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成祖朱棣對建文舊臣的殺戮前後長達十餘年，在晚年時法禁猶嚴，直到仁宗朱高熾即位後這種情況才得以改變。成祖實行這種近於瘋狂的嚴法酷刑，一方面與其個性有關，但更為本質的原因則是內心的虛弱。他發動靖難之役，說到底是奪了侄子建文帝的皇位，在皇位繼承的合法性上是要大打折扣的，這一點他自然心知肚明。因此，他希望能夠用屠刀堵住人們的非議之口，並想盡辦法證明自己是皇位的合法繼承人。為此，他甚至不惜在生母的問題上做文章。
生母之謎
成祖的生母是誰，一直存在著爭議，至今學術界未有定論。朱棣出生之時，正值天下大亂，群雄並起之際。朱元璋尚未建立明朝，而是忙於爭奪天下，當時尚無朱棣生母的爭論。等到朱棣奪位以後，關於他的生母是誰的問題突然敏感起來。自永樂時期以來，各種官方史書和野史上都對成祖生母問題有所記載和猜測。上個世紀以來，李晉華、傅斯年、朱希祖、吳晗“大明永樂年施”款銅鎏金佛像等一批知名學者都對這個問題進行了翔實的研究，就連陳寅恪這樣的學術大家也對這個問題懷有興趣，並給傅斯年提供相關史料。可見，成祖生母問題並不是一個無關緊要的問題。對於實行嫡長子皇位繼承製的明朝來說，這關係到嫡庶問題，並進而關係到帝位的合法性問題。對於後世的人們而言，明白這個問題，也就多少會對明初的政治情勢有所瞭解。
總起來看，關於成祖生母問題的說法主要有三種：
馬皇后說。明成祖朱棣自稱是孝慈高皇后（即馬皇后）所生。馬皇后，鳳陽宿縣（今安徽宿縣）人，濠州紅巾軍郭子興養女。至正十二年（1352）郭子興將其許配給部將朱元璋。當年朱元璋受到了郭子興的猜忌，馬氏多次從中調解周旋。明朝建立後，朱元璋冊封她為皇后，對她十分信賴，多次聽從她的意見寬免大臣過錯，因此有人將她與歷史上的賢后唐代長孫皇后相提並論。
《太祖實錄》和《太宗實錄》都說朱棣為馬皇后所生，後來的史籍如《明史》等正史多因循這種說法。
但是除朱棣外，馬皇后親生皇子都有誰，又有著不同的解釋。一種說法認為馬皇后生懿文太子、秦王、晉王、燕王、周王。朱棣在奪取皇位後，馬上讓人編了一部叫《奉天靖難記》的書，為自己篡奪皇位辯解。該書開卷就標榜自己是馬皇后的嫡子：“今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：長懿文太子，次秦王，次晉王，次今上皇帝，次周王也。”還有一種說法認為馬皇后只親生燕王，周王，懿文太子、秦王、晉王都不是馬皇后親生。其實仔細推敲起來就會發現，《太祖實錄》為成祖朱棣所修（成祖為了抹殺自己即位前的真實事實，曾兩次改修《太祖實錄》，刪減篡改之處甚多），《太宗實錄》為宣宗所修北京覺生寺永樂大鐘，其中自然也有粉飾的成分，當然宣稱朱棣為馬皇后的嫡子。
另外還有人認為馬皇后根本就沒有皇子，這幾個都不是她親生的，只不過是抱過來撫養成人而已。
妃說。成祖為馬皇后所生的說法到了明中後期就受到了質疑，而妃說浮出水面。有人認為妃是高麗人，也有人稱她是元順帝的妃子，抑或是高麗人而成了元順帝妃子，不得而知。
這種說法的直接證據是《太常寺志》。太常寺是明朝管理祭祀禮樂的機構，皇家宗廟的祭祀就由其負責。《太常寺志》對孝陵（即太祖朱元璋的陵寢）神位的記載如下：左一位，淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晉恭王。右一位妃，生成祖文皇帝。
太常寺是皇家機構，這樣嚴肅的問題不應該胡亂記載，可惜這本書沒有流傳下來。明代文人對這種資料將信將疑，但還是覺得有合理的地方，萬曆時期的文人何喬遠就持這種觀點，“臣於南京見《太常寺志》，雲帝（明成祖）為妃所生，而玉牒則為高後第四子。玉牒出當日史臣所纂，既無可疑。南（京）太常職掌相沿，又未知其據。臣謹備載之，以俟後人博考”。
明末清初的錢謙益和李清見到這樣的記載也無法判斷孰是孰非。錢謙益當時是南明弘光朝的禮部尚書，李清曾任大理寺左丞，二人利用職務之便，於弘光元年元旦利用祭祀孝陵的時機，悄然開啟孝陵寢殿，“入視果然，乃信”。
還有一個證據。朱棣在即位之後，在南京天禧寺的舊址上翻蓋新寺，