名義上，卻是屬於國家所有。
這一點上，開始的時候所遭遇到的阻力相當大，只是在諸葛瑾統屬下諸葛家、甄家、糜家等幾大世家相繼響應之後，再加上諸葛瑾手下一眾將士也相繼出面支援，將諸葛瑾早先賞賜下的土地上交國家，之後諸葛瑾更是採用分化拉攏的方法，一年多的時間裡，將治下的世家豪族八層以上的人做通了工作，公元201年之後，土改之策才在諸葛瑾領地內施行了下去。
土改之後，諸葛瑾卻是開始在各地試行新的官制之法，這一次，諸葛瑾沒有直接的頒佈法令，反而是由下而上的開始試行新的官制是否可行，先是由縣開始，每一縣下轄若干村，村中官員統稱為村長，是為九品，其身邊做事人員若干，村之上設鎮，稱之為里正，是為八品，鎮之上設縣，稱之為縣令，是為七品，再之上為郡，稱之為郡守，是為六品，再上為州，稱之為知州，是為正三品。而這些，卻僅僅只是掌管地方政務，不涉軍事。
眾多官職中，以中央為首腦，其下設吏、戶、禮、兵、刑、工六部，每部之下又轄四司，共為二十四司。其中，吏部主要負責官吏的銓選、考課、封爵和勳賞；戶部主要負責戶籍、土地、賦役、倉儲和市易；禮部主要負責科舉考試和禮儀、祭祀；兵部主要負責軍隊的管理和訓練；刑部主要負責刑獄和財政審計：工部主要負責國家土木工程和屯田、水利等。六部的官職為：各部稱為尚書，副長官為各部侍郎，而諸司的長官為各司郎中，副手為各司員外郎。
由下而上，卻是需要一個過程，自諸葛瑾施行之日起，花費了三年多的時間，才將整個的框架給搭建了起來，而此時，漢獻帝劉協對天下的影響已經降低到了最低處，無論是士族文人，還是平民百姓，只知曹、孫、諸葛，卻不再提及大漢王朝。
公元205年，諸葛瑾於治下大封群臣。諸葛瑾卻因拒絕接受劉協封王，其職位未動，封其帳下戲忠為吏部尚書，張昭、陳群、鍾繇為吏部侍郎；封田豐為戶部尚書，管寧、邴原、張紘為戶部侍郎；封蔡邕為禮部尚書，陳珪、何夔、顧雍為禮部侍郎；封沮授為刑部尚書，糜竺、魯肅、趙風為刑部侍郎；封劉譁為工部尚書，鄭渾、馬鈞、棗祗、任峻為工部侍郎。而這其中最為重要的兵部，卻暫時為諸葛瑾所掌握，其餘人等，盡皆有著封賞。
另外，諸葛瑾參照後世抗戰期間的一些情況，設定了作戰參謀部，調賈詡、荀攸、程昱、李儒、陳宮五人進入，以五人為主體，其下陳登、呂範、呂岱、杜畿、薛綜、梁習等相繼被調入，至於武將，諸葛瑾卻是暫且按照原來的職位暫且沒動，等到情況明朗之後，再作打算。
諸葛瑾忙碌不停，其他人也沒有就此歇著，公元198年底，在長安城中的曹操設計引誘之下，相繼不少的漢室忠臣冒了出來，在被曹操斬殺了不少後，漢獻帝正是淪為了曹操的傀儡，朝堂之上，再無人敢言曹操不是，曹操的權勢，在其統屬之下，上漲到了極點。
其後，曹操一面加強了各地關隘的駐守，一面開始休養生息。曹操用荀彧之策，以滿寵為監政，賜曹操手令一枚，在其領地之中大肆開展起了“嚴律己，正軍紀”之事，滿寵一路之上，斬殺為惡之人無數，漸漸為曹操贏回了當地百姓的擁護。
另一方面，荀彧提倡官制軍屯，一切在不損及世家大族利益的前提條件下，荀彧將曹操領地中無人土地集中到一處，又徵集了一部分世家大族的土地，開始了為其五年的大規模的農桑計劃。之後，郭嘉提議，曹操仿諸葛瑾早年設立的招賢館，在雍、涼、益三地開始豎榜招賢，而曹操更是親自出面相邀，將自劉璋投降後，便行歸隱不出的張任、黃權、王累、劉巴等人委以重任，相邀而出。
與此同時，荊州孫堅聽從周瑜建議，在長江沿江地帶佈下重兵，其後，更是遣其長子孫策與周瑜一道，統兵前往鄱陽湖駐紮，與諸葛瑾部毗鄰相挨，每日操練水軍。
公元199年八月，孫堅上奏朝廷，奏請表自己為蜀王，曹操在三次假意推脫之後，便同意了孫堅奏請，公元200年，孫堅即位為蜀王，統領荊、益兩州，而後不久，交州士燮上表臣服。
而就在孫堅即位的同一時間，天子詔令，加封曹操為魏王，與此同時，依照曹操的意思，天子同時下詔，加封諸葛瑾為燕王。一個月後，曹操即位大點上，中京傳出訊息，諸葛瑾拒絕接受封王詔令，同時，改其屬下領地年號為漢，尊靈帝之女劉玥為長公主。
接連的變化，讓得天下人為之側目，而諸葛瑾的一番做派，頓時激起了那些內心之中還尚存漢家臣子心思的一