在這次戰鬥中的人員消耗，其餘則被另外的編織成了兩個作戰師團，每師15ooo人，番號暫編為安南省陸軍駐浙江警備師。還是老規矩，這兩個新編的師團的軍官從上到下都是安南省的人，以保證兩個師團可以被牢牢的控制在安南省的手裡。在整個杭州戰役中，北伐軍的第七師和第八師共傷亡人數約45oo人，其中陣亡約22oo，重傷16oo多人，輕傷7oo多人，第七師因為打過福州戰役，對攻城戰比較熟悉所以陣亡的人數較少，除了一開始的傷亡外，在以後的巷戰中傷亡較少，總共傷亡了約12oo人左右，陣亡人數約為7oo人，第八師由於沒有太多的攻城經驗，而且由於都是第一次作戰，所以傷亡較大，約有33oo傷亡，其中陣亡15oo人左右，陣亡的戰士有相當一部分是在城內的巷戰中犧牲的，這也使得蕭智等人更加的重視部隊在巷戰中的經驗總結了，因為隨著北伐的進行，清軍對北伐軍的各種戰法也越來越瞭解，其針對性地防守也越來越強，現在北伐軍的對手還只是一些沒有經過多少嚴格訓練的清軍就有這麼大的傷亡，一旦以後面對上了清軍的精銳或者是淮軍精銳的話，這樣的傷亡肯能會更大，如果現在不該進自己的戰法，那麼將來吃的虧也就會更大，所以戰鬥一結束，蕭智就把兩個師的主要將領都叫到了自己的指揮部來開會，除了總結這次戰鬥的經驗教訓外，更主要的是要向他們通報一下上次電報的內容，同時在部署一下接下來的任務。
不久之後，兩個師的主要領導都來到了蕭智的指揮部，在指揮部的會議室裡，蕭智先向他們說明了電報的內容：預備登陸上海的第九師和從日本來的第十一師在海上匯合後，於一日前成功在上海登陸，劉坤一駐守上海的約2萬清軍在抵抗不到一個小時後，向後撤退。目前駐守在上海以西蘇州及無錫一帶。上海戰役共殲滅清軍約8ooo餘名，兩師現已完全控制了上海及其港口。聽到這些在座的第七師和第八師的領導們坐不住了，他們紛紛要求蕭智馬上下達進軍命令，以爭取儘快的去和第九師及第十一師匯合。但是蕭智卻搖了搖頭，表示現在還不是時候，現在兩師的主要任務是抓緊時間進行修整，同時等待增援部隊的到來，而且兩師現在人物也很重，要儘可能快的肅清浙江省內的抵抗分子，以為下一步的工作打好基礎。同時蕭智也要求第七師駐守浙江，不再繼續北伐了。在談話中，蕭智重點談了對新組建的兩個警備師意見，他要求第七師要牢牢地守好浙江，幫助兩個新建師的整訓和教育工作，要協助其後到來的政工人員展開各項工作，第七師的師長陸皓雖然心裡很是不願意，但也只好聽從蕭智的命令，乖乖的將部隊駐守在浙江境內，眼睜睜地看著第八師和從臺灣趕來的第十二師匯合，然後又開赴前線。
這樣隨著北伐軍逐漸的接近長江地區，北伐的第二階段目標也逐漸的接近了尾聲，到目前為止，北伐軍的各路部隊的進展都比較的順利，西路的已經攻佔了湖南省的大部，基本上將駐湖南的清軍壓縮在了幾個主要的大城市，中路軍在江西戰場進展也比較的順利，在得到新編安南北進縱隊（由廣東第一縱隊改編，總兵力22ooo人）的支援後，進軍度一下子加快了不少，現在已經進抵吉安。鷹潭等地，進逼南昌，獨立旅也已經攻佔上饒等地，現在正向景德鎮挺進，預計9月15日可攻佔該地區。至於雲南貴州等地進攻的力度都不是很大，唯一值得說的，就是駐守雲南的部隊攻佔了四川長江以南的華坪縣以東的地區，這個地區在後世叫攀枝花，隨後安南省的探礦隊在這裡現了儲量巨大的鐵礦，經過蕭智的批准，這一地區被劃歸了雲南省，同時一個巨大的鋼鐵基地也開始著手建設，與此相配套的鐵路和公路也在熱火朝天地建設著，這些都極大地促進了雲南省經濟的展，特別是雲南省北部的偏遠的少數民族地區藉助這次機會，經濟和交通得到了極大的改善，百姓的生活水平提高了很多。
就在蕭智等人指揮部隊在杭州城下作戰的時候，準備在上海登陸第九師在上海的外海同從日本來的第十一師順利的匯合，其後經過簡單的調整後，兩部在海軍的掩護下直撲上海，1896年9月11日晚，第九師和第十一師抵達上海的長江北岸，並於當晚趁防守清軍的疏忽，在上海高橋及寶山一帶成功登陸，等駐守上海的清軍直到在天快亮的時候才現，當他們趕來阻止時已經來來不及了，在兩地登陸的安南部隊已經過了12ooo人，並且已經修築好了防禦工事。清軍將領一看事不可為，又馬上帶著自己的部隊回到了上海縣城裡，他知道在野外和安南省陸軍打仗是極其不明智的做法，只有依靠城牆才可能抵禦住安南的進攻，