，孫雲與香江節日管弦樂團正式簽約。成為這家香江第一樂團的音樂總監和首席指揮。
與此同時，申城交響樂團的機制改革仍在繼續。
但是，華夏的情況與歐美畢竟不同，這一次的改革在付出了很大代價之後，並沒有給申交帶來實質性的改變，申交前進的步伐依然蹣跚沉重，就像帶上了鐐銬一樣。
總為首任音樂總監，陳斜陽非常努力。也很有自己的想法，只可惜戴著鐐銬是無法盡情舞蹈的。
1988年。在改制兩年之後，陳斜陽辭去申城交響樂團音樂總監一職，移居香江，擔任香江中樂團音樂總監。
辭職之前，陳斜陽向申城zhengfu鄭重推薦了孫雲來接替自己的職位。
同年年底，孫雲卸任香江節日管弦樂團音樂總監、首席指揮以及米國費城交響樂團客席指揮的職務。隨後經過多次洽談。孫雲接受申城zhengfu的邀請，於來年開春正式接任陳斜陽的位置，擔任改制兩年的申城交響樂團的音樂總監和客席指揮。
孫雲的到來，震動了當時暮氣沉沉的申城樂壇。叫好者有之、歡迎者有之、懷疑者有之、不滿者更是有之。
孫雲赴任之後，在申城zhengfu、主管部門以及樂團領導成員的全力支援下。對申城交響樂團開始進行大刀闊斧的改革。他將國際慣例的聘用制和末位淘汰制首次引入華夏樂壇，淘汰了大批不合格的演奏員，同時以高薪引進了包括歐美演奏家在內的一大批優秀人才。
這樣的事情陳斜陽早就想做，但他做不到這一點，只能假手孫雲。只有孫雲這樣香江人士的局外人身份，以及他在國際樂壇的資格地位，才能保證這樣的改革能夠順利進行下去。
1990年初，經過將近一年的大力整頓、嚴格排練之後新生的申城交響樂團，透過孫雲的搭橋牽線，受到米國carnegie/hall（卡內基音樂廳）的邀請，專程赴米為其********舉辦3場專場音樂會。
在首場音樂會上，申城交響樂團就大放異彩，廣受好評。音樂會後，媒體一片讚揚之聲，有部分媒體將“亞洲第一樂團”的稱號再一次戴在了申交的頭上。
音樂廳方面立刻與申交協商，變更了原定的演出計劃，將原定的3場演出臨時增加到了5場，後來又再次增加到了10場。
訊息傳出，短短几個小時內所有加場的門票便告售罄。演出之後，觀眾與媒體都是讚不絕口，世界各地的演出邀約紛至沓來。
僅僅1990年下半年的秋冬演出季，申交就簽署了30場的演出合約，而且合同的金額已經超過了二流樂團的標準，隱隱有著向一流樂團靠近的意思。
假以時日，申交向著wien愛樂樂團這些超一流樂團靠攏也不是沒有可能的。
此次赴美演出的圓滿成功，讓申交的知名度在世界範圍提升極大。申城市政府和申交上下對此都是滿意之極，申交的風頭也在整個亞洲一時無兩。
1990年夏，孫雲的疾病惡化，已經無法正常工作。在與申城zhengfu緊急磋商之後，孫雲辭去了申城交響樂團音樂總監一職。考慮到以後可能常住申城，孫雲還是接受了申城交響樂團首席顧問的聘書，同時保留了客席指揮的職務。
長年在世界各地奔波，特別是這一年半在申交處心積慮的改革，讓孫雲身心俱疲。右手的疾患年復一年越發嚴重，已經影響到了孫雲的指揮工作。所以在見到申城交響樂團在自己兩年來的努力下，已經踏上了平穩發展的道路，孫雲決定讓賢。這樣，也等於是自己給自己放上一