制禮作樂等項制度，都由盧賢拔來奏請實施。太平天國壬子二年夏，升任檢點。癸好三年春，天京定都後，又被加封為恩賞丞相。七月開始，調掌東王府簿書。後升秋官又正丞相，仍然打理東王府事務，並主持編纂太平天國起義史。
盧賢拔為了天朝可以說是鞠躬盡瘁，滿清官員咒詛他“狂妄異常”，又咒詛他在軍中作戰“亡命爭先”。太平天國定都天京，楊秀清兩次假託天父下凡阻止洪秀全焚燒四書、五經，又阻止洪秀全毀盡古書，“命將千古流傳之書不可譭棄”，“凡系真心忠正的臣僚傳述總要留下”。這一系列行為其實都是出自天朝內部儒生的主張，而最後真正能夠左右楊秀清這些行為的，恰恰就是盧賢拔。因為盧賢拔不僅是署理東王府事宜的官員，還是是楊秀清的親戚。
“天王發的這是一道赦免詔書，也就是確定了侯謙芳有罪。如果殿下接受了天王的好意，很顯然，百官會認為您是放私。”在接到天王洪秀全詔書的時候，盧賢拔這樣提醒著東王，同時他又指指桌案上的那份委任詔書，“它們之間是一種交換。”
………【第一一一章“那是你們的制度！”洪仁達……】………
對楊秀清個人來講，他從來沒有，也不需要接受來自侯謙芳的任何私利。侯謙芳幾度在天朝面臨危難時的堅定表現