本同屬穆宗裕邸舊臣，關係甚睦，“兩人歡相得，不啻（chì）兄弟”。但是，張居正顯然是一個典型的兩面派，一方面贊同高拱驅逐馮保的建議，一方面與馮保密謀如何驅逐高拱。高拱則自視甚高，把事情的複雜性估計過低，加上性格粗直，容易被人揪住辮子。馮保想起穆宗剛死的時候，高拱在內閣對同僚們說的一句話——“十歲太子如何治天下？”馮保深知，這句話足以扳倒高拱。於是，馮保到皇太后和皇太貴妃那邊說：“高拱斥太子十歲孩子如何作人主。”皇太后和皇太貴妃聽後都大驚，萬曆小皇帝聽了面色立即大變。六月十六日早朝，宮中傳出話來：“有旨，召內閣、五府、六部眾至。”高拱興高采烈，以為將頒佈驅逐馮保的詔旨。張居正則面色如水，心中有數。到會極門時，太監王榛（zhēn）已捧聖旨出，說：“張老先生接旨！”接下來宣讀：“今有大學士高拱專權擅政，把朝廷威福都強奪自專，通不許皇帝主專。不知他要何為？我母子三人驚懼不寧。高拱著回籍閒住，不許停留。”這一段話，可驚得高拱面如死灰，汗下如雨，渾身癱軟，伏地不能起。第二天，高拱坐著一輛騾車離開京城，由於僕婢都逃逸了，身上沒多少錢，只能到一些小店裡吃飯。一直到了良鄉，才得到張居正為他請來的驛傳勘合，可以坐著政府的驛傳還鄉。高拱一走，高儀也坐不住了，驚得嘔血三日而亡。至此，三位內閣顧命大臣中只剩下張居正一人，擔當輔弼小皇帝的重任。從此以後，萬曆朝的前10年，小皇帝的生活基本上是受三個人的規範：一個是自己的母親慈聖李太后，一個是司禮監掌印太李太后像監馮保，一個是內閣大學士張居正。
神宗需要侍奉兩位母親。一位是嫡母仁聖皇太后，即原來穆宗的皇后陳氏；一位是生母慈聖皇太后李氏。仁聖皇太后體弱多病，不能生育，卻很疼愛小皇帝。據說，小皇帝還是太子的時候，經常去皇后那裡玩。陳氏每次聽見太子跑的鞋聲，就非常高興。所以，神宗雖然尊崇自己的生母李氏，即改變過去皇帝生母只稱“徽號加太后”的慣例，為李氏加“皇”字，稱“慈聖皇太后”，但是，對於嫡母仁聖皇太后始終非常尊敬，一視同仁，備極孝心。當時人稱神宗之孝順，乃“古今帝王之孝所稀有也”。比起他的祖父世宗以宮廷逼仄的理由勒令孝宗張皇后遷居於宮城幽僻之地來，神宗顯然是有情有義得多。不過，小皇帝的監護人主要還是生母慈聖皇太后。慈聖皇太后生性淳樸善良。例如，她雖然母以子貴，但是對於仁聖皇太后卻非常恭敬。萬曆九年（1581）她為女兒壽陽公主選駙馬的時候，面對侯拱宸等三位候選人，唯獨選擇了衣冠樸素、戰戰兢兢的侯拱宸，還說：“此子渾樸不雕，真我家兒也。”對於兒子，慈聖太后也一心想讓他成為一個有為之君。據說，太后“教帝頗嚴”。每次萬曆小皇帝不讀書，李太后就命令皇帝跪在地上。要上朝的一天，五更時分太后就到皇帝睡覺的地方，叫他起來，命太監們把小皇帝扶起來，為他洗臉，催他上駕。有一次，小皇帝在宮中喝多了一點酒，命內侍唱歌。內侍回答說不會唱。小皇帝大怒，說內侍竟敢抗旨，拿起劍就刺，在左右的勸解下，小皇帝玩耍般地割了兩個內侍的頭髮，算是將他們“斬首”了。這件事傳到了慈聖皇太后的耳朵裡。太后非常生氣，命小皇帝在地上跪了很久，歷數他的過錯。小皇帝嚇得涕泗橫流，請求讓他改正錯誤。這事才算了結。還有一次，皇帝在太監孫潞王“中和琴”
海、客用的引導下喝了酒，受二人的引誘將馮保的兩名養子打傷，又騎馬直奔馮保的住所。馮保被嚇得只能抱起巨石撐住大門。第二天，馮保將此事稟告太后。慈聖皇太后立即換上青布衣服，不帶首飾，命召閣、部大臣，要謁告太廟，將萬曆小皇帝廢了。小皇帝嚇壞了，趕緊前去請罪。太后說：“天下大器難道就是您可以繼承的麼？”意思是要改立神宗的弟弟潞王。神宗跪在地上哭了多時，皇太后才肯寬恕。
萬曆年間的毛筆
慈聖皇太后與太監馮保都喜歡書法。所以，神宗很小的時候書法就極為工整。馮保在宮中，被皇帝稱作“伴伴”、“大伴”。萬曆小皇帝對於馮保非常畏懼。每次萬曆小皇帝與小太監玩的時候，看到馮保來了，就正襟危坐，說：“大伴來了。”馮保的職責不但是對皇帝實行一般的教育，有時還要代皇帝硃批。因此，他與張居正之間的聯絡要緊密一些。實際上，正因為內有馮保，外有張居正，萬曆初年的新政才能順利地推行。大臣與宦官勾結，本來是一件極讓人痛心的事情，但是，對於一心為國的張居正來說，對於整個國家來說，未嘗不是一件好事。