伯通回來，就轉身和黃藥師交手，試圖把他趕走。可是萬萬沒想到，前三十招還能平分秋色，三十招之後黃藥師突然發力，差點把他打趴下！
實際上黃藥師在學過《九陰真經》之後，武功已經超過了歐陽鋒。之前一直表現的和歐陽鋒差不多，是使了個驕兵之計，準備突然發力，將歐陽鋒一舉拿下。也正因為如此，黃藥師才不在乎周伯通離開，他覺得自己一個人也能拿下歐陽鋒。
但黃藥師也小瞧歐陽鋒了，他的武功強出一籌，可也達不到碾壓的程度。而歐陽鋒又是個疑心病很重的人，黃藥師稍露端倪，他就立即飛身躲避，讓黃藥師功虧一簣。
歐陽鋒發現黃藥師這麼厲害，立即猜到是《九陰真經》的功勞。他立即不要面子的繼續奔逃，黃藥師只好接著追。為了擺脫黃藥師，歐陽鋒乾脆鑽進了大沙漠，想借用地利來反敗為勝。
黃藥師是江南人，之後又定居桃花島，從沒來過沙漠。雖然他從書本上看過對沙漠的介紹，可王金龍也同樣看過，而且比他詳細的多，不還是大意了？因此在進入沙漠後，黃藥師就悲劇了，尤其是歐陽鋒還壞心眼的帶著黃藥師在沙漠裡兜圈子，就更把黃藥師拖的精疲力盡，差點真就被翻盤。
好在黃藥師也不是簡單人物，發覺了歐陽鋒的意圖後，立即反客為主，不去追歐陽鋒了，而是徑直穿越沙漠。如此一來，歐陽鋒只有兩個選擇，要麼也跟著穿過沙漠，只要離開沙漠，他就失去了地利；要麼他轉身返回中原，那就很可能會遇到隨後追來的王金龍，同樣不會好過。
黃藥師算是非常瞭解王金龍的性格了，知道他肯定會追上來，所以才賭了這一局。歐陽鋒不知是怎麼考慮的，或許是他覺得不能放過這麼好的機會，一定要取了黃藥師的性命，因此選擇了跟著他穿過沙漠。
出了沙漠後，黃藥師立即先尋找水和食物，好好補充一下，而歐陽鋒則反過來開始追殺他。兩人依然是一追一逃，但這種狀態只持續了不到一天，黃藥師就恢復了過來，並與歐陽鋒正面硬剛起來。
黃藥師恢復的是挺快，但畢竟之前被折騰的不輕，因此即使武功比歐陽鋒高一點，此時也無法取勝。甚至時間久了，他的體力跟不上，還落到了下風。他畢竟剛恢復，不可能一下子就和全盛時期一樣。
既然打不過歐陽鋒，黃藥師就採用了拖延戰術，不管是等體會完全恢復，還是王金龍追上來，都能反轉局勢。歐陽鋒當然不想等到那時候，為了逼迫黃藥師和他硬拼，竟然用黃蓉做文章，激怒黃藥師。
黃藥師唯一的親人就是黃蓉了，歐陽鋒竟然無恥的宣稱，要將黃蓉抓來給歐陽克當玩物，等玩兒夠了就給下人們玩兒，下人也玩兒夠了就賣給窯子，讓那些常年不洗澡，總是臭烘烘的外族人來玩兒。要是生了孩子，兒子就當奴隸，女兒就繼續當婊子，子子孫孫永無盡頭。
這樣的羞辱，黃藥師要是還能忍，就不是男人了。於是他放棄了拖延的打法，開始和歐陽鋒拼命。可惜拼命也只是一時的血勇，這股氣過去之後，他依然不是歐陽鋒的對手。雪上加霜的是，歐陽鋒為了取勝無所不用其極，在關鍵時刻竟然用上了他培養多年的兩條劇毒毒蛇。
這兩條蛇的毒性，劇烈的讓人難以想象。在原劇情中，歐陽鋒曾將毒液餵給一條鯊魚吃，鯊魚被毒死後屍體又被其他鯊魚吞吃，結果這些鯊魚也都被毒死。第二波被毒死的鯊魚再被吞吃，居然又毒死一撥。用歐陽鋒的話說，就是“遺毒無窮”，不知道要傳遞多久才能毒性稀釋到無害的程度。
幸虧黃藥師足夠警覺，也知道歐陽鋒最擅用毒，所以一直防備著。即使在幾乎不可能的情況下，依然避開了大部分毒液，只被沾了一點邊。可就那一丁點，就足以讓黃藥師中毒的位置迅速變成黑色。黃藥師只好當機立斷，用指甲劃破面板，剜掉一大塊肉，才阻止了毒性蔓延。