那可是重中之重呀！馮庸特地參照外國諸多軍校和自己腦海裡的那些軍校來建立的。福建陸軍學院座落在福州西郊，山脈彙集的地方，全院分3個系組織教學，即指揮系、參謀系、政工系，指揮系下設步兵、騎兵、炮兵、工兵、後勤、通訊、憲兵七專業，其實還有一門戰車專業，但是現在各國的坦克都很簡陋，步兵戰車就更不用說了，都不見人影，所以馮庸打算等自己的坦克和步兵戰車研製出來之後再開設不遲。
參謀系下設人事、情報、作訓、後勤、公共事務五專業，當然這裡的後勤參謀跟指揮系的後勤主官是不一樣的性質，政工系下設軍政、民政、黨建三專業，這個黨建是馮庸特地加上去的，因為他知道自己軍隊在思想信仰這方面還是不夠的，本質上同軍閥部隊沒有區別，都是吃糧拿餉，所以認為自己需要給軍隊以及麾下政府建立一個黨，這樣更好聚集人心。