帝下了大力氣；命曾國藩督辦江、皖、贛、浙四省軍務。十二月，任命左宗棠為浙江巡撫，李續宜為湖北巡撫，彭玉麟為兵部侍郎。次年正月，命曾國藩以兩江總督協辦大學士。八月，劉長佑補授兩廣總督。十二月，劉長佑調任直隸總督。
依照清代舊制，總督主軍政，但是除了自己的督標營之外，並不能越過提督直接干預營務；巡撫主民政，除了自己的撫標營外，也不能干預營務；布政使掌財政，直屬戶部；按察使掌司法、監察，直屬刑部。可見，軍政大權都集於中央，地方大員各負其責，互不統屬，誰都不能自行其事，只能聽命於中央。而鹹同年間，特別是同治初年，大批湘軍將領位任督撫，他們既主軍又主政，兵、政合一之勢已成，再加上兵餉自籌，厘金完全由督撫支配，原本應該上交戶部的地丁、漕折、關稅、鹽課等項銀兩也被督撫截留，大半充作軍餉。這樣，一省三憲——即巡撫、布政使、按察使鼎足而三的局面再也不復存在，督撫專權的局面勢將形成，湘軍集團的權力在此情形下也達到了頂峰。
如此轟轟烈烈，鮮花著錦，烈火烹油，曾國藩熟讀詩書，知道功高震主，防微杜漸的道理，“老九！”曾國藩嚴厲喝道，如今似乎已經不太對勁了，官文、李鴻章、左宗棠、沈葆楨、都興阿