仍然具有資格競選美國總統。他的祖父和父親都曾在美國海軍服役，並獲得上將軍銜。
從美國海軍學院畢業後，他加入美國海軍，當了一名飛行員，並主動要求參加越南戰爭。在越南戰場上，他多次出生入死，1967年7月29日是他第一次瀕臨生死考驗。
當時美國海軍的佛瑞斯塔號航空母艦正駛離越南海岸準備發起攻擊行動，一架停在甲板上的F…4幽靈式戰鬥機掛載的火箭突然意外發射，擊中了麥凱恩所駕駛、正準備起飛的戰機。撞擊力量擊破了戰機的油箱，造成燃油開始洩漏，兩枚機載的炸彈也掉了下來。麥凱恩爬出了駕駛艙，跳離正在燃燒中的航空母艦甲板，緊接著就在意外發生的90秒後，掉落的炸彈在飛機底部爆炸。麥凱恩的腿部和胸部都被彈片擊中，但仍僥倖逃過一劫。爆炸和接踵而來的大火造成艦上134名水手罹難，62人受傷，摧毀了至少20架飛機，並差點造成航艦沉沒。
幸運的是，麥凱恩死裡逃生。
所謂“大難不死，必有後福”。這次事故後，麥凱恩得到返回美國的機會，可他在深思熟慮後斷然拒絕了這個許多人夢寐以求的良機，選擇繼續留在戰場上。麥凱恩加入了海軍VA…163“聖徒”飛行中隊，在1966年10月26日被分派至人手短缺的奧里斯卡尼號航空母艦。但在麥凱恩到達前不久，閃光彈走火造成航艦甲板起火，造成44人死亡，包括了24名飛行員在內。聖徒中隊是越戰中陣亡率最高的飛行中隊。
選擇留下，是個改變他一生命運的決定。這個決定導致他的生命之鐘在五年半的時間裡停止擺動，和他的家人、朋友都失去了聯絡。