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朱元璋不僅屠戮功臣，也注意嚴肅整頓吏治。這與他來自底層，看到元朝因吏治腐敗導致滅亡的教訓有關。他在明初實行以猛治國的政策，認為亂世須用重典，法外用刑的情況很嚴重，遭到懲處的官吏很多。
空印案。按照規定，每年各布政使司和各府、州、縣都要派遣官吏到戶部報告地方財務情況，戶部稽核清楚才算了結。戶部的稽核很嚴格，錢穀數字如稍有不合就得重新造冊填報。重新造冊不算困難，主要是賬冊上要有地方衙門的印信才行，而從中央到地方重新蓋印往返要很長時間，因此地方官員習慣帶些備用的空白文冊，一旦遇到駁回的情況，只須重新填寫而不必往返了。這種做法已經成為一種慣例，戶部也很清楚，照例預設，沒有人去追究。再說，這種文冊蓋的是騎縫印，也不能用作他圖，沒有什麼危害。洪武十五年（1382），朱元璋發現這種情況，非常震怒，認為是故意欺騙他，下令將各地衙門長官主印的一律處死，佐貳官杖一百充軍邊地。很多人蒙冤受死，其中就包括方孝孺的父親方克勤，他是當時人公認的好官。
郭桓案。洪武十八年（1385），御史餘敏等人告發戶部侍郎郭桓等人串通舞弊，吞盜官糧。朱元璋十分重視，將他們全部逮捕。禮部尚書趙瑁、刑部尚書王惠迪、兵部侍郎王志等人亦牽連在內。最後追贓糧700萬石，郭桓等數百人被處死，各地布政使官員入獄被殺者又有數洪武刻本《御製大誥》萬人。追贓牽連到全國各地的地主，因此破產者不計其數。
不難發現，朱元璋所處置的大多數都是官吏，而對小民則很信任，甚至親自接見糧長，被賞識的馬上授予官職。這又體現出了朱元璋自身的小農情結。
從洪武十八年（1385）開始，朱元璋親自制定、頒佈《大誥》、《大誥續編》、《大誥三編》和《大誥武臣》，其內容主要是懲治貪官汙吏、地方豪強以及侵擾百姓等問題。四編大誥共236條，其中懲治貪官汙吏的竟達150條之多，而且極其嚴厲，共羅列有凌遲、梟首太祖諡冊、夷族等懲罰，其嚴酷程度超過了歷史上任何一個封建王朝。由於朱元璋採取的一系列懲貪倡廉的有力措施，明初的吏治改變了元末“賂遺權要”、“蠹政厲民”的腐敗風氣，日趨清明。他實行“以猛治國”的政策，雖然殺戮過重，但確實整飭了吏治，同時強化了中央集權，從而為明朝前期的繁榮鋪平了道路。
朱元璋個人小檔案
姓名：朱元璋
出生：元文宗天曆元年（1328）九月十八日
屬相：龍
卒年：洪武三十一年（1398）
享年：71歲
諡號：高皇帝
廟號：太祖
陵寢：孝陵
父親：朱世珍（又名朱五四）
母親：陳氏
初婚：25歲
配偶：馬皇后
子女：26子，16女
繼承人：朱允炆
最得意：開創大明基業
最失意：太子朱標早逝
最不幸：幼年經歷悲慘
最痛心：馬皇后病逝
最擅長：剛猛治國
明太祖朱元璋是歷史上了不起的皇帝，他由一個放牛娃、寺廟裡的小沙彌，經過十幾年的戎馬生涯，一舉掃蕩群雄、推翻元朝，開創了大明基業。他深知，創業難，守業亦難，因此，明東陵（朱標墓）十分重視對接班人的培養。他登上皇位的同時，就冊立了長子朱標為皇太子，並延請名儒宋濂等人為太子之師，希望能將朱標培養成為一代明主。然而天有不測風雲，洪武二十五年（1392）四月，年僅38歲的皇太子朱標英年早逝，史稱“懿文太子”，這令朱元璋異常傷心。朱元璋制定的嫡長子繼承製受到了考驗，朱元璋不得不重新選擇他的繼承人。按照嫡長子繼承製，朱標的長子朱雄英是不二人選，可惜他在10年前就死了，這樣朱標次子朱允炆就成為首選。然