唐北宋以後，道教教義開始出現一些新變化。主要表現在兼融儒釋道三教思想，以修持內丹術為主的鐘呂金丹派開始在道教中興起。五代宋初華山道士陳摶、北宋道士張伯端，吸取儒家《易》學和佛教禪宗理論，使之與道家思想和早期道教煉丹、養生方術結合，論述了內丹修煉的理論和方法。到了南宋金元對峙時期，道教內部發生重大變革，新興道派紛紛湧現。在北方有全真道、真大道、太一道，南方有金丹派南宗、清微派、神霄派、淨明道等新道派；早期的天師道、上清派、靈寶派等舊道派在教義和道法上也有新的變化。這些道派在教義上的共同特點是倡導三教合一，鼓吹儒釋道教同源一致。三教所共同探討的心性問題成為這一時期道教哲學的中心課題。儒家理學的天道觀和倫理道德、佛教禪宗的明心見性修持方法，都被道教吸收融合。全真道和金丹派南宗都是專主內丹修煉，倡導性命雙修的教團，並在修煉次第上形成了先性後命與先命後性兩派。南方其他符籙道派也受內丹術影響，融合內丹與符籙道法，倡導“內丹外用”，“內道外法”，以內丹修煉作為施行符籙咒術之本。道教符籙道法也更加完備成熟。元朝統一之後，南北各道派重新組合，形成以內丹為主的全真道和符籙為主的正一道兩大派系，流傳至今。
道教在明清時期趨於衰落，社會地位逐漸下降。道教教義、教制總的說來雖無大發展，但道教思想卻進一步通俗化，流傳於廣大社會。被道士們加以通俗解釋的內丹術，傳向社會各界，在儒士中影響尤深。一批道教勸善書，如《太上感應篇》、《陰騭文》等，經官僚文士的倡導，作為一種宣傳封建倫理的通俗讀物，廣泛流傳於民間。各種大大小小的道教神廟，受到官紳士民的普遍崇拜。扶乩降仙、齋醮超度之風，在社會上盛行。道教的神仙信仰、金丹修煉說，滲透於這一時代的大量文學作品中。這一時期紛紛出現的大批下層民間秘密宗教結社，亦多吸收道教思想。其中有些教門，如羅教、黃天道、紅陽教等，其教義、方術和組織制度，都深受道教影響。至清末民國時期，道教雖已非常衰微，但作為一種傳統宗教信仰，對中國的思想文化和社會風俗，仍有著一定程度的影響。
信仰與方術道教以信奉道而得名，其教義思想和神仙方術皆發源於此。道原本是先秦道家學派的哲學觀念。老子和莊子都以道作為天地萬物產生的神秘本原，也是超越現實世界一切事物的宇宙最高法則。東漢時開始形成的道教繼承了道家的思想，並且更加突出了“道”的神秘性和超越性，把它神化為具有無限威力的宗教崇拜偶像。道教認為：“大道”不僅在先天渾沌之時化生了天地萬物，而且還在後世，不斷變化其身形名號，降臨人世，輔佐帝王，救助危難�傳經佈道，教化民眾。太上老君（即老子本人）便是大道降世傳教時的化身。最早的道團五斗米道，便奉大道為最高神，以太上老君為教祖。東晉南北朝以後，道教崇拜的神有所變化，形成了以三清尊神為首的多神崇拜體系。“三清”即玉清元始天尊、上清靈寶天尊、太清道德天尊，是化生宇宙、總統天地，傳經說教的最高神靈。三清之下有四御、五方帝君、三十二天帝、日月星辰之神、五嶽四海河瀆之神，以及陰曹地府之神等等，也都是道教尊奉的尊神。這些大神又各自統轄眾多天曹官吏、神兵神將和供其役使的青童御女、御夫儀仗等等。這個等級有序的龐大神靈系統，實即封建社會以皇帝為首的官僚等級制度在上天的投影。
神仙是道教信奉的另一類神靈。與上述天地自然之神不同，神仙主要指經過修煉而得道的神人、真人。他們居住天宮瓊樓、仙山洞府或海島神洲，有各種神奇本領，能隱身遁形，造物變化，來去自由。道書仙傳中記載的神仙極多，有傳說的古代仙真，有歷代帝王將相、傑出的文化人物，也有道教史上的道師術士，如張天師、呂洞賓、張三丰等等。道教供奉一些民間崇拜的俗神，如門神、灶神、財神、三官、土地、城隍、媽祖、東嶽大帝等等。神仙和俗神崇拜使道教對下層民眾更有吸引力，成為他們日常生產娛樂活動和生活風俗的有機組成部分。
道教相信人類透過修煉養生能夠戰勝疾病死亡，得道成仙。因此而創造出一整套複雜的宗教修持理論和方術。這些方術概括起來主要有以下幾大類：第一類是源於古代神仙家的服食術，包括服用採集的天然動植物藥和人工煉製的金丹大藥（外丹）。目的在於藉助藥物力量強固自身，延年祛病，長生不死。第二類是源於古代養生家的煉養方術，包括思神守一、吐納胎息、房中固精、屈伸導引、辟穀食氣及咽液、叩齒、按摩、梳洗等各種衛生保健方法