約規定安南方面必須釋放被囚的明朝官民，當時遠征軍都督趙自強一心只想救出公主一行，並不知道朱之瑜就在安南。安南方面卻以為明軍是要他們釋放所有被囚明朝官紳，所以將朱之瑜也給放了。
被釋放的朱之瑜因為沒有官身，太平軍方面也不知道他的存在，所以並未對其加以重視。朱之瑜也因為對太平軍不知底細，一心只想去金廈相助魯王，所以也沒有選擇去廣東，而是搭乘了一艘商船前往金廈。
朱之瑜回到思明後，時值鄭成功和張煌言會師北伐，他欣然從軍。北伐軍收復瓜州，攻克鎮江等役，朱之瑜都親歷行陣。北伐軍一度進軍順利，收復四府二州二十四縣，直抵南京城郊，兵威震動東南。
然而由於鄭成功目光短淺，盲目屯兵南京堅城之下，貽誤戰機，且律兵不嚴。致使北伐軍在南京城外被擊敗，鄭成功轉而退往福建沿海，後行師海上。張煌言部浙軍也在清軍的圍剿下崩潰，後被從江西趕到的太平軍相救。
鄭軍撤兵時，朱之瑜和鄭成功失去聯絡，在江南躲了幾天後，聽到的到處都是北伐軍被清軍殲滅的訊息，甚至傳聞張煌言也叫清軍抓獲。朱之瑜絕望之下，認為復明無望，但又誓死不肯剃髮降清，遂在友人幫助下淒滄渡日，發誓永不回到故國。
朱之瑜東渡日本後，卻因日本施行鎖國政策，三四十年不留一唐人，未能獲准登岸，困守舟中。日本學者安東守約聞朱之瑜到來，以手書向朱之瑜問學，執弟子禮。安東守約等人為其在日定居奔走，後鄭芝龍次子田川知道此事後，出力幫助朱之瑜遊說日本幕府，終於使幕府破了40多年國禁，得以在長崎租屋定居，結果長達十多年的海上漂泊生活。
雖然在日本定居下來，不再海上漂泊，但對於故國，朱之瑜始終是放不下心的，可一想到故國如今淪於滿韃膽羶之手，他就悲憤莫名。
原是想從此終老異國，將對故國的思念永遠深藏在心中，卻不曾想，故國此時已經是起了翻天覆地的大變化。
南都光復的訊息是田川親自告訴朱之瑜的，當時聽到這個訊息時，朱之瑜激動的來到長琦海邊，向著大海對面遙遙磕首，同時迫切想回到故國。為此，朱之瑜驅逐滿州，救回乃父為由勸說田川與他一起歸國效力。
一直以來，田川對於父親鄭芝龍被滿清囚禁亦是十分擔心，他屢屢相助大哥鄭森討伐清軍，卻屢屢失敗。現在大兄已經病死軍中，鄭家基業全盤被朝廷大軍收編，他再呆在日本已經失去為家族謀利的意義。唯今之計，若想救回父親，則必須藉助明國朝廷大軍，否則，千難萬難。
最終，田川接受了朱之瑜的勸說，寫信給自己已經被大明朝廷封為閩親王的弟弟鄭襲，請他嚮明國權臣齊王殿下轉達他欲回國效命之心。很快，海對面就有回信，弟弟鄭襲告訴自己這位同父異母的二哥，大明齊王殿下十分歡迎他回國效力。
田川當即帶著在日本的鄭氏族人和招募的千餘浪人武士與朱之瑜一起踏上歸國之路。在海上飄泊了半個月後，終是抵達長江口。
在上岸之前，朱之瑜特意穿上了自己多年沒有穿過的故國服飾，在見到眼前這位年輕英武的齊王殿下後，他很是唏噓。曾幾何時，國姓爺也是這般英姿勃發的屹立在世人面前，只可惜英雄已逝。
周士相親自出面接見田川和朱之瑜，不僅僅是對他們從海外歸來的肯定，更是想透過他們瞭解日本國的情況，為今後的徵倭做準備。
在為田川和朱之瑜設宴接風之後，周士相併未食言，授田川為總兵銜，所部編為東海水師陸戰一團。拜朱之瑜為隨軍參贊，負責和日本國及諸海外國的聯絡事宜。
得知齊王大軍將在兩天後啟程北上，攻擊遼東後，田川和朱之瑜不甚激動。
待他二人退下之後，新二軍的軍長蘇納皺著眉頭上前低聲說道：“大帥，這個田川是鄭芝龍的兒子，他回國參加北伐恐怕不是為了大明，而是為了救他父親。若是鄭芝龍被救出來，恐怕水師那邊會有很大的麻煩。”
“新安侯所言甚是，鄭芝龍一代梟雄，如今虎落平陽，不得不趴著，但若讓他重入大海，恐怕水師有變。”
出任大都督府幕僚副官的董常清也想到了這個問題，如今水師分為東海水師和長江水師、南海水師三部，但論實力，無疑東海水師最強，擁有的戰船和兵將也是最多，長江水師和南海水師加在一起，都不足東海水師三分之一。
這次北上作戰，便是以東海水師為主力，長江水師只是負責物資運輸和配合作戰。而東海水師是以原鄭軍水師改編而來，統