第一次集體大屠殺之後，隨之而來的就是毀屍滅跡，掩蓋殺人的真相。然而，殺人的鮮血是永遠也洗刷不掉的，真相終究要大白於天下。
在長江岸邊參加毀屍滅跡的日軍少佐太田壽男在成了中國人民的階下囚的時候供認說：“我在12月15日晚到達南京下關第2碇泊場司令部之後，司令部的司令官命令我說：‘安達少佐正在處理屍體，現在命令你和安達少佐共同完成這項任務。’當我奉到命令之後，就在南京下關碼頭上，分東西兩個區域執行任務，安達在東部處理，我在西部處理，兩個區域共使用30只汽船、10臺汽車、800名運輸兵，從12月16日開始，至18日兩天的時間，經我處理的屍體有19000多具，安達處理16000多，加上頭兩天安達自己處理的65000多具，碇泊場司令部共處理了10萬以上屍體，其中除有3萬多具是掩埋、燒燬的以外，其餘的都投到揚子江裡去了。我想其它部隊自己處理至少也有5萬人，共計有15萬人。被殺害的人們絕大多數是市民，有男女老少。還有一部分抗日軍，估計約3萬。當我剛到下關的時候，還看見有日本軍隊仍用機關槍向他們掃射，我記得被掃射過的許多人之中，還有很多帶活氣沒死過去，而仍在呼吸著的人。
“經我處理的將近2萬個屍體裡邊，就有350多個是被掃射後仍在呼吸未死的。處理這些活人的時候，我命令部隊先用裝貨的鐵鉤子將他們打死，使其絕命後再用鉤子搭到船上，投到揚子江裡去。我清楚地認識到這是一種慘無人道的殺人行為。”
這些罄竹難書的罪行再沒有比殺人者的自白更令人觸目驚心切齒痛恨的了。
1984年8月4日，在日本官崎縣臼杵郡北鄉村一農家裡發現一本直接參與“南京大屠殺”的侵華日軍士兵的日記，日記本是日本博文館印刷的。這個士兵是侵華日軍都城第23聯隊的上等兵，屬第10軍第18師團。《朝日新聞》8月4日報道了日記的部分內容。
日記中的12月15日（1937年）一頁中寫道：“今天，碰到大約2000名無路可逃的中國佬，打著白旗排成長串投降，老幼摻雜，服裝不一，沒有攜帶任何武器，沿道綿延而跪，簡直成了天下之奇觀。（我們）好像沒有采取任何處理措施就用各種不同的方式把他們殺了。近來，閒得無聊時，就拿殺中國人取樂。把無辜的中國人抓來，或活埋，或推入火中。或用木棒打死，或採用其他殘酷手段加以殺害。”
12月21日一頁中，他寫道：“今天，又把無辜的中國人推倒，猛打，打到半死狀態時，又把他們推到壕溝，從頭上點火，把他們折磨死。為了消遣解悶。大家都這樣取樂，這要在日本內地，將會造成大事件，（但在這裡）
簡直如同殺狗宰貓。“
在這個農家儲存的相簿裡，還發現3張名片大小的黑白照片，共中1張：在看上去似乎是住房的建築物前，有12個剛剛砍下的人頭滾落一地，中間一個好像是女人的頭；其餘兩張照的是婦女和老人的屍體。《朝日新聞》說，照片沒有標明是否在南京城，但這個士兵曾悄悄地對他的家屬說過：“這是南京大屠殺的照片。”
據可靠材料證明，僅在1937年12月14日至18日這5天中，日軍就銷燬屍體15萬具，其中包括2100名傷雖重卻未斷氣的活人。現已查明，由南京碇泊場司令部“處理掉”下關地區的屍體10萬具，由作戰部隊“處理掉”城內的屍體5萬具。在整個15萬具屍體中，軍人僅為3萬，其他均為南京市民，市民的屍體中有男有女，有老人，也有兒童。
日軍集體大屠殺的地點多選在沿江一帶，戰後，中國南京軍事法庭對315起控訴案進行了詳細周密的調查，證據確鑿，有案可查的集體大屠殺而被毀屍滅跡的共有28案，被殺人數達19萬之多。
在南京《國防部審判戰犯軍事法庭判決》書中，記錄了一段血跡斑斑的黑色數字：（1）1937年12月15日，日軍在司法院難民區搜捕平民1，000餘人。被解除武裝的軍警400餘人，總計2，000餘人，全部押至漢中門外，用機槍掃射，複用木柴、汽油焚燒。
（2）1937年12月15日下午2時，在挹江門姜家園南首，將居民300餘人或用機槍射殺，或縱火燒死，無一倖免。
（3）1937年12月15日，日軍將所俘軍民9，000餘人，押往海軍魚雷營用機槍密集掃射殺害。
（4）1937年12月6日，日軍將華僑招待所難民5，000餘人，押至下關中山碼頭，用