部隊發出整編，並派往前線的命令之後，這個命令遭到了強烈反對。
對此，一開始沒能意識到問題嚴重的星空議會和新星聯合會議兩方，都採取了讓軍法按‘不聽指揮’之類法令處置的方案。但很快，這種軍方的反戰情緒就出現擴散，甚至某些已經派往前線的邊防部隊成建制的出現拒絕戰鬥。乃至於反戈一擊的詭異情況。
這時。終於意識到問題嚴重的兩方，不得不再一次默契地停戰以處理這種問題。
菲斯特戰役第二階段，也是在這樣莫名其妙的情況下結束。
而此時，雙方統治者的差異也顯現出來。
由於統治結構和理念不同，星空議會和新星聯合會議兩方，在這件事上採取了截然不同的處置方案：
新星聯合會議一方是強硬態度。
因為，雖說新星聯合會議是繼承星聯模板的議會模式，但由於聖堂的絕對強勢，以及透過聖堂武士訓練而對各文明的滲透，新星聯合會議正在一步步被聖堂改造。所以。這個團體漸漸成為以聖堂為統治核心的勢力。
這種變化並不明顯，絕大部分文明都只看到了本文明出現聖堂武士後所帶來的好處。
在這樣的情況下，當邊防部隊出現反戰情緒後，聖堂方面果斷採取進一步的強硬措施。
他們將絕大部分反戰軍人投入監獄。對那些與敵對文明結合的成員也採取了強制選擇加入某一方的決定，甚至要求那些來自敵對文明，因為家人而選擇新星聯合會議的人交出類似投名狀的東西。
這毫無疑問遭到了拼死反擊。
可惜，在各文明統治機構的支援，以及聖堂的控制力和武力壓迫之下，這些普通軍人的反擊卻沒能產生絲毫的作用。此後短短六個月間，新星聯合會議就以‘叛國罪’等名義，清洗了近三億人。
同時，也有近二十億人叛逃到自由聯盟或星空議會。
只不過由於理念問題，叛逃到自由聯盟的人數佔絕大多數。若非後來聖堂強硬地要求自由聯盟停止接受‘叛徒’。恐怕都沒幾個人會選擇叛逃到敵對的星空議會去。
這是一個混亂的時代。
這件事的影響也是巨大的。
雖然事後星空議會方面宣稱，聖堂的舉動極大動搖了聖堂的統治地位，並揭露了聖堂的險惡用心。但實際情況卻是聖堂依託這次清洗，不僅清理了反對派，更展示了無法抗拒的實力，順帶還坑了同為個體類種族的朋人一把。
同時，在支援各統治階級維持議會的前提下，他們在新星聯合會議的地位也不降反升。
最好的證據就是，現任議長（普米加西亞人）引咎辭職，換上了一名聖堂長老。
根據後世的歷史研究。若非當時外有星空議會這個強敵，同時還擔憂蟲族的威脅，聖堂很可能會一步到位地將議會解散，換成以聖堂為骨幹的統制結構。但即便是現在還維持著表面的協商制，聖堂的權威卻毫無疑問地超過了另外兩個高等文明。
相比起強硬的聖堂。星空議會方面顯然沒就無法那種程度。
由於可以與聖堂媲美的朋族採取了打醬油態度，既沒有聖堂那積累上萬年的威望。也沒有聖堂廣招門徒擴大勢力的舉動，朋族從一開始就不可能做到聖堂這一步。好玩的是，這樣做的朋族，卻正好避免了星空議會各族因為聖堂的舉動，而對朋族產生猜忌。
這到底是朋人有意為之還是無意所致，就讓後世歷史學者們爭吵吧。
回過頭來看星空議會的應對。
星空議會的三大高等文明中朋族、星空精靈和泰米莉亞，從某種意義上而言都是比較溫和的種族。因此面對邊防軍的反戰意向，除了最初和新星聯合會議一樣採取軍法處理措施，抓捕了一部分領頭者外，在察覺到可能遭致更大規模反戰後，就立刻扭轉了政策。
她們首先釋放了一部分問題不大的領頭者，隨後在新的首都永恆源泉召見了軍方代表。
透過三個月的商討，雙方達成協議：邊防軍將對所有人的意向進行統計，想要退役的可以直接離開軍隊；願意參戰的就透過適應性訓練和重新編組後進入戰場；而既不想與熟人交戰，又不想離開軍隊的，則可以派往與自由聯盟交界的防線和邊防警戒區，或者留在國內作為預備部隊。
不過，三項措施卻都沒有涉及那些與現敵對勢力成員結合後的家庭的處理。
但很快就由各文明自己的政府出臺了相關政策：對這種家庭予以承認，但成員不能留在繼續軍隊，可以選擇轉業或退役